约有1/3遗传性代谢缺陷患儿在经过数月至数年的无症状期后才发病，亦有晚至青春发育期或成人期始发病者，感染发热、摄食大量蛋白质食物等可能为发病诱因，患儿在两次发作间期可完全正常。
【昏迷】 昏迷是代谢缺陷病的常见症状，可区分为以下不同情况。
（1）无神经系统体征的昏迷 这是由于疾病造成的代谢性酸中毒，或（和）高氨血症，或（和）低血糖所导致的，通常无明显的神经系统体征，故有时与糖尿病所引发的酮症酸中毒不易鉴别。
（2）伴有惊厥发作神经系统症状或颅内高压的昏迷 通常代谢缺陷病除脑病症状外甚少出现其他神经系统征象，但少数有机酸尿症如甲基丙二酸尿症、丙酸血症、异戊酸血症等患儿在代谢极度紊乱时也可能出现急性锥体外系病变和皮层脊髓束被累及情况，呈现双侧苍白球和内囊受侵犯的神经征，易被误认为脑炎、中毒性脑病、脑血管病变甚或肿瘤等；必须加以鉴别的尚有晚发病的Ⅰ型戊二酸血症和线粒体脑病乳酸酸中毒卒中样发作综合征，尤其是患儿同时有酮中毒、酸中毒、高乳酸血症和高氨血症时。有些患儿在急性症状出现之前常有非特征性的先兆症状如持续食欲不佳、慢性呕吐、体重不增、发育迟缓、共济失调等。更应避免误诊。
（3）伴有肝肿大、肝功能受损的肝性昏迷 肝性昏迷伴有高乳酸血症时必须考虑呼吸链功能障碍、脂肪酸氧化障碍和尿素循环障碍；未及时诊断的肝豆状核变性患儿除各种神经系统症状外，亦可发生溶血性贫血和肝昏迷情况。
【共济失调发作】周期发作性共济失调和异常行为常见于有机酸血（尿）症，如枫糖尿症等，患儿同时具有酮、酸中毒和高血糖表现，与糖尿病的酮症酸中毒不易区别；晚发性高血氨症如鸟氨酸氨甲酰基转移酶部分缺乏症（OTC）患儿的高血氨症和肝功能受损程度轻微，故在急性共济失调发作时极易被误诊为癔病、精神分裂症或中毒等；伴有外周神经累及症状的急性共济失调发作则常见于丙酮酸脱氢酶缺乏症，患儿有轻度高乳酸血症，且L/P比值正常。
【代谢性酸中毒】儿科临床所见的代谢性酸中毒多数是由于感染、缺氧、重度脱水、饥饿或中毒等非遗传性疾病所致，必须首先予以鉴别。对不伴有阴离子间隙增高、高乳酸血症及低血糖的代谢性酸中毒患儿应首先考虑肾小管酸中毒；对伴有高乳酸血症、但无酮中毒的代谢性酸中毒则应鉴别丙酮酸脱氢酶缺乏和脂肪酸氧化缺陷。同时伴有酮中毒的代谢性酸中毒除最多见于糖尿病酮症酸中毒外，尚应根据血糖水平考虑先天性代谢缺陷病的可能性：糖代谢障碍者多伴有低血糖和高乳酸血症，且临床可见肝肿大；各种有机酸尿症的血糖可以低下或正常，且间隙发生酮中毒和高乳酸血症。