二十一日，莫折念生派都督宝双攻打盘头郡。东益州刺史魏子建派将领窦念祖讨伐他。斩杀宝双，擒获斩杀一千多人。
九月二十九日，肃宗下诏命尚书左仆射，齐王萧宝夤为西道行台、大都督，率领征西将军、都督崔延伯，又下诏恢复抚军将军、北海王元颢官职、爵位，命其为都督，一起率领众将向西讨伐。二十八日，肃宗驾临明堂，为萧宝夤等饯行。
这个月，萧衍派将裴邃、虞鸿袭据寿春外城，刺史长孙稚击退了他们，裴邃退居黎浆。肃宗下诏让河间王元琛统兵支授长孙稚。萧衍又派将领军侵犯淮扬，肃宗下诏让秘书监、安乐王元鉴率军讨伐他们。吐谷浑主伏连筹率兵讨伐凉州叛军，于菩提弃城逃走，伏连筹追上杀了他，城民赵天安又推举宋颖为刺史。
冬十月，营州城人赵安定、就德兴据城反叛，逮捕了刺史李仲遵。城民王恶儿杀了赵安定归降朝廷，就德兴东逃而去，自称燕王。胡琛派其将领宿勤明达侵犯豳、夏、北华三州。初五，肃宗诏都督北海王元颢率领众将讨伐来敌。
十一月初二，莫折天生攻陷岐州，逮起都督元志及刺史裴芬之。高平人攻杀卜朝，一起迎接胡琛。
十二月十六日，肃宗下诏命太傅、京兆王元继为太师、大将军，率领众将讨伐天生。口厌哒、契丹、地豆于、库莫奚等国都派使者前来朝贡。
汾州正平、平阳山胡叛逆。肃宗下诏恢复征东将军章武王元融封爵，命其为大都督，率部讨伐。
山南行台东益州刺史魏子建招降南秦州氐族百姓，恢复其六郡十二戍，又斩杀贼王韩祖香。南秦州贼王张长命畏于逼迫，便向萧宝夤投降。
这个月，莫折念生派兵攻打凉州，城中百姓赵天安又逮捕了刺史以响应他。
孝昌元年(525)春季正月十五，徐州刺史元法僧据城反叛，害死行台高谅，自称宋王，年号天启，派其子元景仲归顺萧衍。萧衍派其将领胡龙牙、成景隽、元略等率部赴彭城。肃宗诏命秘书监安乐王元鉴回师以讨伐他们，元鉴在彭城南面与元略接战，大破元略，尽俘叛军，紧接着由于警备疏忽，被元法僧打败。萧衍派其豫章王萧综进入彭城内据守，元法僧拥其僚属、守令、士卒以及城郊士女万余人归入萧衍政权。肃宗下诏让镇军将军、临淮王元..，尚书李宪为都督，卫将军、国子祭酒、安丰王元延明为东道行台，恢复仪同三司李崇官爵，为东道大都督，一起讨伐徐州。李崇因病没有前去。
十八日，萧宝夤、崔延伯在黑水大破秦州叛贼，斩首擒获的敌人达数万人，莫折念生退逃入陇西，泾、岐以及陇东都被平定。朝廷任命太师、大将军、京兆王元继为太尉，其余人官职依旧。
二月，任命领军将军元叉为骠骑大将军、仪同三司。肃宗下诏追复乐良王元长命本爵，让其子忠继承爵位。侍中、特进、卫大将军穆绍任仪同三司。二十三日，大赦天下。
十七日，莫折念生派都督杨..、梁下辩、姜齐等攻击仇池郡城池，行台、东益州刺史魏子建派部将盛迁打败他们，杀了下辩、姜齐等人，砍下首级。二十七日，肃宗下诏曰：“扬善惩恶，为治国大典。诏令是每年考核官吏一次，郡守考核令长，刺史考核郡守，以确定政绩，看其能否胜任。如有杂滥谬妄，便以考功失实论处。”这个月，齐州魏郡百姓房伯和聚众造反。正逢大赦，就散伙了。
