究心经世之学
左宗棠，字季高，一字朴存，早年自号湘上农人。嘉庆十七年十月初七日（1812年11月10日）出生于湖南湘乡左家塅一个下层地主知识分子的家庭。
从4岁开始，左宗棠就随祖父和父亲学习儒家经传。19岁时，才正式到城南书院读书，受教于名儒贺熙龄。贺熙龄主张经世致用，左宗棠受他的影响很大，一直以宗师事之。贺熙龄的哥哥贺长龄，是著名的《皇朝经世文编》的主编，时为江苏布政使，在回乡时见到左宗棠，对这个年轻人很为器重。贺的藏书很多，左宗棠每次借书，他必“亲自梯楼取书，数数登降，不以为烦”，还经常同他讨论问题。通过贺氏兄弟，左宗棠逐渐密切了与封建统治阶级中士大夫集团的关系，思想逐步向经世致用发展。
道光十二年（1832），左宗棠20岁时，参加了本省的乡试，与他哥哥同榜中举。这是左宗棠在科举道路上获得的唯一一次功名。同年，他与湘潭一位富室千金周诒端结婚。由于家境清寒，此后就以招赘女婿的身份一直住在周家。
当时的左宗棠，年轻气盛，自负不凡，极想由此一举登上仕途，曾三次赴京会试，但连遭失败。科举的失意使他愤懑不平，“遂绝意进取”，“弃词章为有用之学”，精力完全集中到经世致用方面来。由于外患日深，不少士大夫特别注意边疆史地的研究，左宗棠也深受影响。他17岁时，即从书肆中购得顾祖禹的《读史方舆纪要》、顾炎武的《天下郡国利病书》以及《齐氏水道提纲》等书，“喜其所载山川险要，战守机宜”。科举失意的几年中，他悉心钻研地学，尤其是西北、西域的史地著作，加深了对社稷安危的关切和西北边防重要性的认识，形成了比较远大的政治眼光。
道光十七年（1837），左宗棠担任了醴陵渌江学院的主讲。这年，两江总督陶澍“乞省墓道”，回湖南安化，路过醴陵。左宗棠应醴陵知县之请，为陶澍的公馆作了楹联。联中巧妙地嵌入道光帝钦赐“印心石屋”予陶澍之事，大得陶澍的赏识，特地邀见左宗棠，“倾谈竟夜，与订交而别”。此后来往不断。道光十九年（1839），陶澍病殁，与陶澍有深交的贺熙龄要左宗棠担负起教育陶子（陶桄）的责任，于是左宗棠于次年来到安化小淹陶澍家教学。
在小淹八年之久的教馆生涯，对左宗棠来说是一个很重要的阶段。陶澍家中所藏书籍，特别是“本朝宪章”十分丰富。左宗棠“课读之暇，博观纵览”，阅读了大量有关水利、田赋、盐政的书籍，探求如何上慰宸衷、下安百姓、振刷纲纪、济世匡时的途径，以挽救正在衰落的封建皇朝。同时，又从陶澍的往来书信中开始知道了林则徐，并产生了仰慕之情。林、陶都是当时的重要人物，他们关心民情，刚直不阿，主张改革弊政和抵制外来侵略。这些，对左宗棠都产生了强烈的影响。
御“外患”与除“内忧”
道光二十年（1840），鸦片战争爆发。英国侵略军犯浙江，陷定海，进逼天津、海口。消息传到湖南，激起了左宗棠的爱国热情。于是他研究了反侵略的“战守机宜”，写出了《料敌》、《定策》、《海屯》、《器械》、《善后》诸篇，并在给贺熙龄的几封长信中，详细讨论了这些问题。其中不少主张与林则徐在广东抗击英国侵略者的策略不谋而合。他还尖锐地指出：“方今时事之坏，无过上下相蒙，贤奸失别”，必须对琦善这样“以奸谋误国，贻祸边疆”的罪魁祸首“驰使封剑，斩首军前”，“以壮三军之气，而寒彼族之胆”。对于被无辜问罪、发配新疆的林则徐，他则寄予满腔的同情，心“如在公左右也，忽而悲，忽而愤”，“心神依倚，惘惘相随”，表现了对这位民族英雄的高度敬仰。
但是，左宗棠在主张抵御“外患”的同时，又深为农民起义的“隐忧”而焦虑。特别是《南京条约》签订后，由于清廷的屈辱求和，与外国侵略者的矛盾暂时缓和下来，而国内的阶级矛盾又因封建统治者的横征暴敛而尖锐化。面对岌岌可危的局面，他常与好友胡林翼（陶澍之婿）在小淹“彻夜长谈”，深为“国威屡挫之余，乱民益无所忌”而“百忧攒集”。地主阶级的立场、根深蒂固的忠君思想，以及自负不凡的性格，都使他“梦卜夐求”干一番为“圣君”清除“内忧”的大事业。这正是他不久后与曾国藩、胡林翼等“中兴名臣”残酷镇压太平天国起义的共同政治基础和思想基础。
