咸丰六年至十年（1856—1860），爆发了第二次鸦片战争。西方资本主义列强从清廷手中攫取了更多的特权和利益，使中国的手工业陷入更加不利的境地。
同治以后，随着机器大工业生产力的迅速提高，外国资本主义输入中国的商品的价格不断下降，加之西方商人逐渐了解了中国人所喜欢的商品的质量、价格、式样等，改变了以前盲目输入商品的做法，从而使其商品在中国市场上的销售迅速上升。这样，中国相同产品的销路便受到了愈来愈严重的损害。生产这些产品的手工业因此趋向衰落。
手工纺织业是衰落较早的部门。造成中国手工纺织业衰落的经济原因来自两方面。一方面，外国资本主义输入中国的棉纱量迅速增加。据资料：同治中年，洋纱每年输入不过100余万海关两，光绪初增至300余万海关两，中法战争后迅速增至一千二三百万海关两，甲午战争前后更达三四千万海关两。光绪初年以前，中国棉纱市场由英纱独占，此后，中国各通商口岸的销量，便无不以印纱为主了。甲午战争以后，日本纱也开始在中国市场上销售。与此同时，洋纱的价格大幅度降低，同治十一年至光绪十六年（1872—1890），进口棉纱的价格下降了1/4以上，如以同治十一年（1872）的进口棉纱价格为基数，光绪十二年（1886）时进口棉纱的价格仅为它的66.9％。而同时期土纱的售价远远高于洋纱，如光绪十三年（1887）时，牛庄地区的洋纱售价，每包（300斤）57两白银，而同样重量的土纱却要87两左右，土纱比洋纱贵52.6％。这样，自然使一些地区的手工织布者舍弃土纱而改用洋纱。另一方面，中国市场上原棉价格的提高。由于英国棉纺织业对印度棉花的大量需要，以及印度本土棉纺织业的发展，使印度棉花向中国输出的数量大为减少。不仅如此，由于日本的棉纺织手工业也发展起来了，其本国出产的棉花不能满足需要，因而从中国大量收购棉花。在这种情势下，中国市场上的原棉价格上涨，其价格甚至与进口的印度棉纱的售价相仿。宜昌海关在光绪十六年（1890）的报告中说：“印度棉纱和（东部诸省来的）棉花的零售价格相差无几，所以买进棉花再来纺纱，反而比直接用洋纱更贵。”因此，土纱再无市场了。
洋纱代替了土纱，造成各地手工纺纱业大批破产。同治、光绪年间，广东、闽南、江浙苏松杭及长江流域各省手工纺纱业纷纷停业破产，山东土纱纺织业也“几乎全部停歇”。到甲午战争前后，全国各地“无一省不有大批手工纺纱业破坏的情形”。《中外日报》载江西的情形：“近年省属各处销售洋棉纱多至数万包，土棉纱已无人过问，妇女纺业多废。间有无工可作仍从事纺纱者，然土纱每斤售钱二百五六十文，洋纱每斤售钱二百八九十文。土纱不及洋纱匀洁，故价格日跌。乡村妇女因失业而困苦者，不知凡几”。江南一带“乡间几无自轧自弹自纺之纱”。贵州黄草坝“过去曾为不可少的纺车都摆在一边，满布着灰尘，被遗弃了”。广州附近“纺纱之业，风流云散，至觅一纺纱器具而不可得”。大致到民国初年，中国手工纺纱业除了偏僻地区和纯粹为了自给之外，大部分都已在外国机制棉纱的压迫下停歇了。
和手工纺纱业同时出现衰落趋势的，是与之相关的手工织布业。洋布最初输入中国，只是城里的一些有钱人才穿用。一个外国人在他的调查报告中说：“沿海城市里一部分富裕阶级穿用我们的布匹，在夏天，为了节省丝绸与绉纱；在冬天，则加上棉絮，节省皮衣和厚重的缎子。商店的账房先生和店员穿用我们的布匹也相当普遍。洋布比同等的土布好染色而显得光彩。……富裕阶级之所以穿洋布，也不是因为洋布好，而是因为做起所需衣服来，碰巧洋布比他们土布便宜罢了。”而大多数人，尤其是广大农民仍使用土布。道光以后，欧洲棉纺织业生产技术大幅度提高，生产费用显著降低，布匹的售价也大幅度下降。