研究性学习和学科教学是我国基础教育课程体系中相互补充、相互促进的两个板块。……研究性学习和学科教学各有自己的价值，它们完全可以建立相互弥补、相互促进的关系，共同对学生发生作用。学科教学中的所传授的知识和形成的学习能力是学生开展研究性学习的必不可少的基础和材料，学科教学中的许多内容可以在研究性学习中拓展和延伸，而研究性学习中学生所形成的能力、学生所得到的信息和新知识又由学生很自然地迁移到学科教学中。学生是一个完整的人，两类课程的结果将同时在他身上发挥作用。（霍益萍：《研究性学习：实验与探索》）
“研究性学习”课程与学科课程存在本质区别：学科课程是基于或主要基于学科逻辑体系而开发的，掌握必要的体现于学科中的间接经验是学科课程的直接目的；“研究性学习”课程则基于学生的直接经验，它以获取关于探究学习的直接经验、发展创新精神和解决问题的能力为直接目的，以个性健全发展为根本鹄的。
“研究性学习”课程与各门学科课程也存在内在联系：“研究性学习”这种学习方式不仅运用于“研究性学习”课程中，也运用于各学科课程中；“研究性学习”课程中所获得的直接经验与学科课程中所获得的体现于学科中的间接经验，两者是交互作用、相辅相成的。
在实践中，处理“研究性学习”课程与学科课程的关系可从三方面入手：第一，各学科领域的知识可以在“研究性学习”课程中延伸、综合、重组与提升；第二，“研究性学习”课程中所发现的问题、所获得的知识技能可以在各学科领域的教学中拓展和加深；第三，在某些情况下，“研究性学习”课程也可以和某些学科教学打通进行。
妥善处理“研究性学习”课程与各学科课程的关系，既是一个意义重大的课程，又是一个富有创造性的课题。（钟启泉、张华等：《为了中华民族的复兴 为了每位学生的发展 〈基础教育课程改革纲要（试行）〉解读》）