（5）活体组织检查：取粘膜下及肌层组织病理检查以确定有无神经节细胞存在。
直肠肛管先天性畸形鉴别：
诊断多无困难。生后无胎粪排出，检查无肛门。诊断即可成立。直肠闭锁肛管正常时，直肠指检亦可确定。**流粪，表明有**瘘；尿道口不随排尿动作而排气、排粪为尿道瘘；全程排尿均有胎粪，尿液呈绿色为膀胱瘘。辅以影像学检查多可明确直肠肛管畸形的类型。
影像学检查：先天性直肠肛管畸形的诊断并无困难，但要确定直肠闭锁的高度、直肠末端与耻骨直肠肌的关系以及有无泌尿系瘘还需影像学检查。
x线倒置位摄片法可以了解直肠末端气体阴影位置，判断畸形位置。倒置侧位片上耻骨与骶尾关节的连线称Pc线，相当于耻骨直肠肌平面，以此区分高位、中位与低位畸形。瘘管造影可显示瘘管的方向、长短与粗细。直肠盲端穿刺造影可显示直肠盲端的形态及与会阴皮肤间的距离。B 超检查对直肠末端的定位较X线更准确。磁共振成像检查也逐渐在临床应用，准确可靠。
直肠肛管先天性畸形并发症：
直肠肛管先天性疾病并发症为 肛管括约肌外瘘；肛管括约肌上瘘。
括约肌外肛瘘 最少见，占1%，为骨盆直肠脓肿合并坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过肛提肌直接与直肠相通。这种肛瘘常由于克隆病、肠癌或外伤所致，治疗要注意其原发病灶。以上分类在高低位方面较细致，有利于手术方法的选择。
括约肌上肛瘘 为高位肛瘘，少见，占5%。瘘管向上穿过肛提肌，然后向下至坐骨直肠窝穿透皮肤。由于瘘管常累及肛管直肠环，故治疗较困难，常需分期手术。
直肠肛管先天性畸形预防：
先天性直肠肛门畸形是先天性疾病。无有效预防措施。早发现早治疗是本病防治的关键。
避开遗传病：预防遗传病的方法
避免近亲结婚：近亲结婚所生育的带有子女智力比非近亲子女差得很多，而且发病率很高。所以一定要避免近亲结婚
进行婚前咨询：男女双方或一方，如果亲属中有遗传病患者，担心婚后是否会出生同样遗传病患儿，应咨询他们能否结婚，如果结婚后后果是否很严重；双方中一方患有某种疾病，但不知是否遗传病，可否结婚，传给后代的机会如何？医生会对此作出明确的诊断，并且告知合理的处理方法。