然而，北路军由于主将刘文秀轻敌，于顺治九年（1652）十月，在保宁（四川阆中）被吴三桂击败，副将王复臣壮烈牺牲。孙可望不仅削去刘文秀的爵号，又拆散其部队，引起大西军将领的不满，“众皆怨望，自是人心涣散，猜忌日多”。孙可望本是个权欲熏心的人，李定国立下赫赫战功之后，更引起他的嫉恨。对李定国他不仅扣发犒银和制止永历帝封其为西宁王，而且千方百计想加以谋害。顺治十年正月，孙可望怕李定国“兵力益强，功驾己上”，便率“驾前军”东进沅州。此时李定国屯宝庆，侦知清兵放牧湘江东岸，“将间道夺其马”，孙可望三天中来信七封，催李定国前来议事。李定国只好放弃奇袭前往。行至紫阳渡口，刘文秀之子秘密派人来告：“可望俟其至即收杀之”。李定国听罢流着泪说：“盗贼终不可与共事也，然我仍以君子长者之心待之”。并致书孙可望：“今虽大局稍有转机，而敌势力张，成败尚未遂睹。正吾侪同心协力，共策兴复之秋。不宜妄听谗言，自相残杀，以败坏国家，愿明公深长思之。”孙可望接信后恼羞成怒，领兵前去攻打。李定国为避免自相残杀，决定离开湖南赴广西全州。他对部下说：“今甫得斩名王，奏大捷，而猜疑四起。且我与刘抚南同起云南，战功俱在，一旦絓误，辄废弃，于我忌害当必尤甚，我妻子俱在云南，我岂得已而奔哉？”表达了为顾全大局，迫不得已的心情，诸营中跟随其南下的部队约有五万，未跟随者“亦咨嗟太息”。

同年二月，清军已得知孙、李内哄，派贝勒屯齐再入湖南，与追赶李定国的“驾前军”在宝庆相遇。由于“驾前军”骄傲轻敌，被清兵杀得大败，孙可望急忙逃往峒江，衡州、武岗、靖州、辰州、沅州、黎平等州郡均陷于清军之手，民死者将百万，定国精锐亦挫者殆半。清平南王尚可喜也派舟师夺取了梧州和桂林。李定国和大西军将士浴血奋战得来的累累战果，被孙可望破坏殆尽。

清军对李定国也紧追不舍，二月底，永州被攻陷，李定国移驻龙虎关（湖南桃川西）。三月，广东义师罗锦鼐迎接大西军入粤，广东的抗清烈火又被点燃。李定国连破开建（广东封开）、德庆，直抵肇庆城下，又分兵攻克四会、广宁、三水，完成对肇庆城的包围。三月二十六日，大西军“围肇庆，泄其壕，三面急攻”，但由于清军拚死抵抗，围攻一月未破，清将耿继茂发铁骑兵来救，农民军被迫撤围退军柳州。洪承畴闻其败，曾派人招降，李定国置之不理。

李定国深感自己的力量不足以平定广东，便于六月主动致书郑成功，邀他会攻广州，但由于联络不便，郑成功误期，郑、李第一次联合行动未能实现。

李定国不仅在广东失利，在广西的进展也不顺利。七月十三日，他率兵两万进攻桂林，围攻七昼夜未克，只得退回柳州，然而孙可望仍要置他于死地。八月，派冯双礼偷袭柳州。李定国早有准备，暗地伏兵于江口芦荻中。当冯双礼来攻，便以精锐抵挡。冯连忙退兵，伏兵四起，冯只得自投水中。李定国传令勿杀，晓以大义，从此冯双礼投顺李定国。

顺治十一年初，明鲁王政权定西侯张名振率海舰攻入长江，直抵镇江。郑成功也遣兵攻崇明，清沿海一带告急。形势的好转，使李定国再度东征。三月，他率领数万农民军和十三匹战象，连破廉州（广东合浦）、雷州（广东海康），并占领罗定、新兴、石成、电白、阳红、阳春等县。五月，进攻高州，清守将张月举兵来归。六月，再攻梧州，虽因清兵有备，不克，但广东、广西各地义师群起响应。李定国控制了廉、雷、高一带，“黎岐蠢动，水陆响应，儋崖路断”，抗清形势再度出现**。他十分兴奋，准备约郑成功合攻广州，平定全广，再扩大到全国。于是他题字“一匡天下”，自比管仲“复出”，产生了骄傲情绪。

李定国明白，要想攻克广州，首先要打开广州的门户新会。这一计划必须要有郑成功的配合才能完成。七月，李定国再次致书郑成功，邀他合攻新会。信中指出：“会城两酋（尚可喜、耿继茂）恃海撄城，尚稽戎索。兹不谷已驻兴邑，刻日直捣五羊；然逆虏以新会为锁钥枢牖，储粮悠资，是用悉所精神，援饷不绝。不谷之意，欲就其地以芟除，庶省城可不劳而下。”信中注明援兵不得迟于十月以后。同时，李定国又联络了粤东水陆义师王兴、陈奇策等部，号称二十万大军，将新会包围得水泄不通，一场规模空前的恶战即将开始。

十月十四日，攻城开始，农民军采用炮击，掘地道、伐木填壕等战术均被击退，连攻两月，未能奏效。这时李定国轻信了间谍“城中粮尽”的谎言，命令罢攻，采用围困战术，并“建造行宫，署置官曹，诛求乡落诸所，征发凌杂米盐”，使清军有了喘息之机，大西军中也“瘟疫盛行，士气颓萎，病死枕藉”，处于不利的境地。

十二月，尚可喜、耿继茂及清靖南将军朱玛喇率十万满汉兵赶来，清军以铁骑兵冲垮定国左军，李定国依恃的战象也被惊散，致使大西军全线崩溃，“滇兵大崩，戈甲弃载道，死者无算，亡十三象”。清军乘胜追杀二十里，尸横遍野。李定国只得渡横江焚浮桥解新会之围。

李定国撤出新会后，沿途六、七十万百姓跟随撤退，“定国抚难民，哭号失声”，连夜退走南宁。从此，广东高、雷、廉三府，肇庆、罗定所属三州十八县及广西横州、郁林一带全部沦入清军之手，广东义师也随之失败。新会惨败，从主观上讲，与李定国的骄傲轻敌不无关系；从客观上讲，郑成功此时正与清廷议和，拖延了援粤之师，等十二月议和失败，郑成功才派林察率舟师赴粤，李定国早已败退，贻误了战机。同时，孙可望又切断了滇黔的物资援助，这一切终于导致了新会之战的失败。当李定国退抵南宁时，身边仅剩下六千人，从此他企图恢复两粤的事业终于化成了泡影。