是年，琼州五指山黎那燕构感恩、昌化诸黎共反，必进复檄大猷讨。而朝议设参将于崖州，即以大猷任之。乃会广西副将沈希仪诸军，擒斩贼五千三百有奇，招降者三千七百。大猷言于必进曰：“黎亦人也，率数年一反一征，岂上天生人意？宜建城设市，用汉法杂治之。”必进纳其言。大猷乃单骑入峒，与黎定要约，海南遂安。
三十一年，倭贼大扰浙东。诏移大猷宁、台诸郡参将。会贼破宁波昌国卫，大猷击却之。复攻陷绍兴临山卫，转掠至松阳。知县罗拱辰力御贼，而大猷邀诸海，斩获多，竟坐失事停俸。未几，逐贼海中，焚其船五十余，予俸如故。越二年，贼据宁波普陀。大猷率将士攻之，半登，贼突出，杀武举火斌等三百人，坐戴罪办贼。俄败贼吴淞所，诏除前罪，仍赉银币。贼自健跳所入掠，大猷运战破之。旋代汤克宽为苏松副总兵。所将卒不三百人，徵诸道兵未集，贼犯金山，大猷战失利。时倭屯松江枯林者盈二万，总督张经趣之战，大猷固不可。及永顺、保靖兵稍至，乃从经大破贼于王江泾，功为赵文华、胡宗宪所攘，不叙。坐金山失律，谪充为事官。
柘林倭虽败，而新倭三十余艘突青村所，与南沙、小乌口、浪港诸贼合，犯苏州陆泾坝，直抵娄门，败南京都督周于德兵。贼复分为二，北掠浒墅，南掠横塘，延蔓常熟、江阴、无锡之境，出入太湖。大猷偕副使任环大败贼陆泾坝，焚舟三十余。又遮击其自三丈浦出海者，沉七艘，贼乃退泊三板沙。顷之，他倭犯吴江。大猷及环又邀破之莺脰湖，贼走嘉兴。
三板沙贼掠民舟将遁，大猷追击于马迹山，擒其魁。金泾、许浦、白茅港贼俱出海，大猷追击于茶山，焚五舟。贼走保马迹山、三板沙，将士复追及，坏其三舟。江阴蔡港倭亦去，官兵分击于马迹、马图、宝山。值飓风作，贼舟多覆。柘林倭亦为官兵所击沉二十余舟，余贼退登陆。已，复泛舟出海。大猷及佥事董邦政分击，获九舟。而贼又遭风坏三舟，余三百人登岸，走据华亭陶宅镇，屡败赵文华等大军。夜屯周浦永定寺，官兵四集进围之。而柘林失风贼九舟巢于川沙洼，纠合至四十余艘，势犹未已。巡抚曹邦辅劾大猷纵贼，帝怒，夺其世荫，责取死罪招，立功自赎。时周浦贼围急，乘夜东北奔，为游击曹克新所邀，斩首百三十，遂与川沙洼贼合。诸军日夜击海。大猷偕副使王崇古入洋追之，及于老鹳觜，焚巨舰八，斩获无算。余贼奔上海浦东。