道光二十九年（1849）十一月，林则徐引疾还闽，经过长沙时，特遣人召左宗棠一见。左宗棠“谒之长沙舟中”，“宴谈达曙，无所不及”。林则徐很赏识左宗棠，称他为“不凡之才”。
咸丰二年（1852），左宗棠接受湖南巡抚张亮基的礼聘，入张幕充当谋士。太平军围攻长沙时，左宗棠在省城内为张亮基调兵遣将进行顽抗，还献“河西合围之策”，企图一举包围、歼灭太平军。在太平军久攻长沙不下，毅然撤围北上后，左宗棠又协助张亮基训练兵丁、整饬吏治，并对响应太平军的广大群众进行报复。他以“首先决策”镇压浏阳秘密会党“征义堂”有功，升用直隶州同知。
不久，张亮基调任湖广总督，左宗棠随往湖北，与江忠源等一起，抗拒太平军的西征。后张亮基又调任山东巡抚，左宗棠不愿随往，而在新任湖南巡抚骆秉章的幕中，一连干了6年。
从咸丰四年（1854）至咸丰九年（1859），左宗棠的主要活动是为清皇朝坚守湖南。当时的湖南，是曾国藩湘军的发源地，是支持东南五省反动力量的重要基地。在湘军已经倾巢出省镇压太平军，而湖南又受到来自邻边各省和本省农民起义军不断冲击的形势下，左宗棠既要为出省的湘军筹办粮饷、船炮、军械，又要设法抵挡纷至沓来的打击，确是不遗余力，费尽心机。
左宗棠在湖南所显示的才干，为统治阶级所赏识。潘祖荫说：“国家不可一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠。”连最高统治者咸丰帝也特意“垂询及之”。左宗棠对咸丰帝的“特达之知”，刻骨铭心，感激涕零。
咸丰六年（1856），左宗棠以接济曾国藩军饷攻占武昌有功，“诏以兵部郎中用，赏赐花翎”，不久，又加四品卿衔。正当他得到咸丰帝的青睐，飞腾有望之时，却突然被湖广总督官文奏劾，几遭不测。虽由于胡林翼、曾国藩、潘祖荫等人的力争才免于一死，但不得不退出骆幕。统治阶级内部的倾轧，使左宗棠初次尝到“世网之险”。他知道，即“匿影深山”，也不一定能躲过对方再下毒手，因此转而投靠为他脱险出过力的曾国藩。
参与镇压太平天国
咸丰十年（1860）六月，左宗棠奉诏命以四品京堂从曾国藩治军。他招募了5000人，组成了“楚军”，这就是左系湘军的起点。
左宗棠这次因祸而投靠曾国藩，是他经历中的一个转折。过去8年，他虽然倍受重用，名声不小，然而充其量也不过是一个高级师爷而已；而这一来，却真正成了一员拥兵带队、手握实权的将领。以后，正是凭着这一资本，他的权力越来越大，以至与曾国藩等并驾齐驱，成为同治年间的“中兴名臣”。
“楚军”组成后，在长沙金盆岭练军。年底，由江北战场西进的李秀成大军，包围了曾国藩指挥机关所在地——安徽祁门。曾国藩惊恐万状，四处呼救。于是左宗棠不得不率领刚刚练成的楚军出湘，进入江西，在皖、赣交界的德兴、婺源一带与太平军交锋。这一地区是曾国藩大营的粮道，已被太平军拦腰切断。左宗棠的任务就是要打通这一粮道，“严防大营后路”，以解曾国藩之围。他知道，初次出阵的成败，关系今后的命运，因此势在必争。而太平军方面，由于李秀成对救援安庆并不积极，与湘军稍一接触后，就绕过祁门，过浙江，入江西招兵去了。因而左宗棠得以比较顺利地占领了德兴、婺源，接着又在东平、鄱阳击败了准备深入江西腹地的侍王李世贤部，从而打通了曾国藩大营的后路。清廷为对左宗棠表示嘉奖，命其帮办江南军务，并授太常寺卿。
咸丰十一年（1861）十一月底，从湖北回师的李秀成与李世贤会合，一举攻克浙江省会杭州。浙江巡抚王有龄自缢，清廷大震。这时，曾国藩虽受命节制浙江军事，但他占领安庆之后，正集中力量进犯天京，无暇顾及，故一再推荐左宗棠去收拾残局。于是，清廷任命左宗棠为浙江巡抚。
