发病是缓慢的，开始是腹痛、腹泻、低热，大便次数逐渐增多，一日１０次左右，有不同程度的里急后重。以后大便由稀黄变为粘液带脓血，有腐败腥臭。也有单纯腹泻略带粘液，大便中含有多量的阿米巴滋养体，病程一般数天至数周。急性期如果治疗不彻底，很容易复发而成为慢性。也有的是由轻度腹泻发展成慢性的。慢性期表现多样，轻的一般情况良好，只有间断腹痛、腹泻，有时为成形便，呈棕红色，有时为正常大便带少许粘液或血液，便次不多，每日２～５次。重症表现为消瘦、贫血、衰竭、腹痛、腹胀，大便中含有阿米巴包囊。