三月二十五日，肃宗下诏命太尉、西道都督、京兆王元继班师回朝。二十八日，下诏说：“丞相高阳王，道德渊广，光明磊落、笃厚忠诚，堪称朝仪楷模，下国榜样，所谓的我的失误你来辅佐，以求政治责成，宜颁布新的法令，宣明远近。各州郡先前上奏给司徒公的文牒，都可改奏给相府处理，符告也照此办理。”三十日，下诏说：“选而后举，自古如此。朕妄承大业，综理万机，求贤致治，心如饥渴。知人善任，自古为难，应博访公卿，采集各方人士的声名事实。现在可令第一品以下，第五品以上的官员，各人推荐自己所了解的人，不限身份和职务。一定要精审其器量才干，具体列举才能在哪一方面，然后依式提拔，按其才能安排位置，希望人才济济的景象，不差往昔，忠直之风，弘扬于今岁。”萧衍派其北梁州长史锡休儒、司马鱼和，上庸太守姜平洛等侵犯直城，梁州刺史傅竖眼派儿子傅敬绍率众迎敌，大破敌军，擒斩敌军三千多人，锡休儒等人逃回魏兴。这个月，齐州清河百姓崔畜杀了太守董遵，广川百姓傅堆逮捕太守刘莽然后反叛。青州刺史、安乐王元鉴讨伐并平定了他们。
这个月，破落汗拔陵别帅王也不卢等攻陷怀朔镇。
夏季四月，萧衍的益州刺史萧渊猷派将领樊文炽、萧世澄等率部围攻小剑戍镇。益州刺史邴虬派子邴子达，行台魏子建派别将淳于诞迎击。
二十五日，皇太后又临朝摄政，召集大臣们来议论得失。下诏称：“朕寡陋昧暗，早承天历，茫茫然如涉渊海，不知所济，全靠祖宗在天之灵保佑，大家勉力辅弼，才得以康弘世道。而神龟末年以来，权臣擅命，元叉、刘腾阴谋得逞，于是使皇太后被软禁在后宫，太傅、清河王无辜受害，相州刺史、中山王元熙横遭不测，右卫将军奚康生也被诛戮。从此以后，他们无所畏忌，姿意侵掠奢求，奖惩予夺随心所欲。无君之心，积习渐久；不臣之迹，越发显明。二人障蔽陛下耳目之明，专握生杀权柄，天下因此不安，四郊由之多阻隔不通。是可忍，孰不可忍！虽然朝廷屡经赦免，但在这个上面也应量法而行，仔细辨正，以谢朝野之愤。刘腾既已死去，可追削其爵位。元叉的罪行，实应严惩，但因他是皇亲国戚，予以宽大处理，可除名为民。”
十八日，征西将军、都督崔延伯在泾川被打得大败，自己也战死。
五月二十四日，淳于诞等大破萧衍军队，俘虏斩首万人，擒获萧世澄等十一位将领，樊文炽仅以身免，逃往成都。戊子，骠骑大将军、仪同三司李崇逝世。
六月初十，朝廷大赦天下，改年号。下诏文武官员，凡从军二百天者，文官升一级，武官升两级。蠕蠕主阿那瑰率众大破拔陵，斩杀其将孔雀等。众将逼近彭城，萧综在夜晚偷偷出来投降，萧衍众将奔逃而去，军队席卷过去，萧衍人马死里逃生的仅有十分之一二。
秋季八月初三，朝廷下诏禁止远近各地再行贡纳奇珍异宝，违诏者免去官职。
柔玄镇人杜洛周率众在上谷造反，年号真王，攻郡陷县，南围燕州城。
初八，莫折念生派都督杜黑儿、杜光等攻打仇池郡。行台魏子建派将领成迁击败了他们，砍下杜光首级。