同治元年（1862）春，左宗棠率军自江西入浙。这时，清廷多次令他率兵进驻清军在浙西的唯一据点衢州城，并迅速拿下金华、杭州。但左宗棠是十分谨慎的，他知道在当时的形势下，要马上进攻金华、杭州，固然是“痴人说梦”，就是进入衢州城，也十分危险。因为太平军“每遇坚城，必取远势包围，待其自困而后陷之”，必须“避长围，防后路，先为自固之计”。于是他决定采取“置于四旁，渐进中央”的策略，先不入衢城，而是分兵拔除赣、皖边境的太平军据点，扫清后路，步步为营，逐渐往前推进；然后避开坚城，从侧路进攻杭州。在英勇善战的太平军面前，他的如意算盘实现得并不顺利。直到同治二年（1863）初，左军虽然竭尽全力，但仍然停滞在龙游、汤溪、兰溪一带，进展缓慢。但后来太平军整个战局逐渐恶化，外国侵略者公开与清军联合，并在浙东开辟了第二战场，攻占了宁波，因而浙西战场的太平军内部发生动摇，出现了火并、叛变。而这一切，都被左宗棠乘机利用，采取各个击破的策略，攻占了处州、严州和龙、汤、兰三城，并进一步占领了金华，军锋直逼杭州。接着，这时已是闽浙总督的左宗棠派蒋益澧率军进攻“为杭州锁钥”的重镇富阳。坚守此城的太平天国康王汪海洋在富阳、新城之间大破蒋军。左宗棠急于事功，在久攻不克的情况下，竟不惜“兼募外国军助之攻”。同治二年八月，左宗棠军与法人德克碑率领的1500人“常捷军”勾结在一起，向富阳再度发起攻势。德克碑以重炮轰城，终于夺取了富阳。
攻占富阳后，左宗棠兵分两路：一路由蒋益澧等率领，直驱杭州；一路由魏喻义、康国器率领，进犯余杭。在左军的围困下，杭州城内弹尽粮绝。同治三年（1864）二月，太平天国听王陈炳文突围出走，比王钱桂仁投降，杭州陷落。余杭汪海洋弃城北走，也为左军所占。六月，曾国藩率领的湘军攻陷了天京。轰轰烈烈的太平天国农民起义终于被血腥地镇压下去。清廷论功行赏，左宗棠被封为一等恪靖伯。
但是太平天国的战斗并未结束。在天京失陷后突围的各支部队分别转战江西、福建、广东各地，继续坚持斗争。清廷授权左宗棠节制福建、江西、广东三省的清军，策划最后消灭太平军的余部。同治四年底（1866 年1月），在左宗棠的统一部署下，闽、浙、赣、粤的清军合围汪海洋的最后据点——广东的嘉应州。汪海洋、谭体元壮烈牺牲，长江以南太平军的英勇斗争至此方才结束。同治五年（1866）元月，左宗棠从广东“凯旋”而归，回到福州。在镇压太平天国的罪恶活动中，他与曾国藩、李鸿章一样，用大量起义者的鲜血染红了顶子，换来了“中兴名臣”的桂冠。
创办福州船政局
在闽浙总督任上，左宗棠提出了创办福州船政局的计划。这一举动，使他成为洋务派的代表人物之一。
当左宗棠军攻占杭州后，他即派人仿造轮船，但是没有成功。镇压了太平天国后，他开始筹办福州船政局。法国洋枪队将领德克碑和税务司日意格表示愿“代为监造”。由于在浙江战场上形成的特殊关系，也鉴于上次华人自制失败，左宗棠决定接受他们的建议。同治五年五月，双方达成协议，并奏报清廷批准。日意格到福州同左宗棠“详商一切事宜”，同赴罗星塔，选择了马尾山下一处地方作为厂址。在初步规划就绪后，左宗棠任命日意格为福州船政局正监督、德克碑为副监督，“一切事务，均责成该两员承办”。船厂的生产指标是：在五年中，应照“外洋兵船样式”，制成150匹马力的大轮船11艘和80匹马力的小轮船5艘。
正当左宗棠兴致勃勃地大搞造船的“五年计划”时，清廷却调他任陕甘总督，以镇压西北的回民起义。左宗棠不得不匆匆去西北赴任。但他“身虽西行，心犹东注”，仍然恋恋不忘于船政局。他推荐沈葆桢任总理船政大臣，并派他的亲信胡光墉直接督察筹划。因此，在左宗棠离开后，船政局的建设仍在他的“遥控”下继续进行。至同治十三年（1874），船政局共建有工厂16座、船台3座、船槽1座，并附设艺局等，成为洋务派兴办的最大的船舶制造厂。
福州船政局与其他洋务派军事工业一样，都不同程度地存在着封建腐朽性和对外国的依赖性。但比较起来，船政局还有自己的几个特点：
