明代学术思想的发展，大体经历了程朱理学为官方学术和皇朝统治思想，王守仁“心学”的崛起与广泛传播，反对圣贤偶像、封建礼教束缚的“异端”思潮的滥觞以及明后期反理学或心学空疏误国，倡导“实学”这样曲折的过程。各种学说并立，名家辈出与有识之士对理学或心学的修正批评，以及启蒙色彩的新思想的出现，为明末清初黄宗羲、顾炎武、王夫之等进步思想家总结和终结宋明理学，批判封建专制统治，为早期启蒙思想的进一步发展，创造着思想条件，也为明清之际实学**的形成推波助澜。
明朝建立初期，出于加强大一统封建皇朝统治的需要，理学，主要是程朱理学被统治者奉为安邦治国的圣典，成为官方的哲学。永乐年间，朱棣以程朱思想为圭臬，汇辑经传、集注，编纂《五经大全》、《四书大全》、《性理大全》，诏颁天下，企图“合众途于一轨，会万理于一原”，“使家不异政，国不殊俗”，以统一全国思想。三部理学《大全》的编纂完成，标志着程朱理学思想统治及其独尊地位的确立。当时一批很有影响的学者，如宋濂、方孝孺、曹端、薛瑄、吴与弼等理学家，崇尚理学，著书讲学，门徒遍及南北，形成风气，更加巩固和强化了程朱理学的统治地位。
三部《大全》的编纂及其目的
明太祖朱元璋在起义过程中，即信用浙东儒生刘基、宋濂等。朱元璋在称帝的前一年，于宫室两庑书写宋儒真德秀的《大学衍义》，以备朝夕观览。前往曲阜祭孔庙，赞扬“仲尼之道，广大悠久，与天地相并”。宋濂等儒生，更是与朱元璋“论道经邦”，议论“礼乐之制”，不遗余力强调程朱理学的重要性，促使朱元璋于洪武十七年（1384）规定，乡会试四书义以朱熹的“章句集注”为依据，经义以程颐、朱熹及其弟子等的注解为准绳。并规定，文章须据于宋代经义、仿元代八比法，谓之八股，又称 “制艺”、“制义”，不但强调“代圣贤立言”，不许自由发挥，而且严格规定体例和字数。程朱之学由是成为官方的统治学术。明洪武年间，解缙上书，建议“上溯唐、虞、夏、商、周、孔，下及关、闽、濂、洛，根实精明，随事类别，勒成一经”，作为“太平制作之一端”。这是官修理学之书的开端。其用意亦在树立程朱理学的正统地位。解缙的建议，成为后来明成祖修纂三部理学巨著的先声。
三部理学《大全》是指《五经大全》、《四书大全》、《性理大全》，共二百六十卷，是明成祖朱棣在永乐十二年（1414）命翰林院学士胡广等人组织编纂的，前后不到一年编纂成书，由明成祖亲自作序，颁行天下。三部《大全》的内容，前二部是“五经”、“四书”的集注汇纂。《五经大全》卷帙最多，共一百五十四卷。其中《周易大全》是据《伊川易传》和朱熹《易本义》；《书传大全》是据蔡沈《书集传》；《诗经大全》是据朱熹《诗集传》；《春秋大全》是据胡安国《春秋传》；《礼记大全》是据陈澔《云庄礼记集说》。胡安国私淑程门，蔡沈为朱熹学生，陈澔之父大猷是朱熹三传弟子，他们均属程朱学派。由此可见，程朱理学是一个集合性概念，它包含着程门弟子、朱熹门人、后学在内的许多程朱理学家的思想学说。《四书大全》共三十六卷，包括四个部分：（1）《大学章句》、《大学或问》；（2）《中庸章句》、《中庸或问》；（3）《孟子集注大全》；（4）《论语集注大全》。前两部分将朱熹的四部原著编入，未附诸儒之说。后两部分则在朱熹的两部《集注》之中，逐章逐节附入诸儒之说。因此，《四书大全》可以说是朱熹《四书章句集注》的放大。《性理大全》共七十卷，主要是程朱学者解释六经和阐述性理之学的著作。总之，三部《大全》实为程朱学派的著作汇集。
