其实某些孩子并非是对某种食物过敏，而是与过敏同为变态反应性疾病、发病机理并不相同的“食物不耐受”。对于食物不耐受发生原理一部分专家认为：“食物不耐受”是人的免疫系统把进入人体内的某种或多种食物当成有害物质，从而针对这些物质产生过度的保护性免疫反应，产生食物特异性IgG抗体。大多数专家认为食物不耐受是因为体内缺乏消化一些食物相应的酶而无法被人体完全消化，以多肽或其他分子形式进入肠道，在那里被人体作为外来物质识别，从而导致免疫反应的发生，产生食物特异性的IgG抗体。但是尽管对食物不耐受产生的机理认识是不一致的，但是都一致认为食物不耐受属于一种复杂的变态反应性疾病。如很多人在进食牛奶或奶制品后会出现胃肠道反应，如腹泻、腹痛等，便是乳糖的不耐受引发的病症反映。食物不耐受还会导致皮炎和食物过敏。食物不耐受的患者可以出现与过敏相同的一些症状，在临床上难以区分，营养学家曾对2567个怀疑有食物不耐受的人调查发现：其中44%的人出现慢性腹泻、腹痛、溃疡、消化不良；16%的人皮肤出现皮疹、红斑、皮肤搔痒；12%的人有偏头痛，失眠；10%的人患哮喘；7%的人出现肌肉骨骼症状关节痛。英国过敏协会也统计得出：人群中有高达45%的人对某些食物产生不同程度的不耐受，婴儿与儿童的发生率比成人还要高。因此有理由相信在诊断为对某种食物过敏的儿童中可能是食物不耐受。因此，通过检测这种特异性IgG抗体，可以判断人体是否食物不耐受，找出疾病的真正原因。
食物过敏与免疫球蛋白E相关，食物不耐受与免疫球蛋白G相关。前者发病来得快，症状明显，属于急性病，在日常生活中容易引起人们的关注，在临床通常以药物治疗为主；后者症状比较隐蔽，属于慢性病，在平时，人们通常认识不到它的存在，因此被称为人体健康的隐性“杀手”，在临床通常以调整饮食治疗为主。
目前，世界卫生组织建议母乳喂养6个月时再开始添加辅食并且推迟鸡蛋的添加，以预防过敏性疾病。因为小婴儿肠道通透性大，食物可疑通过肠道直接进入血液中而被当作异物专家建议，对于那些拥有过敏家族背景的婴儿，如果出现湿疹、持续腹泻等过敏症状，并被确诊为蛋白过敏后，父母要在严格避免“食物致敏原”的同时，采用合适的替代食物以保证婴幼儿的营养需要。
比如，对0至1岁牛奶过敏的宝宝，可对其饮食配方进行调整，选择可替代牛奶配方的食物或无致敏蛋白的特殊配方营养粉。目前医学界推荐的可用于治疗婴幼儿牛奶蛋白过敏的特殊配方营养粉是游离氨基酸配方粉或深度水解蛋白配方粉。由于其不含牛奶蛋白，且营养成分能满足宝宝生长发育的需要，可以作为婴幼儿食物过敏饮食治疗的替代。