那么，既然建文帝有可能逊国出亡，他又去了哪里呢？综合各种资料，有如下几种说法：
逊国为僧，云游四方正如《明史纪事本末》记载，建文帝从南京逃出后，带着杨应能、叶希贤、程济两比丘一道，隐名易服，云游天下。学者根据地方志、遗迹、遗址等资料考证，认为建文帝曾流亡于云南、贵州、四川、湖北、江浙、广东等地，《明史纪事本末》说他为逃脱追捕，"西游重庆，东到天台，转入祥符，侨居西粤，中间结庵于白龙，题诗于罗永，两入荆楚之乡，三幸史彬之第"。
西南数省，留有很多有关建文帝的遗址和传说。徐霞客在《徐霞客游记》中记载有建文帝曾在贵州白云山修行时遗留的遗迹："有巨杉二株，爽立磴（dènɡ）旁，大合三人抱；西一株为火伤其顶，乃建文君所手植也。再折而西半里，为白云寺，则建文君所开山也；前后架阁两重。有泉一坎，在后阁前槛下，是为'跪勺泉'。下北通阁下石窍，不盈不涸，取者必伏而勺，故名曰'跪'，乃神龙所供建文君者。中通龙潭，时有金鲤出没云。由阁西再北上半里，为流米洞。洞悬山顶危崖间，其门南向，深仅丈余，后有石龛，可旁为榻。其右有小穴，为米所从出流以供帝者，而今无矣。左有峡高迸，而上透明窗，中架横板，犹云建文帝所遗者，皆神其迹者所托也。洞前凭临诸峰，翠浪千层，环拥回伏，远近皆出足下。洞左构阁，祀建文帝遗像（阁名'潜龙胜迹'，像昔在佛阁，今移置此）乃巡方使胡平运所建，前瞰遥山，右翼米洞，而不掩洞门，其后即山之绝顶。"
一些书中还记载有建文帝的诗文，虽然无法判断是否是后人假托，但还是有些符合建文帝身份的。下面这首诗据说是建文帝避难贵州金竺（今贵州广顺）时所作：
风尘一夕忽南侵，天命潜移四海心。
凤返丹山红日远，龙归沧海碧云深。
紫微有象星还拱，玉漏无声水自沉。
遥想禁城今夜月，六宫犹望翠华临。
朱棣做了皇帝以后，对于建文帝出亡也是将信将疑，又听说了很多传言，于是派户科给事中胡分巡全国。《明史·胡传》载"惠帝之崩于火，或言遁去，诸旧臣多从者，帝（指成祖）疑之。（永乐）五年遣颁御制诸书，并访仙人张邋遢，遍行天下州郡乡邑，隐察建文帝安在，以故在外最久。"朱棣是让胡以颁布御制诸书和访寻张邋遢的名义探寻建文帝的下落，前后长达16年之久。这里所说的张邋遢，就是小说中经常出现的张三丰。他是个奇人，不修边幅，飘忽不定，据说能一日千里。成祖对胡侦缉建文帝的事情非常重视，不允许他为母"丁忧"的请求（官员父母逝世，应守孝三年，称为丁忧）。永乐二十一年，胡匆忙赶回北京，恰巧成祖北征驻军宣府。胡赶到宣府时成祖已经休息，听说胡回来后马上接见，二人一直谈到四更。《明史》中说："先未至，传言建文蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈浮海下西洋，至是疑始释。"看来胡是打听到了建文的确切消息，似乎事隔多年建文帝已经没有重夺帝位的想法了，成祖朱棣由此放心，不在究问建文帝踪迹。