漂洋出海，不知所终有传言建文帝泛舟出海，去了南洋，并在某个小岛上过着自食其力的恬然隐居生活。当时中国去往南洋的人很多，据说张士诚失败后，他的一些部下就逃往南洋，拓荒移民。近人有人考证建文帝避难泉州开元寺，并在开元寺扬帆出海，最终隐居印尼苏门答腊岛东海岸，然而没有更多的证据，仅仅是猜测而已。
南京鸡鸣寺成祖朱棣担心建文帝纠集当地的中国人，或者是以宗主的身份号召南洋诸国兴兵，因此很不放心，特意派遣郑和数下西洋，一为宣扬国威，一为踪迹建文帝。据《明史》载："成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之，且欲耀兵异域，示中国富强。永乐三年六月，命和及其侪王景弘等通使西洋，将士卒二万七千八百余人，多赍金币。"在郑和的船队里，还有一部分是锦衣卫，专门负责侦缉，至于是否探知建文帝踪迹，就不得而知了。
北京西山说谷应泰《明史纪事本末》和郑晓《吾学篇》中，记载有正统七年，建文帝因年纪已老，就到广西思恩州官府，自称是建文帝。当地官员急忙上报朝廷，将其送至京师。朝廷派老宦官吴亮前去辨认。建文帝一见到他就叫出了他的名字，吴亮否认。建文帝又说当年他进膳时，扔一片鹅肉到地上，吴亮像狗一样趴下去吃掉。吴亮听后伏地大哭，回去后就上吊死了。建文帝被迎入西内，老死于宫中，葬于西山，不封不树。
其实这是谣言，不过还是有一定根据的。《英宗实录》载正统五年十一月，有个僧人从云南到广西，自称是建文帝，年九十余。当地官员将其遣送到京师，大臣们怀疑他是假冒的。经过究问，他承认本名叫杨行祥，河南人，洪武十七年为僧，受到别人的蛊惑才假冒建文帝的。于是英宗将其押入大牢，过了4个月就死在狱中了，同谋的12名僧人被发配到辽东守边。
江苏吴县说《文汇报》的记者徐作生亲自到江苏吴县去考察，发现了建文帝出亡时遗留下的一些遗迹、遗物，并结合文献资料，认为建文帝当年藏于吴县普济寺内，不多久姚广孝归隐禅寺，在姚广孝的监护下，建文帝隐藏于穹窿山皇驾庵，直到1423年病殒于此，葬于庵后山坡上。这也自成一说。
四川望京寺说有人则认为建文帝在四川平昌佛罗寺躲藏过，并病逝于此，葬于寺后山坡上。建文帝之所以选择佛罗寺，是喜欢这里偏僻难寻，不容易被发现。因他常常面向京城的方向暗自哭泣，后人就把佛罗寺改称望京寺。
另外，近几年有人自称建文帝后人，献出《让氏家谱》，称建文帝通过地道逃离南京，假扮僧道，云游各地，后隐居于武昌，死后就葬在武昌洪山。当然，这一说法还有待于进一步的验证。
对建文帝出亡谜案的解释、传说、附会决不是上面列出的几种，有许多凄美的故事在许多书籍、口头上流传开来，而且也必将流传下去。当然，建文帝的结局到底怎样，谁也没有确凿的证据，成为中国历史上一个难以解开的谜团。