明初统治者颁行三部《大全》，企图建立一套以程朱理学为指导的、更为系统完整的哲学和政治思想体系，以统一全国的思想，从而达到加强封建思想统治的目的。它与八股科举制度相结合，在封建社会后期的学术思想界以至全社会，都产生了深远的影响。由于统治者的高度重视和有意提倡，程朱理学的统治地位进一步巩固和加强，从朝廷国子学到地方书院，以至乡村的社学，无不进行程朱理学教育，“家孔孟而户程朱”，“八股行而古学弃，《大全》出而经学亡”。程朱的影响到处存在。那些一头钻进《大全》去猎取功名富贵的读书人，许多成为无益于国家社会的废物，有钻营成功者，则蠹国病民，行同窃盗。更为严重的是，在其他文化领域，如戏曲、小说、曲艺等艺术领域，也深深地打上了程朱理学的印迹，对人们发生着潜移默化的作用。而且愈到后来，它的封建主义的精神奴役和思想禁锢的消极作用，愈为明显。
宋濂、方孝孺的理学思想
宋濂（1310 —1381），字景濂，浙江金华潜溪人，后移居浦江青萝山。他的大半生是在元代度过的。朱元璋攻取婺州时，宋濂投其门下出谋划策，深得赏识重用。在学术师承上，宋濂既从黄溍、柳贯等人继承“金华四先生”（何基、王柏、金履祥、许谦）的朱学之传，又从方凤得闻陈亮事功之事，间学于吕祖谦的后学李大有。同时，潜心于佛教典籍，“饱览三藏诸文”，得识“明心见性之旨”，以致“渐流于佞佛者流”。宋濂一生埋首笔耕，传世之作有《孝经新说》、《周礼集说》、《浦阳人物记》、《洪武圣政记》等，现行于世者有《宋学士全集》七十五卷，《宋文宪公全集》五十三卷。
宋濂在本体论上，把“天地之心”视作宇宙万物的本原和产生万物运动变化的原因。他说：“夫生者，乃天地之心，其阴阳之所以运行，有开阖惨舒之不齐，盖天地之心生生而弗息者，恒循环于无穷。”认为人之所以能体验和把握到“天地之心”，是因为“吾心最大”，本具一切。他说：“天地一太极也，人心一太极也，风雨雷霆皆心中所以具。苟有人焉不参私伪，用符天道，则其感应之速，捷于桴鼓矣。”即天地和人心各是一个宇宙，人心只要能够克除私情物欲，就能与天地桴鼓相应。在他看来，认识主体的“吾心”本就包含着被认识的客体“天地之心”。仰观清明穹窿，日月运行，阴阳变化，俯察山川融结，草木繁芜，万象森然而莫不备于心中，“天地之所以位，由此心也；万物之所以育，由此心也”。因而不是“我心”参合天地万物，而是如何让“我心”固有的天地万物立起来，“我心”一立，不但一身可存，国家可治，而且“家可颜孟，人可尧舜”了。这样就把主体之“吾心”的作用无限夸大，而与产生宇宙万物及其变化之客体的“天地之心”等同起来，于是主观精神吞噬了客观世界。在如何识心、明心的问题上，宋濂的主要方法是“不借外求”的向内冥悟，而不是向外的格物穷理。他把佛教超世脱俗的“明心见性”的修养方法看作“有补治化”的作用，强调儒、佛“本一”、“同一”和“儒释一贯”，认为佛界的“无”与世间的“有”是不即不离的关系，是“空有相盗”、“二体互融”的相需相函关系，佛教“明心见性”是从有形的世间获得的。在对六经的看法上，他认为吾心与六经是形影之间的关系。“心之为经，经之为心”，六经也同“心”一样，具有绝对性。这与陆九渊的“六经注我，我注六经”的观点有所不同，说明他维护“天理”的绝对性，强调心与理的统一，注重学术的修身与用世等等，在客观上服从于明初统治者的需要。
