兵部。尚书参赞机务一人，右侍郎一人，司务一人。武选、职方、车驾、武库四司，郎中四人，员外郎二人，（武选、武库无员外郎。）主事五人。（车驾主事二人。）所辖，典牧所，提领一人。（正八品）会同馆、大胜关，各大使一人。按参赞机务，自宣德八年黄福始。成化二十三年，始奉敕谕，专以本部尚书参赞机务，同内外守备官操练军马，抚恤人民，禁戢盗贼，振举庶务，故其职视五部为特重云。
刑部。尚书一人，右侍郎一人，司务、照磨各一人。十三司郎中十三人，员外郎五人，（惟浙江、江西、河南、陕西、广东五司设。）主事十四人，（广东司二人。）分掌南京诸司，及公、侯、伯、五府、京卫所刑名之事。司狱二人。
工部。尚书一人，右侍郎一人，司务一人。营缮、虞衡、都水、屯田四司，郎中四人，员外郎二人，（营缮司一人，都水司一人，嘉靖三十七年，革都水员外郎。）主事八人。（营缮司三人，屯田司一人，馀各二人。）所辖，营缮所，所正、所副、所丞各一人。龙江、清江二提举司，各提举一人。（副提举后革。） 文思院、宝源局、军器局、织染所、龙江抽分竹木局、瓦屑坝抽分竹木局，各大使一人。（嘉靖三十七年，革文思院大使。）
都察院。右都御史一人，右副都御史一人，右佥都御史一人，司务、经历、都事、照磨各一人，司狱二人。（嘉靖三十七年，革司狱一人。隆庆四年，革都事。）浙江、江西、河南、山东、山西、陕西、四川、云南、贵州九道，各御史二人。福建、湖广、广东、广西四道，各御史三人。（嘉靖后不全设，恒以一人兼数道。）凡刷卷、巡仓、巡江、巡城、屯田、印马、巡视粮储、监收粮斛、点闸军士、管理京营、比验军器，皆叙而差之。清军，则偕兵部、兵科。核后湖黄册，则偕户部、户科。
提督操江一人。（以副佥都御史为之，领上、下江防之事。）
通政使司。通政使一人，右通政一人，右参议一人，掌收呈状，付刑部审理。经历一人。