清入关前官修图书机构
清代官修图书的制度与机构，至少可追溯到清入关前皇太极时期的文馆之设。文馆也就是清代最早的官修图书机构。天聪十年（1636），改文馆为内三院，其中内国史院负责“记注上起居诏令，收藏御制文字，凡用兵行政，六部所办事宜，外国所上章奏，俱令编为史册，并纂修历代祖宗实录”。内三院之设，使文臣分工更为明确，编纂书史成为内国史院的专门职责。只可惜清入关前之官修图书，仅有一部分保留下来，如《满文老档》、《太祖实录图》及现在所见《满洲实录》，最早就是天聪九年（1635）修成的；《清太祖高皇帝实录》，也有崇德元年大学士刚林、希福等恭修本。
顺治元年（1644），清兵入关后，沿明制另设翰林院。顺治十五年（1658），改内三院为内阁，十八年六月，复改内阁为内三院。康熙九年（1670），又改内三院为内阁，另设翰林院，如明朝之制。此后的官修图书，主要由翰林院承担，内阁、詹事府、内务府和雍正以后的军机处、方略馆，也都有修书或参与修书之责。
内 阁
内阁大学士之责，主要是“钧国政，赞诏命，厘宪典，议大礼大政，裁酌可否入告”，“修实录、史、志，充监修总裁官”。所以，清代的官修图书，大都是由大学士领衔的，如顺治《御制孝经》一书，特命大学士冯铨为总裁官，冯溥、黄机等为修纂官；内阁大学士是官修图书的主要负责人，由他们负责组织修书班子，报请皇帝批准，即可开始工作，并由他们负责监督。而具体负责编撰工作的书馆成员，则大抵由翰林院、詹事府等官员充任。内阁还负责大库和皇史宬藏书工作。
翰林院
“翰林院官，以编辑校勘为职业，敕撰书史咸与”，“凡馆局，则充提调、纂修，慎其编校”。翰林院的主要职责即是纂修图书。例如纂修实录、圣训，翰林院掌院学士充副总裁官，侍读学士、侍讲学士、侍读、侍讲、修撰、编修、检讨等充纂修官，典簿、待诏、孔目充收掌官，笔帖式充誊录官，亦间充收掌官。纂修玉牒，则以翰林院满洲、蒙古、汉军修撰、编修、检讨职名，移送宗人府，充纂修官，庶吉士也得拟送。凡各馆纂修书史，翰林院掌院学士充正副总裁官，侍读学士以下、编、检以上充纂修官或提调官，庶吉士亦简充纂修官，参加修书工作，典簿以下之职责，与修实录、圣训相同。
清代绝大部分官修图书是由翰林院承担的。仅据《光绪清会典》所记载，从顺治初年至光绪十二年，由翰林院纂修的图书即达一百五十九种之多，对那些实录、圣训以及名曰“御注”、“御撰”而实由翰林院所撰之书尚未计算在内。
詹事府
詹事府本为东宫僚属，其官员职责是辅助皇太子的文学侍从官，并司讲读牒奏之事。但由于从雍正朝以后实行秘密建储制度，詹事府的职责也随之发生了变化。乾隆朝开始，其主要职责是修书。詹事府官员成为清代官修图书的笔修官的来源之一。
“内廷三馆”
清代官修图书，大都临时成立书馆，且以所撰之书而名其馆，如修《明史》即开“明史馆”，修《四库全书》，其馆名为“四库全书馆”等等。凡奉旨编纂诸书所开之馆局，应用纂修官等人数，一般由大学士等斟酌议定，奏请皇帝批准后实行，其所修之书刊刻告竣，即奏请撤销该书馆。但也有常设之馆局，即所谓“内廷三馆”。
一为武英殿修书处（属内务府）。康熙十九年（1680）设武英殿造办处，雍正七年（1729）改名为修书处，其职责为“掌缮刻装潢各馆书籍及宫殿陈设书籍之事”。该处实际由监造处和校刊翰林处两部分组成。监造处负责“监刊书籍”工作，校刊翰林处设总裁、提调、总纂、纂修、协修等官，负责“校正文字”工作。
二是国史馆（属翰林院）。首开国史馆是在康熙二十九年（1690），从山东道御史徐树谷之清“纂修三朝国史”。康熙四十五年（1706），谕修国史诸臣传，乾隆九年（1744），又命续修国史。以上几次均为告竣则停馆。至乾隆三十年（1765）十月，命重修国史列传而开国史馆后，国史馆成为常设。
国史馆设总裁官，“掌修国史”；下设提调，“掌章奏文移，沿其吏役”，总纂、纂修“掌分司编纂之事”；校对，“掌分司校勘之事”。又特定国史体例为本纪、传、志、表四部分，但修成之国史，除大臣、儒林、文苑等传（合称《满汉名臣传》）外，皆无刻本，而且不准人们传抄，直至民国初期才加入大臣传新档而刊成《清史列传》，即是清国史馆列传稿。
三系方略馆（属军机处）。方略馆是专门负责撰辑“方略”、“纪略”之类书籍的修书机构。 每次军功告成，或遇有重大的政治事件，奉旨纂辑成书，纪其始末，或曰“方略”，或曰“纪略”。此外，也修纂皇帝特交纂辑的其他书籍。 如《大清一统志》、《西域图志》、《明纪纲目》等书是。
清代所修第一部方略是康熙二十一年（1682）勒德洪等奉敕编纂的《平定三逆方略》。
此外，尚有“起居注馆”，也是常设之馆。清代起居注馆康熙九年（1670）始设，五十七年（1718）裁并归内阁，雍正元年（1723）复置，此后常设。其职责为“掌侍直起居，记言记动”，“凡侍直，既退则载笔……必具年月日，书其当直官之名，乃匦而藏焉。……岁终以送于内库而储诸库”。
另外，宗人府也参与部分修书工作。清代从顺治十三年始，每十年修一次《玉牒》，相应成立“玉牒馆”。嘉庆朝以后，又每十年修《宗人府则例》一次，相应开设“则例馆”。又不定期开设修纂律例的“律例馆”等，但均非常设，书成即闭馆。宗人府所开各书馆之纂修官由翰林院简派。
官修图书的稽察钦奉上谕事件处
清代官修书籍还有监督稽察机构，即内阁所属“稽察钦奉上谕事件处”。此机构设于雍正八年（1730），其职责为“察各部、各旗谕旨特交之事，而督其限”。官修书籍一般为奉敕而撰，故属稽察处职责范围之内。