方孝孺（1357 —1402），是宋濂的受业弟子，浙江宁海人。在建文帝时被召为翰林院侍讲，迁侍讲学士，参与商议国家大政。建文四年（1402）“靖难之役”，燕兵入南京，孝孺被执，坚决不为成祖起草登极诏书，遂被磔杀，诛灭十族。他在学术思想方面维护程朱理学，反对心学空谈，抨击佛教“异说”。针对当时学界偏重道德修养、空谈性命而不务实的风气，他以憨迂耿直的处世之态和以讲明道学为己任的责任感，对其大张挞伐。他认为“道之不明莫甚于今”，那些高谈性命的理学家不仅 “扣之以辅世治民之术则冥然而莫知所为”，而且根本“以道德为虚器”。方孝孺将这种败坏儒林风气现象概括为利禄之蠹、务名之蠹、训诂之蠹和文辞之蠹四蠹，认为“四者交作而圣人之学亡矣”。长此以往，不待“百余年间，风俗污坏，上隳下乖，至于颠危而不救”。因此，他强调君子学道，当有“经世宰物”之心，“必也本诸身，见诸政教，可以成物者，其惟圣人之学。”这就是说，修身养性和致力政教是统一的，而且只有使两者一以贯之，才符合圣道，才能成功，否则，便不可能成为真正的儒士。并认为儒士的当务之急，“当以修身养性为先，一反浅陋之习，以表正海内”。作为一个儒士，无论修养多深，本领多大，如不能见诸政教，为世所用，验诸事功，勇于有为，仍将毫无用处。他强调君子学道，当有“经世宰物”之心，做到“知之致其明，行之致其笃，用于世则使……九州四海老癃单弱之民得其欲”，要修、齐、治、平一以贯之，切不可修身而忘世。
他尊崇和维护朱学，主张“博文约礼”、“格物致知”，反对心学派的那套注重心悟的做法，即所谓“弃书语、绝念虑，锢其耳目而不任，而侥幸于一旦之悟”。他认为，这套求于“一旦之悟”的做法，完全是受佛教“异说”的愚弄而不知其害的结果。所以，方孝孺进而抨击佛教以维护儒学正统。
薛瑄与“河东之学”
薛瑄（1389 —1464），字德温，号敬轩，山西河津人。终生从事著述和讲学，“从学者甚众”。他是继曹端而起的朱学学者，以“复性为宗”，强调日用人伦，提倡笃行践履之学，是明代初期朱学的主要代表人物。他与弟子阎禹锡、白良辅、张鼎和私淑弟子段坚等创建了“河东之学”，门徒遍及山西、河南、关陇一带，蔚为大宗。其学传至明中期，又形成以吕柟为主的“关中之学”。他的著作有《读书录》和《读书续录》。清人又辑其所有文字和年谱等，汇编为《薛文清公全集》。
薛瑄在曹端理气一体说的基础上，进而提出“理不离气”、“理气无缝隙”和“理只在气中，决不可分先后”的观点，修正了朱熹“理在气先”的说法。他从太极、阴阳的关系方面论述了“理不离气”的观点。他说：“太极，理也。阴阳，气也。理只在气中，非是气之外悬空有太极也。”他强调理在气中，故他认为“理气浑然无间，截理气为二则非矣”，从而否定了朱熹的所谓“太极阴阳，决是二物”的思想，初步确立了“理不离气”的观点。薛瑄还从道器关系方面论述了“理不离气”说。他说：“形而上、形而下，道器原不相离，举目皆是”，“显者器也，微者道也。器不离道，道不离器”。他从道器本不相离得出理（道）不离气的结论，进而提出“理气无缝隙，故曰：器亦道也，道亦器也”的观点。这一道器不二的观点，也正是合乎他的“理气浑然无间”、“理气密匝匝地真无毫发之缝隙”的说法。薛瑄之所以要修正朱熹的“理先气后”说，目的在于修补朱学之不足，更好地维护“理为主，气为客。客有往来，皆主之所为”的理本气末、理体气用的朱学观点。