第一，从造船的目的和作用看，它比较突出“御侮”，也就是针对外国侵略的一面。筹建之始，左宗棠就在给清廷的奏折中明确指出：“自海上用兵以来，泰西各国火轮兵船直达天津，藩篱竟成虚设。”自造轮船，正是为了改变这种状况。此后，他又反复重申：英、法、俄、德等国“各以船炮互相矜耀，日竞鲸吞蚕食之谋，乘虚蹈瑕，无所不至”，因此，“非师远人之长还以治之不可”。
第二，在造船方针上，左宗棠强调自造，反对“造船不如买船”的谬论。他认为，中国自己造船，是“欲得其造船之法，为中国永远之利，并可兴别项之利”，“非如雇买轮船之徒取一时可比”。还进一步提出附设艺局，聘请西洋技师，派中国工匠、学员学习西洋语言文字、标法画法等，为中国培养造船、驾驶人才。同治十二年十二月（1874年2月），船政局与法人合同期满，日意格、德克碑均退职回国，其他洋匠也逐渐减少。从此，技术设计改由中国技术人员担任。因而福州船政局对外的依赖性较少。
第三，从成绩看，福州船政局前后共成船34艘，其中为南洋海军建造的3艘2400匹马力、排水量2400吨的巡海快船，是当时中国自己修造的最大军舰。因此，从客观上说，福州船政局的设立毕竟为中国建立第一支近代化的海军打下了基础。
用兵陕甘
同治五年十月，左宗棠离开福建，赴陕甘总督任。他的西征部队，一部分是自己带去和调去的楚军、湘军，又在陕甘等地招募了一部分兵勇，总共在4000人左右。加上原在陕甘和陆续增调的其他清军，共达12万人左右。
左宗棠在西北面临着两支相互联系着的起义军——西捻军和回民起义军。他镇压的战略是：“以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓。”这是因为西捻军的战斗力更强，活动范围更广，对清皇朝的威胁也比回民起义军更大。左宗棠的镇压，就是根据这个“先捻后回”的步骤进行的。
同治六年（1867）二月，左宗棠军从汉口出发，分三道入陕。六月，左宗堂到达潼关，正式督办陕西军务。他一面派兵沿渭水扎营，一面兵分两支，渡过渭水，进攻西捻军。但灵活的西捻军转而西进泾阳、咸阳，渡过泾水，集中主力于蒲城一带，有意识地让出泾水西岸地区。左宗棠连忙亲自赶到泾西，策划包围西捻军，企图消灭他们于泾水、洛水之间。不料西捻军突然以马队猛攻渭北地区的清兵，突破包围圈，粉碎了左宗棠的围歼计划。他们进入陕北后，连克安塞、延川等城。与西捻军相呼应的陕西回民军也乘势攻占了重镇绥德，并邀西捻军共同防守此城。由于连失延川、绥德等地，清廷震怒，左宗棠上书请罪。左宗棠不得不承认捻军“飙忽驰骋，避实就虚”， “遇官军坚不可撼，则望风远行，瞬息数十里；俟官军追及，则又盘旋回折”。
西捻军进驻绥德后，考虑到陕北山地较多，不适宜于马队驰驱，同时又接到东捻军在运河地区失利的告急信，于是在同治六年十一月，利用黄河冰冻已合的机会，一举突破了左宗棠所布置的河防，浩浩荡荡渡过黄河，一直打到保定，使清廷大惊，“切责督兵大臣，自宗棠、鸿章及河南巡抚李鹤年、直隶总督官文，皆夺职”。左宗棠闯了这个大祸，“忧愤欲死”，连忙派了刘松山、郭宝昌两军日夜穷追，自己也随后亲自追赶，狼狈不堪。
但是，捻军进行游击战争而不建立作为战略基地的根据地，总是难以持久的。李鸿章、左宗棠都看出了捻军这个弱点，力求改变紧跟追击的笨办法而采用“画河圈地”、逐步缩小包围圈的策略。当西捻军深入京畿后，即遭到清军的重重包围，几经转战，逐渐被清军封锁在冀、鲁边界沿海狭小地区内，终于在同治七年（1868）六月，全军覆没于徒骇河边。
左宗棠在镇压西捻军中立了功，得以第一次“入觐天颜”，受到慈禧太后的“天语褒奖”。