“例如：本色布在1866年（同治五年）的售价是2两9钱至4两，1867年是2两5钱至3两，而1868年的价格大约在2两2钱到2两5钱之间。外国棉布在这样的低价下就能与土布竞争，并能负担运输费用而深入到内地去”，因而洋布得以大量涌入中国市场。同治末年以后，进口棉布增长的速度尤为明显，光绪元年（1875）棉布进口金额为1700多万海关两，光绪六年（1880）为1900多万海关两，光绪十一年（1885）为2500多万海关两，光绪二十六年（1900）达4500多万海关两，光绪三十一年（1905）更是达到11000多万海关两。由于洋布价廉，在农村中穿用的人也日益普遍起来。“过去中下层人因土布比洋布价廉耐用而偏好土布，现在这一层理由可以说已不存在了。……洋漂布主要流行于本省（浙江）贫瘠和人口稀少的区域，如衢州、姚州（即余姚）、金华便是”。同治十年（1871），《英国领事商务报告》中也提到：“中国（汉口）农民开始发现这种外国货物（洋布）比他自己的（土布）便宜得多，在某种程度内，（洋布低廉的价格）抵补了（洋布）不耐用的（缺点）。”光绪元年至二年（1875—1876）的该报告还称：“土布和进口商品（洋布）相竞争，（在品质上）决不就处于不利的地位。但是手织土布的售价较高，因而贫苦的中国人便不得不买便宜的但并不耐用的竞争品（洋布）了。”郑观应在《盛世危言》中也指出：“迄今通商大埠，乃内地市镇城乡，衣土布者十之二 三，衣洋布者十之七八。”其言虽不很准确，但也可见一般。在这种情势下，中国的手工织布走上没落的道路。如浙江鄞县，所产土布因结实、耐用而闻名，俗称结布或老布，“为民间家庭工艺之最普泛者”。但是，“迨至光绪十年后，……则巡行百里，不闻机声”。在江苏，同治中期以前“土布遍销内地，为土民出产之大宗。……十年之后，逐渐稀少。又十年而通都大邑，竟至绝迹。今日虽在穷乡，聆纺织之声，诧为异矣”。甲午战争前后，北方“畿辅深、冀诸州，……近来外国布来，尽夺（我国）布利，间有织者，其纱仍购之外国”。湖南岳州，“目下欲求一匹真土纱都布（布名），几如披砂拣金”。广西贵县也因“洋布输入，土制纱布，相形见绌，纺织之业，遂一落千丈”。
但是，手工织布业的衰落在进程上较手工纺纱业缓慢。这是因为一些具有长期商品生产传统，手工纺织业收入在农民生活中占有重要地位的地区，当其手工纺纱业几乎全部停顿时，大量的劳动力又以低于价值的价格，投入到与之接近的手工织布业中，同时在手工织布中大量使用价格低廉的进口机制棉纱，从而使手工织布业在洋布的强大冲击下，得以保存，甚至有了新的发展。光绪八年至十七年（1882—1891）《海关十年贸易报告》（英文本）载：广东琼州“随着大量的洋纱进口，土纺织业几乎全部停止 了。……文昌女工既失其纺纱职业，便转入织布，据说她们的收入现在已较前些年约增加一倍”。江西《庐陵县志》也载：“十数年来，纺车朽蠹，而机杼不减于旧，盖业布者市洋纱为之，贫妇计段责值而已。”有些地区用洋纱织成的土布，不仅比用土纱织成的土布便宜，甚至比进口的洋布还便宜。光绪十八年（1892）镇江口海关报告称：“北方各处之人，俱购洋棉纱自织，其织成布匹较市中所售价廉而坚。”光绪二十一年（1895）九江口的海关报告也称：“内地人民有尽用洋棉纱织成土布款式，取其工省，而价值亦较土棉纱为廉，且较买市肆洋布，更为便宜。”这样使土布得以抵抗洋布的冲击，甚至挤占洋布的销路。如江苏“通州所出布匹，销场极大。各省之人，皆闻其名，皆乐于购”，致使从镇江进口的“洋布减销尤甚。……从前如江北内地各州县，均用洋布，近则用土布者渐多”。