在认识论上，薛瑄继承了朱熹的格物穷理说，把即物穷理、向外求知看作是认识的主要途径。他说：“就万物万事上求实理，格物致知之要也。”他同朱熹一样，把客观存在的一切事物都统称之为物，格物的范围相当广泛，既包括自然界，还包括人自身和人们所进行的一切活动。他说：“格物所包者广，自一身言之……推而至于天地万物，皆物也。……又推而至于圣贤之书、六艺之文、历代之政治，皆所谓物也。”至于穷理，他把对自然规律的认识和对道德践履的认识都包括在内，认为格物穷理就是要在客观事物上穷其理以求内外相通，“于事物求至极之理”。他说：“物格是逐物逐事上穷至其理，知至是万物万事上心通其理。格物犹是物各为一理，知至则知万物为一理。”即要求在逐事逐物的穷理中，最后抽象出事物的一般原则。
与他的格物穷理说相联系的，还有他的知行观。他认为知与行是相联系、又相促进的。曾说：“非明则动无所之，非动则明无所用，知行不可偏废也。”强调没有“知”作指导的“行”，是盲目的；没有“行”去实现的“知”，则是无用的。因而他的学说也被称为“践履笃实之学”。
他从本体论的高度认为，理学的道问学和尊德性就在于“知性复性”，“为学只要知性复性而已，朱子所谓知其性之所有而全之也”，提出他的“知性复性”之说。他根据程朱理学的观点，认为性是天所赋予人之理。他说：“性乃天命赋予人物之实体”，“天地公共之理，人得之为性”，“天道流行，命也。赋予人，性也”。进而指出：“仁义礼智即是性”。具体来说，道只是循此性而行，德即是行此道而得于心，诚只是性之真实无妄，忠即是性于心，恕即是推此性于人，等等。总之，这种道德本体论，实际仍是抽象的道德人性论。薛瑄所谓的“复性”，就是要求人们通过封建道德修养的途径，复返到湛然纯善的本体之性，也就是合乎仁义礼智的道德伦理。这实际上就是要以封建道德伦理规范来约束人们的思想和言行，也体现了程朱理学对明初思想统治的强化。
吴与弼与“崇仁之学”
吴与弼（1391 —1469），字子傅，号康斋，江西抚州崇仁人。他与薛瑄同时，也是明初的朱学代表人物，号称南北两大儒。但他们治学侧重不同，各具特色。吴与弼的理学，主要是讲道德修养。他认为个人道德修养好了，就不难齐家治国平天下，所谓“圣贤教人，必先格物致知以明其心，诚意正心以修其身，修身以及家，而国而天下不难矣”。至于修养的方法和内容，则遵循朱学的观点，强调修养不是一蹴而就的事，要有一个长期持续不断的艰苦过程，要通过读书穷理等的“集义”工夫，才能“涵养德性本原”。关于道德修养，吴与弼还在程颐“敬义夹持”说的基础上，提出“敬义夹持，实洗心之要法”的观点。他认为，通过敬内功夫和读书穷理等的集义功夫，加以“浣洗”，即可使具有“知觉”的神妙之心“莹澈昭融”而上达天理。吴与弼还将“存天理，去人欲”作为道德修养的重要方面。他说：“君子之心必兢兢于日用常行之间，何者为天理而当存，何者为人欲而当去。”并在他的《日录》中，强调“圣贤所言，无非存天理，去人欲”，“学圣贤者，舍是何以哉”，强调为学和日常行事都要时刻警惕有“非分”的欲望和意念的萌生，处处要遵循封建伦理纲常的“天理”。他认为，这就是“君子”和“学圣贤者”所要进行的道德修养。在道德修养论上，更重视“主静”的涵养功夫。他提倡“静坐”、“夜思”的冥悟。他说：“枕上思《晦庵文集》及《中庸》，皆反诸身心性情，颇有意味。”由此得知，在吴与弼的朱学中，杂入了陆九渊的心学，正如清代人称他的理学是“兼采朱陆之长”。而他的存心以涵养本源和静思冥悟的修养方法，既是他的理学思想的重要特点，也是其门人陈献章衍化为心学的发端。