针对多次逃脱的约翰尼，高桥派出了杀手“传教士”。他白天在患NAS病人聚集地散布异教，深夜化作杀手。
简也是NAS病毒的受害者，她的病突然发作，于是她央求约翰尼带她去斯帕伊德博士的诊所。斯帕伊德博士为简作了治疗，他告诉约翰尼“奥加曼博士”是个地方的名称。
约翰尼跟随斯帕伊德来到这个地方，原来这里是治疗NAS病毒患者的医院。斯帕伊德告诉他，他传送的这份情报是治疗NAS病毒的方案。
原来“企业联盟”控制了延缓NAS病发作的唯一特效药“哌拉龙—B”，这种药昂贵又有毒性，这使“企业联盟”发了大财。而新治疗法的发朋将使“企业联盟”的利益受损，于是，“企业联盟”便企图毁灭新疗法。不满的研究员们偷偷送出了情报。
当约翰尼得知在取出这份情报时他可能会丧失全部记忆，他拒绝冒这个险，于是和简离开了医院。而斯帕伊德则被“传教士”杀害。
在都市的旷野上，约翰尼变得很激动，为了当情报传递员，他已经丧失了对童年的记忆，而且被迫在枪林弹雨中奔波。但是，发泄一通之后，他还是决定要把这份情报贡献出来，拯救危难中的病毒受害者。
约翰尼和简遵循斯帕伊德临终嘱言，寻找译码者琼斯。在路德的帮助下，约翰尼开始了丢失记忆的修复工作。
恰在此时，野狼组向路德众人发起了攻击，修复工作被迫中断。战斗中，高桥出现在约翰尼面前。他不顾电脑画面女人阻止，企图加害约翰尼，结果被星纪从背后射出的复仇子弹击中。
约翰尼和星纪展开博斗。关键时刻，约翰尼摁下了星纪手指上的引爆开关。浑身起火的星纪坠落百丈深渊。高桥临终之前将另一半密码交给了约翰尼。这时，潜在的杀手“传教士”企图夺取情报。疯狂的野心使他想成为神，他以简为人质逼迫约翰尼。在琼斯的帮助下，约翰尼终于击倒了“传教士”。
但是，受到时间控制的约翰尼的记忆开始丢失。唯一的办法便是约翰尼通过电子化使自己进入自身的意识。衰弱的神经经受作业的可能性很小，为了拯救人类，尤其是拯救简，约翰尼决定接受电子化跃入自身意识。面对没有密码的侵入，约翰尼自身的防御程序启动了。约翰尼与病毒展开了激战。在琼斯的帮助下，他失去的记忆终于像流水奔腾而出。
“企业联盟”的未日降临了。约翰尼再也不必做一个情报传递员了。他和简将开始新的生活。