同治七年十月，左宗棠回到西安，集中力量镇压回民起义。这期间，由于西捻军的转移，陕甘回民起义军的声势已开始衰落。陕西的回民起义军被压入甘肃境内，以宁州的董志原为主要据点。甘肃回民起义军，以马化龙为首，表面上接受了宁夏将军穆图善的“安抚”，实际上仍暗中积蓄力量，继续进行斗争。左宗棠首先用“剿抚兼施”的手段镇压了陕西境内各股零星的起义队伍，收降了董福祥部，然后进入甘肃境内。
同治八年（1869）初，左宗棠军攻占了董志原。以此为据点的陕西回民起义军被迫向金积堡方向转移。五月，左宗棠到达泾州，部署了三路进军：南路从宝鸡和清水出发，作进攻凉州的准备；中路从泾州出发，进袭平凉和固原；北路从陕西西北出发，进袭定边和花马池，而真正的目标是陕甘回民起义军的中心——以马化龙为首的金积堡。
但左宗棠军对金积堡的进攻，遭到了起义军的坚决抵抗，激烈的战斗持续了一年半之久。期间，左宗棠的爱将刘松山被打死，死亡极为惨重。左宗棠悲叹：“一年之间，连丧大将，人心震骇，谣诼繁兴”，“十余年剿发平捻，所部伤亡之多，无逾此役者”。同时，清廷也一再严诘：金积堡“一隅之地”，“何以日久未见成功，糜饷老师，该大臣难辞其咎”。左宗棠受到严责，不得不一面哀求清廷“稍宽时日”，一面更加紧了对金积堡的围攻。同治九年（1870）十一月，金积堡“粮已净尽”，马化龙“自诣军门，哭泣请罪”。接替刘松山的刘锦棠（刘松山之侄），接受了马的投诚，令马化龙招各地回军来金积堡就抚。当目的达到后，即将马化龙及其一家全部诛杀。
此后，左宗棠军又镇压、收抚了河州、西宁的回民起义军，并于同治十二年（1873）九月攻占了陕甘起义军的最后一个据点肃州城。
由于镇压陕甘回民起义获得“全功”，清廷对左宗棠大加褒奖，赏加协办大学士。次年，又晋为东阁大学士。但经他镇压后的西北，却是“千里荒芜，弥望白骨黄茅，炊烟断绝，被祸之惨，实为天下所无”。这种惨状，固然是历届地方官员和清军共同造成的，但作为灾难制造者之一，左宗棠也是难辞其咎的。
收复新疆
同治、光绪之际，中国的边疆危机接踵而至。其中尤以新疆的情况最为突出。
同治四年（1865）初，中亚的浩罕汗国军官阿古柏与民族败类金相印、思的克相勾结，入侵中国新疆南部地区，先后侵占了喀什噶尔、英吉沙、莎车、和田、阿克苏、库车和喀喇沙尔（今焉耆）等城。同治六年（1867），建立了反动政权，阿古柏自称“毕调勒特汗”（意即“幸运之主”）。同治九年（1870），阿古柏进占乌鲁木齐。阿古柏政权不仅残酷地压榨和奴役新疆各族人民，而且勾结英国和俄国，妄图利用他们作靠山，分裂中国领土，成为在英、俄庇护下的一个独立王国。
野心勃勃的俄国一方面千方百计地与英国争夺对阿古柏的控制，一方面策划侵占伊犁。同治十年（1871），当阿古柏兼并了乌鲁木齐不久，俄国就打着代中国“收复”的幌子，武装占领了伊犁，还扬言要“代收”乌鲁木齐。新疆面临着被外国侵略者瓜分的严重危险，收复失地，捍卫祖国的统一和领土完整，成为全国各族人民共同的迫切要求。
当新疆危机日趋严重之时，左宗棠已年逾花甲，打算“乞病还乡”，但是，祖国西北边陲发生的事变，点燃了他心中的爱国之火，他坚定地表示：“今既有此变，西顾正殷，断难遽萌退志，当与此虏周旋！”
同治十三年（1874），正当新疆的局势危急之时，东南沿海的防务也由于日本侵略台湾而告紧张。受英国影响的李鸿章借全国注视东南之机，提出了放弃新疆，移西征之饷作为东南海防之用的谬论。说新疆这个贫瘠之区“无事时岁需兵费尚三百余万，徒收数千里之广地而增千百年之漏卮，已为不值”。他认为，“新疆不复，与肢体之元气无伤”， “曾国藩前有暂弃关外，专清关内之议，殆老成谋国之见”。这就意味着，玉门关以外的中国领土都可以拱手送给别人。李鸿章的谬论，得到相当多的支持者。但也有一些“塞防论”者起而反对。于是，一场“塞防”与“海防”之争就此掀起。
