在阿富汗，苏顾问以冬季装备换季和检查维修为名，集中和拆卸了阿军的主要武器装备，而且限制作战飞机驾驶员飞行，使阿军实际上被解除武装处于无法作战状态。阿总统阿明被诱骗离开总统府，转移到郊区行宫，失去了与各战斗部队的联系。
苏联还对西方发动了外交和宣传攻势，大肆宣扬苏联从东德部分撤军，抨击北约在西欧部署中程导弹，对伊朗扣留美国人质事件推波助澜，以此转移西方对其侵阿行动的注意力。
12月27日晚7时半，先期在喀布尔机场空降的苏军空降师经过集结整顿，在克格勃的配合下，迅速占领首都各要害部门。苏军经与总统卫队和首都驻军激战4 个小时，击毙总统阿明，逮捕了政府重要官员，解除了政府军抵抗部队的武装。此后不久，边境的苏军部队分别在预定地点陆续大举越境，并沿预定路线快速开进。在边境地区苏军只遇到阿军轻微的抵抗。为保障地面部队主力的推进，苏军还动用了前线航空兵团进行空中支援。1980年1月2日，进行地面主要突击任务的东路集群第三○六摩步师一个团和担任辅助突击的西路集群第三五七摩步师主力在坎大哈会师，1月3日苏军封锁了霍贾克山口，一周之内，苏军控制了阿富汗全国主要城市和交通干线。至此，苏军基本实现对阿富汗的占领。
苏军占领阿富汗，遭到了阿富汗各族各阶层人民的强烈谴责和广泛的反抗。阿富汗人民有着3次抗英斗争的光荣历史。在1978年4月苏联支持推翻达乌德政权的军事政变之后，阿富汗人民就开始逐步开展游击战争。当时的游击战只具有内战性质，打击目标主要是亲苏执政党所把持的各级政权和政府控制的武装力量。苏军武装入侵后，游击战的性质就由以反政府为目的的内战很快转变为抗苏民族解放战争。
游击组织多达几十个，游击活动遍及全国各个省，抗苏斗争广泛开展。侵阿苏军为了巩固自己占领的地位，积极镇压阿富汗各族人民的抗苏运动，从此阿富汗开始了一场持久的抗苏游击战和苏军反游击战的较量。