大部分双胞胎妊娠是安全的，但一下子从一个人变成了三个人，风险增加了很多，必须加强保健。双胞胎的风险有几方面。首先，对于妈妈，早孕反应比较重。大多数单胎孕妇也会有早孕反应，但通常不需要治疗，经过一段时间后就适应了，一般最晚不超过12周。但是双胎的孕妇，通常反应会比较重，而且持续时间长，需要治疗的比例高。“我们曾经治疗过一个双胎孕妇，她从一开始停经就恶心，吐得厉害，不能进食，最后食道黏膜和胃黏膜出血，一直在医院治疗，怀孕20周才恢复。”
其次，到了怀孕中、晚期，由于宫内两个胎儿一起生长、发育，从妈妈体内获取的营养是单胎儿的两倍，所以如果营养支持不够，孕妇很容易缺钙和贫血。
再次，由于双胎孕妇的子宫张力大，孕妇容易发生先兆子痫(怀孕期间发生的高血压和蛋白尿)。
双胞胎的胎儿也有很多风险。首先，两个胎儿从妈妈体内抢夺营养，容易营养不够，发育偏小。还有，双胞胎的胎儿畸形发生率高，是单胎的2倍，而且有些畸形是双胎妊娠所特有的，如联体畸形。双胎妊娠通常还会发生早产。
单卵双胎中还有一种严重的情况叫做“双胎输血综合征”，就是一个胎儿的血液通过交通的血管输给了另一个胎儿，表现为一个胎儿贫血，发育小；另一个胎儿水肿，心脏负担重，容易心功能衰竭，严重时甚至死亡。国外有些医院采取羊膜镜下血管消融术治疗，但是风险较大，目前国内很少做，以早期发现、加强监护为主。“曾经有位孕妇，怀孕20周时发现有双胎输血综合征，不久一个胎儿发生宫内死亡，医生对存活的另一个胎儿进行保胎治疗，在密切监护下继续妊娠到足月。分娩后检查发现，胎盘旁边有个像纸一样的物体，上面依稀有胎儿的轮廓，就是那个中途死去的胎儿，吸收后形成的。”