在争论中，清廷的态度摇摆不定，于是“密询”在西北边防问题上最有发言权的左宗棠。左宗棠慷慨陈词，坚决反对放弃新疆。他针对清廷的心理状态，高度赞扬了乾隆帝收复新疆的历史功绩和坚定态度，指出“当时盈廷诸臣，颇以开边未已，耗■滋多为疑，而圣意闳深，不为所动”。同时，他特别从饷需的角度驳斥了李鸿章的谬论，指出“若此时而拟停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸而寇进尺，不独陇右堪虞，即北路科布多、乌里雅苏台等处恐亦未能晏然”，把收复新疆提到保障全国安全的高度。左宗棠的结论是：“东则海防，西则塞防，二者并重”，不可偏废。左宗棠的精辟议论，把“海防”、“塞防”之争推向了**。从本质上看，这场大辩论是关系到要不要收复新疆，要不要维护国家主权与领土完整的大是大非问题。以左宗棠为代表的“塞防海防并重论”，是符合中国人民长远利益的。
左宗棠发表意见后，清廷不仅坚定了不放弃新疆的决心，而且也意识到：在全国大吏中，既有力量和信心，又有胆识和魄力，足以担负起这一重大任务者，左宗棠一人而已。光绪元年（1875）三月，诏命左宗棠为督办新疆军务的钦差大臣。左宗棠得到指挥进军的全权，开始了收复新疆的大业。
光绪二年（1876）三月，左宗棠从兰州进驻肃州（酒泉），以此为西征大本营，并督饬刘锦棠率精锐20余营西进出关。五月，刘部抵达济木萨。此时，连同从同治十三年（1874）起陆续出关的金顺、张曜部和整编的新疆原有驻军，全部近100营，约五六万人。
关于具体的作战部署，左宗棠的方针是：先北路而后南路。首先拿下乌鲁木齐，克复除伊犁以外的新疆北路，然后挥师南下，直捣阿古柏的老巢，收复整个南疆。全部收复新疆的战斗，正是在这一正确部署下一步步进行的。
六月，刘锦棠与先期西进的金顺部同时进驻距古牧地（米泉）最近的阜康城，建立了自己的前哨阵地。在很短的时间里，接连收复了乌鲁木齐及昌吉、呼图壁诸城。不久，又攻克了“城小而坚”的玛纳斯。于是，整个北疆，除伊犁之外，均为清军收复。第一战役胜利结束，对南疆的进军已是箭在弦上。
就在这时，英国以“调停”为名，妄图阻止左宗棠大军收复南疆的正义行动。英国驻华公使威妥玛向李鸿章表示，英国愿出面“调停”中国与阿古柏的关系，阿古柏“作为属国，只隶版图，不必朝贡”。随后，英国又向总理衙门正式提出这一荒谬主张。左宗棠得知这个情况后，极为愤慨地说：“帕夏（即阿古柏）窃据南八城及吐鲁番”，为“中外共知”，而威妥玛却故意“称为喀王”，“若不知吐鲁番、南八城为我疆土，帕夏为我贼也”，其卑劣的目的不过是“图保其印度腴疆”而已。针对李鸿章“专一示弱”的做法，他义正词严地向总理衙门表示：阿古柏“为我必讨之贼”，“战阵之事，权在主兵之人”，非他人所参与，亦“无须英人代为过虑也”。左宗棠的坚定态度，挫败了英国的“调停”阴谋，从而为第二战役铺平了道路。
收复新疆的第二战役是整个进军中的关键战役。阿古柏利用天山关隘重点设防于达坂城，并由他的儿子和亲信防守吐鲁番和托克逊。三者互为犄角，是阿古柏顽抗的希望所在。
光绪三年（1877）三月，在避开了冰雪封山的冬季之后，根据左宗棠“分道并规”的部署，刘锦棠部从乌鲁木齐往南，翻过天山向达坂城和托克逊挺进；张曜从哈密往西，先屯盐池；徐占彪从巴里坤往西在盐池与张曜会合后，再往西向七克腾木和辟展（鄯善）前进。三军最后会师吐鲁番。初三日（4月16日），刘锦棠军向达坂城发起进攻，初七日，“歼尽守城之寇，杀尽外援之寇”，一举攻克了达坂。初九日，徐占彪军与张曜部前锋会师，攻占了辟展。接着进攻吐鲁番。十三日，刘锦棠的援军也已赶到，于是在一天之内连克吐鲁番满汉二城。这一天，刘锦棠部还收复了重镇托克逊。
关键性的第二战役，不到半个月即胜利结束。三城全克，歼灭阿古柏主力1万余人，打开了通向南八城的门户，为直捣阿古柏的老巢创造了极为有利的条件。
