2、中五教育程度的香港教师难以引导幼儿的跨学科探索
方案教学对教师的素质要求其实颇高，因为在实施方案教学时教师经常要根据幼儿的兴趣开展跨学科的专题探索，而有时幼儿的问题可能会很专业、很深奥。例如，“太阳伯伯晚上去哪里了?”这一看似简单的问题其实牵涉到天文学中地球自转、公转和太阳系构成等许多专业知识。而香港现有幼稚园教师大多是中五毕业 (相当于我国内地高一程度)，没有读过高中预科课程，虽经在职进修而取得教育证书(Certificate of Education)，但对天文、地理、物理、化学、历史等学科知识都不太熟悉，实在难以应付这一课程模式所带来的挑战。一般来讲，具有大学本科学历再加幼教学位教师专业证书(Postgraduate Certificate in Education，简称PGDE)并具有3年以上教学经验的教师才有可能胜利推行这一模式。但很可惜，目前香港大多数幼稚园并不具备这样的师资。
3、幼稚园经费和人力紧缺，难以展开专题探索
专题探索活动往往需要教师带幼儿去做现场调研(Field Study)。例如，开展“一封信的奇妙旅程”的主题活动，教师就要组织幼儿观赏邮局，到现场观察、调查、研究，这样幼儿才干对邮政环节有清楚的了解和认识。而这就需要经费和人力资源，如安排校车接送，安排带队教师，联系场地或有关部门。问题是香港幼稚园现在最紧缺的就是经费和人力资源。
4、专题探索难以为幼儿建构系统的学科知识体系
方案教学虽能满足幼儿探究的兴趣，培养其主动学习的能力，但有一个致命弱点，就是这种自然萌发的、以兴趣为导向的、由儿童主导的学习活动难以为幼儿建构系统的学科知识体系。众所周知，每一个学科都有自身的内在逻辑和学科体系，有自身的概念架构。例如，幼儿数学学习通常会从识数、数数开始，建立基本的数概念以后才会学习加法、减法等。这种系统的、有其内在学科顺序或逻辑顺序的学科学习，是幼儿必需的，但是通过方案教学是无法实现的。美国布什政府现在大力推行的“早期学习规范”(Early Learning Standard)就是要为幼儿在各个学习领域的学习设定一个最低规范，要求各幼儿园课程必需包括这些学科内容，以纠正过去美国幼教界无学科、无系统、不学习的极端自由主义倾向，提升幼儿教育质量。