当“菌”指细菌、真菌、黏菌这些微生物时，读一声jūn。
首先，“细菌”“真菌”“黏菌”这几个词语中的“菌”读一声jūn。其次，词语中的“菌”表示细菌的意思时，也读一声jūn。
例如，“病菌”指导致人类生病的细菌，其中的“菌”读一声。再如：“杆菌”是杆状细菌，“无菌”指没有细菌，“菌肥”指细菌肥料，“菌类”指细菌、真菌、黏菌这三类微生物，“菌苗”是用细菌培养成的疫苗，“酵母菌”属于真菌，是用来发酵的微生物，“青霉菌”是真菌的一种，这些词语中的“菌”都读一声 jūn。
当“菌”表示真菌中的伞菌科（种类很多，有的能食用，例如香菇）植物时，读四声jùn。例如：“香菌”是蘑菇类的食用菌，“菌子”指蘑菇，“野山菌”是野生的食用真菌，其中的“菌”都读四声jùn。
“菌种”有两个意思，一个意思是“制造免疫菌苗的病原微生物”。这时，“菌”的意思是“细菌”，应当读jūn。
“菌种”另一个意思是指栽培蘑菇等所用的种苗。这时，“菌”指伞菌科植物，应当读jùn。