在西征军摧枯拉朽的打击下，阿古柏走投无路，服毒自杀。阿古柏之死，又引起了反动集团更严重的内讧。阿古柏的小儿子海古拉与大儿子伯克胡里火并，被伯克胡里打死。许多人见大势已去，纷纷作鸟兽散。在这种形势下继续进兵，彻底摧毁阿古柏集团，已经是指日可待的事了。但这时狡猾的英国再度登场。它通过中国驻英公使郭嵩焘要求中国允许阿古柏反动政权保留喀什噶尔数城，“使可立国”。不久，英国代办傅磊斯又向总理衙门转告三项无理要求：“（一）阿古柏承认中国为上国，命使臣入贡；（二）中国与喀什噶尔将地界划清；（三）两边议合后，永远和好。”显然，直到这时，英国仍想通过“议和”、“划界”的阴谋，分裂中国领土，保存阿古柏集团的政权。李鸿章也再次出来为英国帮腔。他讽刺说：“左帅新复吐鲁番、托克逊等城，自谓南路折■可下，朝廷日盼捷书，催协饷如星火，更无以雅可刊（阿古柏）投诚之说进者。然将来势必旋得旋失，功不覆过。”左宗棠面对这些压力，仍然寸步不让。他反驳说：收复吐鲁番等地后，“逆夷震慑异常”，“此时机有可乘，乃为画地缩守之策，何以固边圉而示强邻？异时追咎贻误之人，老臣不能任也”。对于英国的阴谋，他严正指出：英人要别人“立国，则割英地与之，或即割印度与之，可也”，“何为索我腴地以示恩？”他告诉刘锦棠，如遇英国遣说客去啰嗦，则以“我奉令致讨侵占吾宇之贼，以复我旧土为词，别事不敢干预。如欲议别事，请赴肃州大营！”他的凛然正气，既打击了英国，又回击了李鸿章，从而又一次粉碎了英国的阴谋。
光绪三年八月，收复新疆的第三战役开始了。这一战役的目标是全部收复南疆，彻底消灭阿古柏集团。刘锦棠率西征军各部从吐鲁番、托克逊出发，兵分两路，在不到两个多月的时间里，长驱近2000 里，全部收复了南疆的东四城——喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什及附近各城镇。接着，又以破竹之势于十二月攻克了喀什噶尔、叶尔羌、英吉莎尔、和田西四城，并穷追狼狈逃窜的伯克胡里等人。但俄国却居心叵测地把这些残渣余孽收留下来，拒不交出。这时，新疆已是冰雪世界，左宗棠西征大军不顾断指裂肤之痛，勇往直前，为祖国建立了卓越的功勋。新疆除了伊犁地区以外，又重新回到了祖国的怀抱。清廷晋封左宗棠二等侯爵，以为奖励。
左宗棠督军讨伐阿古柏，反映了全国人民，特别是新疆各族人民的共同意志，受到新疆各族人民热烈的拥护和支持。在整个进军新疆的过程中，各地各族人民，或为向导，或随同攻伐，积极支持清军。正是这个最重要的因素，为左宗棠提供了广阔的舞台，使他能够凭借这个舞台，导演出有声有色、威武雄壮的活剧。
同时，也应该肯定，在整个收复新疆的斗争中，左宗棠的个人作用也是突出的。他不仅在政治上有力地粉碎了英、俄两国的政治阴谋，在政策上采取了有利于团结新疆各族人民共同对敌的方针，在物质供应上解决了“兵、饷、粮、运”四大困难；而且在军事指导上，也十分出色。除了制订“先北后南”的正确的战略部署外，他还巧妙地运用了“缓进速战”的原则。在用兵新疆的3年中，真正作战的时间不过4个来月，其他大部分时间都用于物质准备，选择战机，对敌人的动态进行周密的研究和计算。他的用兵，的确达到了“运用之妙，存乎一心”的境地。
当左宗棠的军队收复南疆各地，消灭了阿古柏集团后，进一步从俄国手中收复伊犁的问题便提到议事日程上了。俄国虽然失掉了可以霸占伊犁的借口，但仍然千方百计地拖延。光绪四年（1878），清廷不得不派专使崇厚到俄国谈判。昏庸无能的崇厚堕入了俄国精心设计的圈套，未经请示清廷，就擅自签订了出卖大量权益而仅仅收回一座空城的《里瓦几亚条约》。消息传来，举国震怒，要求杀崇厚“以伸公愤”。左宗棠也接连上书，痛陈此约的危害，指出：俄国虽名曰归还，而实际上伊犁“四面俄部环居”，“孤注万里，何以图存？”将来“虽得必失，庸有幸乎？”他还揭露俄国的贪欲永无止境，“譬犹投犬以骨，骨尽而噬仍不止”。因而，必须重新交涉，“先之以议论，委婉而用机；次决之以战阵，坚忍而求胜”，以挽回崇厚造成的恶果。
