本病需与以下的疾病进行鉴别：
1、先天性颈椎畸形
颈部短而粗，活动度减小，常见有颈椎半椎体、颈椎融合（Klippel Feil Syndrome）等。
2、颈椎半脱位
多为3～5岁儿童，咽部炎症后引起颈椎周围软组织充血，突然出现头颈部偏斜，活动受限，项肌紧张。颈椎开口正侧位片可见颈1～2半倍位。
3、眼科疾病
患儿由于一侧近视，另一侧远视，可出现头颈部向一侧倾斜。但胸锁乳突肌无挛缩，头颈部旋转无受限。
4、其它
颈部椎间盘病变、脊髓空间症、一侧胸锁乳突肌缺如等均可引起头颈部倾斜。
另外还需与颈部肿大的淋巴结、淋巴瘤、颈部皮样囊肿、颈动脉体瘤及其它一些软组织肿瘤进行鉴别，二维超声及CDF I 一般可以鉴别。
先天性肌性斜颈并发症：
本病的并发症较少报导，但随着本病的发展，胸锁乳突肌挛缩逐渐加重。头面部继发性畸形加重，患侧面部缩小，两眼不在同一平面，下颌向患侧转动受限，胸锁乳突肌挛缩呈条索状，颅骨发育偏而小，双肩不平。
先天性肌性斜颈治疗：
西医治疗
1.非手术疗法
新生儿期发现颈部有包块时，在医师指导下，由父母行患儿颈部被动牵拉活动，头部先向健侧牵动，然后下颌转向患侧，每个动作缓慢进行，每天做颈部被动活动 3～4次，每次10分钟左右。另外，哺乳时患侧固定在母亲胸前，使患侧得到牵拉。逗引婴儿时，站在患侧一边也是起到牵拉胸锁乳突肌的一种方法。也可辅以局部理疗。经一年左右的保守治疗，约76%～86%患儿可得到矫正。
2.手术治疗
经保守治疗无效或未经治疗的1岁以上患儿，由于肌肉已纤维化，面部出现畸形，只有通过手术才能矫正其畸形。手术最佳年龄为1～5岁。1岁以内手术者容易发生疤痕粘连，同时全麻插管后容易引起肺部并发症。5岁以上者，因继发畸形较重，面部变形较难恢复。常采用的手术方法有
（1）胸锁乳突肌的锁骨头和胸骨头切断松解术 在锁骨上方内侧作一与锁骨平行的横切口，长约4厘米，显露胸锁乳突肌的胸骨头和锁骨头，将止血钳自肌起后方通过并挑起，然后将其切断，并切除2厘米长的肌肉断端，以防止术后两端粘连。用手指检查是否残留有挛缩肌肉及筋膜带。仔细地进行松解。嘱台下麻醉师旋转其头部，如颈部活动有部分受骗上当限，而软组织挛缩带确已松解，则应进一步松解并切断该肌乳突头。缝合皮下及皮肤，但不能缝合颈阔肌，因可妨碍术后头部固定在过度矫正的位置。伤口放置橡皮引流条，24小时后拔除。
（2）胸锁乳突肌Z形延长术 为了使病人术后颈部外形美观，近年来有些学者采用胸锁乳突肌“Z”形延长术，显露胸锁乳突肌的锁骨端和胸骨端，在锁骨上方横断锁骨端，然后将胸骨端做Z形成形。我院两年来进行10例胸锁乳突肌Z形延长术，疗效满意，外形美观。
术后处理：颈围领固定3个月，如6岁以上者应将头部固定在过度矫正的位置，2岁以下者每天坚持头颈部被动锻炼，以达到维持头颈部活动范围。有些学者主张术后4周，夜间穿支具，白天头颈部功能活动锻炼。
先天性肌性斜颈预防：
本病为先天性疾病，无有效预防措施，早诊断早治疗是本病的防治关键。
重视姿势矫正对斜颈的孩子应采取正确的姿势纠正。哺乳时，孩子取患侧卧位。睡觉时调整卧位位置，使阳光或灯光照在病侧；发声和发光的玩具以及电视机、录音机等声音也要来自病侧；并可用枕头垫在病侧。母亲坐位横抱孩子时要让病侧向上，通过抬头，训练颈部的肌肉。