一个外国人在他对贵州安顺府、黄草坝和独山的调查报告中说：“这三个主要织布中心，近二十年来，织布业有了迅速的成长。据消息灵通的外国侨民说，这种情形正方兴未艾。我们不论在那里参观，人们都以愉快而直率的态度向我们解说进口洋布贸易范围过于狭小和家庭织布业的范围之广大。例如黄草坝一个最大的商人曾着重指出洋布的进口每年不超过1500匹，而另一方面，黄草坝镇上和近郊的织布机数，据他的合理估计有2500台。这些织布机共出多少布，可惜无法确定。但是进口的布匹，不论在价值和数量上和本地布比较起来，便显得不足重视。”上述情况，在长江下游江浙一带，湖北沙市附近，广东佛山、兴宁，四川重庆、乐山，直隶高阳、宝坻等地均有发生，使手工织布业又有了新的发展。
还有一些地区，由于外省手工织布者的大量涌入，使本地织布业迅速发达。如云南府，光绪十七八年，“城内仅有少数几架织机”，到二十一二年已发展到几百架，“这种增长完全由于四川移民和廉价的印度棉纱几乎是同时来到云南所致”。其时云南南部，“全体人民都是穿的印度棉纱织成的布”。而“云南府的洋布贸易所值甚微，重庆一天的贸易等于云南府一年的贸易”。
从整体上看，中国手工织布业在进口洋布的打击下总趋势是日渐衰落了。但由于这种打击的程度是不平衡的，一些地区破坏程度较轻，其手工织布业还可以有一定的发展。而个别边远地区甚至从未见过洋纱洋布，其家庭纺织业自然也就仍占统治地位。
外国资本主义的侵入，不仅使中国的手工纺织业出现衰落的趋势，也使其他一些手工业出现了衰落的趋势，其中冶铁炼钢业、蜡烛业、制针业、制靛业等部门遭到了比手工棉纺织业更为惨重的破产的命运。
中国的冶铁炼钢业是手工业中比较发达的一个部门，在古代社会，其技术长期领先于世界各国。鸦片战争前后，外国铁及铁制品的输入数量很少，但从同治年以后，其输入量急剧增长。历年海关报告》记：同治六年（1867）进口铁为113441担，光绪十一年（1885）增加到1202881担，不到20年增加了近10倍。而光绪十七年（1891）更剧增至1726056担。洋铁大量涌入，使土铁日益受到排挤。宁波、烟台一些地方，同治中期就已出现洋铁差不多全部占夺土铁销路的情况。中法战争前后，天津也主要进口洋钢了。洋铁能够代替土铁的最重要原因，仍然是其价格低廉。此外，输入的洋铁多为铁条、铁片等，因而使用加工便利，可以大大地节省时间和劳力，很受用者欢迎。这样土铁的销路逐渐缩减，大批冶炼作坊先后倒闭。例如：铁工业最著名的广东佛山镇，原有铁砖行10余家，后来全部关闭；10余家铁线行也仅剩不多的几家；原本极兴盛的铁钉行，其营业也十分冷落了。安徽芜湖出产的钢“为旧日驰名物产”。咸丰、同治时，其钢坊已从过去的数十家减少为14家，到光绪中期芜钢绝迹于世。湖南邵阳，“原名宝庆，所产之钢，称曰宝庆大条钢。……前清初叶，宝庆大条钢，极负盛名”。其钢坊在同治年间还有20余家，到宣统二年（1910）仅剩 8家，以后不久也全部停歇了。湘潭的苏钢以前也较有名。咸丰年间，这里的钢坊有40余家，以后相继停闭，到宣统二年仅剩3家，不久也全部停顿了。山西的生铁、熟铁，以前在南北各省都有大量销路。鸦片战争前后，仅晋城县就 有生铁炉10余座，熟铁炉百余座。洋铁大量输入后，同治、光绪之际，其“销路局限于中国北部”，产量逐渐减少，不久因连年大旱，炼铁“炉数顿减大半”，到光绪末年，这里所存炉数已不及昔日的1/10。其他各地的手工冶铁炼钢业，虽或衰歇的时间略有先后不同，但大致情形雷同。
其他各种手工业，凡是生产与进口商品相同，或可以用进口洋货替代的产品，都遭到了和冶铁炼钢业相同的命运，如蜡烛业被煤油排斥，火石和铁片被火柴排斥，土针、土靛被洋针、洋靛排斥等等。这些手工业部门都只有被逐步淘汰的命运，而不可能获得新的发展机会。
