初，太祖下集庆，即置行枢密院，自领之。又置诸翼统军元帅府。寻罢枢密院，改置大都督府。以朱文正为大都督，节制中外诸军事，设司马、参军、经历、都事等官。又增设左、右都督，同知，副使，佥事，照磨各一人，并设断事官。定制，大都督从一品，左、右都督正二品，同知都督从二品，副都督正三品，佥都督从三品，经历从五品，都事从七品；统军元帅府元帅正三品，同知元帅从三品，副使正四品，经历正七品，知事从八品，照磨正九品；又以都镇抚司隶大都督府，（先是属中书省）秩从四品。寻罢统军元帅府。吴元年，更定官制，罢大都督不设，以左、右都督为长官，（正一品）同知都督，（从一品）副都督，（正二品）佥都督，（从二品）俱升品秩。其属，设参议，（正四品）经历，断事官，（从五品）都事，（正七品）照磨（从七品）洪武九年，罢副都督，改参议为掌判官。十二年，升都督佥事为正二品，掌判官为正三品。十三年，始改都督府为五军都督府，分领在京各卫所，（惟锦衣等亲军，上直卫不隶五府。）及在外各都司、卫所，以中军都督府断事官为五军断事官。十五年，置五军十卫参军府，设左、右参军。十七年，五军各设左、右断事二人，提控案牍一人，（并从九品）二十三年，升五军断事官为正五品，总治五军刑狱。分为五司，司设稽仁、稽义、稽礼、稽智、稽信五人，（俱正七品）各理其军之刑狱。二十九年，置五军照磨所，专掌文牍。建文中，革断事及五司官。永乐元年，设北京留守行后军都督府，置左、右都督，都督同知，都督佥事，无定员，经历、都事各一人。后又分五府，称行在五军都督府。十八年，除“行在”字，在应天者加“南京”字。洪熙元年，复称行在，仍设行后府。宣德三年又革。正统六年，复除“行在”字。
京营，永乐二十二年，置三大营，曰五军营，曰神机营，曰三千营。五军、神机各设中军、左右哨、左右掖；五军、三千各设五司。每营俱选勋臣二人提督之。其诸营管哨、掖官，曰坐营，曰坐司。（各哨、掖官，亦率以勋臣为之。）又设把总、把司、把牌等官。（又有围子手、幼官、舍人、殚忠、效义诸营，俱附五军营中。）景泰元年选三营精锐立十团营，莅以总兵，统以总督，监以内臣。其旧设者，号为老营。（三老营凡六提督，内选其二领团营。）成化三年，分团营为十二，每营又各分五军、三千统骑兵，神机统火器。其各营统领，俱择都督、都指挥或列爵充之，以总督统辖之。正德中，又选团营精锐，置东西两官厅，另设总兵、参将统领。嘉靖二十九年，革团营官厅，仍并三大营，改三千曰神枢，设副、参、游、佐、坐营、号头、中军、千把总等官。（五军营：战兵一营，左副将一；战兵二营，练勇参将一；车兵三营，参将一；车兵四营，游击将军一；城守五营，佐击将军一；战兵六营，右副将一；战兵七营，练勇参将一；车兵八营，参将一；车兵九营，游击将军一；城守十营，佐击将军一；备兵坐营官一，大号头官一。已上部推。监枪号头官一，中军官十一，随征千总四，随营千总二十，选锋把总八，把总一百三十八。已上俱营推。神枢营：战兵一营，左副将一；战兵二营，练勇参将一；车兵三营，参将一；车兵四营，游击将军一；城守五营，佐击将军一；战兵六营，右副将一；车兵七营，练勇参将一；执事八营，参将一；城守九营，佐击将军一；城守十营，佐击将军一；备兵坐营官一，大号头官一。已上部推。监枪号头官一，中军官十一，千总二十，选锋把总六，把总一百五十七。已上俱营推。神机营：战兵一营，左副将一；战兵二营，练勇参将一；车兵三营，游击将军一；车兵四营，佐击将军一；城守五营，佐击将军一；战兵六营，右副将一；车兵七营，练勇参将一；城守八营，佐击将军一；城守九营，佐击将军一；城守十营，佐击将军一；备兵坐营官一，大号头官一。已上部推。监枪号头官一，中军官十一，千总二十，选锋把总六，把总一百二十八。已上俱营推。通计三大营，共五百八十六员。）统以提督总兵官一员。已，改提督曰总督，铸“总督京营戎政”印，俾仇鸾佩之。更设侍郎一人，协理京营戎政。定巡视科道官岁一代更，悉革内侍官。增设巡视主事，寻亦革。隆庆初，仍以总督为提督，改协理为阅视，寻并改阅视为提督。四年二月，更京营制，三营各设提督，又各设右都御史一员提督之。九月，罢六提督，仍复总督戎政一人。天启初，增设协理一人，已，仍革一人。崇祯初，复增一人。