光绪六年（1880）一月，在全国上下舆论的压力下，清廷不得不拒绝批准“崇约”，将崇厚撤职定罪，另派曾纪泽赴俄谈判改约。俄国得知崇约被拒，一面摆出断交的架势进行政治讹诈，一面派兵遣将，大搞武力威胁。在全国军民反侵略精神的推动下，清廷命令各地加强边防，以准备对付俄国可能挑起的侵略战争。
二月，左宗棠提出了准备三路出兵，武力收复伊犁的方案，以配合曾纪泽的谈判。为了就近指挥这一重大行动，并向全军将士表达自己的决心，年近七十的左宗棠，不顾体弱多病，不畏风沙严寒，从肃州出发，随将士穿过千里戈壁，把大本营设在新疆哈密的凤凰台。他的这种精神，充分显示了反侵略的坚强意志和“威武不能屈”的英雄气概。但正在这时，清廷突然以“现在时事孔艰，正需老于兵事之大臣”，以备朝廷“顾问”为由，把左宗棠调回北京。左宗棠迫于朝命，不得不离开新疆，但他到北京后，仍然“力持正论，与此事相始终”。
虽然左宗棠调回北京，但他在伊犁问题上的坚决态度，对曾纪泽的谈判仍然产生了重要的影响。此后签订的中俄《伊犁条约》，迫使贪婪成性的俄国不得不将伊犁和特克斯河流城及通往南疆的穆扎尔山口归还中国。在这方面，左宗棠的作用也是不可忽视的。
新疆建省，是左宗棠长期关注的另一个重大问题。在进军新疆的过程中，他多次向清廷陈述新疆建省的重要性，并提出了建省的具体方案。光绪十年（1884），清廷正式批准新疆建省，任命刘锦棠为首任新疆巡抚（时左宗棠已在两江任上）。这是新疆历史上的重大事件：它进一步削弱了地方封建割据势力，实现了新疆与全国其他各省行政制度的统一；它大大加强了与内地的经济文化交流，对于恢复和发展遭到破坏的经济、对于保卫祖国西北边防，都起到了重大作用。而左宗棠作为创议者，显示了他远大的政治眼光，确有不可磨灭的功绩。
在新疆期间，左宗棠还重视屯田开荒，安置难民；推广蚕桑事业，发展地方经济；修筑道路，便利交通，做了一些有利于新疆各族人民的好事。此外，他还在光绪六年（1880）创办了兰州机器织呢局，希望利用西北盛产的羊毛与外国输入的毛织物竞争。
督办福建军务
光绪七年（1881）正月，左宗棠回京觐见后，诏命入值军机，在总理各国事务衙门行走。不久后，又调任两江总督。这时，中俄条约已定，左宗棠不可能在抗俄斗争中再出什么力，他只得把注意力转向国计民生，期望在有生之年追随陶澍、林则徐之后，做一些利民、惠民的事情。但由于疾病缠身，他已有力不从心之感了。
光绪九年（1883），中法战争爆发，这位曾在反侵略斗争中大显身手的老将坚决主战，并慷慨激昂地表示，为“西南数十百年之计”，愿亲往抗法前线视师，“不效，请重治其罪，以谢天下！”爱国之情，溢于言表。他还要已退休的老部下、英勇善战的王德榜挑募旧部，组成“恪靖定边军”，前往前线参战。此后，正是这支部队，在镇南关（今友谊关）一役，配合老将冯子材，大败法军，为祖国建立了功勋。
光绪十年（1884）七月，法军偷袭我福建水师和马尾船厂，福建水师几全军覆没。闽、浙前线形势紧张，台湾危急。清廷不得不起用已于年初“因病开缺”的左宗棠为“钦差大臣督办福建军务”。这时的左宗棠，已是72岁高龄，然而“闻命之余，慷慨戎行，冒暑数千里”，率部兼程赶到福州。到达福州的当天，就命令迅速集中帆船，准备亲自冒险东渡。在被劝阻后，他调王诗正率“恪靖援台军”东渡台湾与法军交战，并“购军火”、“雇商船”，“昼夜孜孜，以谋援台”。当澎湖失守时，左宗棠气愤得 “椎胸顿足”，以至“咯血时发”。但在生命的最后几个月中，他仍然坚持主持战备事宜，不肯休息。光绪十一年（1885）五月，清廷出卖了冯子材等英雄将士用鲜血换来的巨大胜利，签订了丧权辱国的《中法新约》。并不顾广大爱国军民的反对，严令各地撤兵。左宗棠“以此行未能破敌大加惩创引为恨事，肝疾牵动，愤郁焦烦”，病势剧增。同年七月二十七日（9月5日），逝于福州。清廷予谥“文襄”。