与手工棉纺织业及冶铁炼钢业不同，丝、茶手工业在外国资本主义侵入后走上了另外一条道路。丝、茶是外国资本主义着重掠夺的中国产品，中国出口商品中，占大宗的始终是丝、茶两项。同治、光绪之际，二者在出口货物总值中所占比重达90％左右，以后虽逐渐下降，但到甲午战争前后仍占60％。丝、茶的大量出口，直接刺激了缫丝业和制茶业的发展。缫丝业方面，如浙江乌程县南浔镇出产的辑里丝，以前其销路仅限于国内，“销行范围既小，营业不盛”。五口通商后，“销售上海洋庄转运出口，其名始显”。其后“外商需求既殷，收买者踊跃赴将，于是辑里丝 价雀起，蚕桑之业乃因之而愈盛”。到光绪二十年前后，“南浔附近各乡居民，及震泽、黎里一带，约有车户二三千家。每家平均约有车四部”。江苏溧阳在太平天国起义前每年产丝约260万两以上。太平天国失败后，育蚕者渐渐增加，生丝产量增多。光绪六年（1880）生丝产量达500万两之多，其中80％运往上海输出国外。广东的生丝，光绪六年（1880）输往欧洲12000包至14000包（每包重80斤）；输往缅甸3000担至4000担；输往美国10000箱（每箱75斤）；本省消费为20000担。其他如四川、贵州、湖北、山东、奉天等省的缫丝业均有较大发展。制茶方面，湖南平江县“道光末红茶大盛，商民运以出洋，岁不下数十万金……凡山谷间向种红薯之处，悉以种茶”。福建“自开海禁以来，闽茶之利，较从前不啻倍蓰”。广东“鹤山山多田少，山地最适于茶树之栽培，故植茶者较多。清道光年间，为中国茶叶之全盛时代，全年出口有二百万担之多。时该县无论土著客家，多以植茶为业”。此外，湖北羊楼峒一带，皖南建德、祁门，及江西等省，种茶制茶业，都因出口的增长而有很大发展。但是，由于丝、茶出口贸易差不多完全掌握在外国人手中。国内市场亦受洋 商及其买办的操纵，致使“华商之业丝茶者，反仰洋人之鼻息，厘毫不能主持。……洋人洞知华商资本不足，华人心志不齐，每届丝茶上市，为欲取先予之计，视来贷之不旺，故抬价值；迨已群聚，则又故作观望，相持久之，则华商之心虚胆怯者，急思脱手，必有自愿跌价者矣。迨市贷既空，则又故抬其价以招之。如此几经番手，华商悉堕其术中。洋商心计本工，加以通事买办之嗾导，不肖市僧之输情，深识华人之情伪，故张弛操纵之间，不至尽倾华商之血本不止”。这样，尽管外国资本主义的侵入刺激了中国丝茶手工业的发展，但同时也使之陷入了依附于外国资本主义的境地，成为其附庸经济，仰其鼻息，随其波动。同治、光绪之际，由于中国丝、茶在国际市场上受到外国丝、茶的竞争，洋商抑勒价格，造成大批丝、茶业者破产，如九江一地，过去茶庄林立，每年或五六十家，或三四十家，此时仅存10余家，甲午战争前后更只剩四五家。
中国手工业，在外国资本主义侵入后，除走向上述两种道路外，还有一些部门因为是在中国社会经济和文化等特殊条件下产生的，有的甚至还带有特种手工业的性质，如陶瓷业、爆竹业、制扇业、宣纸业、中草药加工业、刀剪业、铜锡器制造业等，大多没有受到直接的影响，或无较明显的影响，除少数部门曾随中国社会政治经济和文化的发展、风尚的变迁逐渐衰落下去以外，大多都得以保存下来。另外，还有一些手工业部门具有长期发展的历史，手工工场和商品生产比较发达，仍有较多发展的余地，如榨油业、碾米业、采矿业、丝织业等。由于外国资本主义经济势力在这些部门暂时还不可能很大发展，虽然也曾受某种外国商品的压力，有过短期的衰退，但因出口数量的增大和国内商品经济的发展，在较晚时期，又有了新的发展，少数企业还逐渐过渡到机器工业。