九月十三日，下诏减免百姓各种租税的一半。十四日，朝廷下诏命左将军、幽州刺史常景为行台，征虏将军元谭为都督，以讨伐杜洛周。十九日，朝廷下诏说：“追功表德，以勉励善者。祖宗为功臣，封为王爵，而他们的子孙废弃不名，沦为平民，爵位无闻，流落散失。颍川名守，重泉名宰，惠风美政，结于民心，而他们却依然是寻常品级，未受褒扬提拔，这不是常说的爱及甘棠、良伦美列之意所应该的。现在，那些先朝知名的功臣名将，他们的子孙沦湮埋没有官职的，那些牧令守长声誉政绩卓尔不凡的，都请有关部门具报上闻。朕将予以大力提拔，以光大治风。”二十日，下诏让百官五品以上的，各举荐自己所知道的文武才俊者。二十九日，因特殊情况赦免南北两秦州罪民。
冬季十月，蠕蠕国主阿那瑰派使者朝贡。这个月，吐谷浑又讨伐赵天安，赵投降了。河州长史元永平、治中孟宾等共推口厌哒使主高徽处理州事，而前刺史梁钊之子梁景进杀了他，梁景进便自己行使起权力来了。
十一月十一日，朝廷下诏书说：“大孝使亲故都很荣耀，古时法典已经注明，所以安平王年高，诸子满朝。从今以后各官员有父母年岁在八十以上的，都听其居官禄养，让其朝夕享受温情。”当时天下处多事之时，诸少数民族再次反叛。
十二月十二日，帝下诏说：“高祖以大德定功，世宗以武力息乱，声名漫溢南北，教化澄清中土，大业盛过强周，国运延续了七百年。朕少年登基，早行皇权，战战兢兢，如临渊谷。朕不明治道，政事刑法都不娴熟，权臣擅命，乱我朝廷程式，致使西秦跋扈、北戎嚣张，荆蛮蠢蠢欲动，战火纷飞，连年不息。乱急甚于当年泾阳之时，出军迫急超过旧时细柳扎营。但军队盘桓，滞留不前，北氵育悬危，南阳告急，将失荆、沔之地，以致有逼迫国家之忧。现在茅毂扼腕，爪牙叹愤，都希望能挫败大敌，剿截长蛇，使得人神两安，幽明献吉。朕将亲统六师，扫荡污秽。其配衣六军，分属龙虎，前驱后队，左翼右师，必须要将帅雄健果敢，军吏明济，粮草器仗车辆马匹，随供所需。那些曾失误亡军、战前逃叛、窜伏山泽劫掠为盗的人，免除其以往的过失，收录其后来之忠，另立一种格式，听其自新，此令要广下各州郡，召他们赴军立功。今天先征伐荆蛮，使南疆臣服；然后大旗东指，扫平淮南。然后军马汇集西域，扫平西疆，安定北境；抚慰离乱之人，安抚饥寒之民。最后登临嵩山，向神灵、祖先禀报大功告成，沉璧河洛，告成泰岳，那不是一种盛大的景观吗！内外百官、牧守军宰，各各宜整肃勤勉，恪守职责。”山胡刘蠡升造反，自称天子，设置百官。这个月，任命临淮王元..为征南大将军，率军讨伐鲁阳蛮族。
孝昌二年(526)春正月初十，封广平王元怀的庶生长子、太常少卿元诲为范阳王。十二日，以太保、汝南王元悦为领太尉。这个月，都督元谭驻军军都，被杜洛周打败。五原归降户民鲜于修礼在定州造反，建号鲁兴元年。帝诏左光禄大夫长孙稚为使持节、假骠骑大将军、大都督、北讨诸军事，与都督河间王元琛率将讨伐。
二月十五日，肃宗、皇太后驾临大夏门，亲自审理冤案。这个月，叠伏罗国派使者前来朝贡。
三月初二，任命骠骑大将军、徐州刺史、安丰王元延明为仪同三司。追复中山王元熙本爵，其子叔仁继承爵位。十六日，西部敕勒人斛律洛阳在桑乾反叛，向西与河西牧子相通连。别将尔朱荣讨伐打败了他们。
夏四月，朝廷大赦天下。十五日，任命侍中、车骑大将军、城阳王元徽为仪同三司。朔州城民鲜于阿胡、厍狄丰乐据城反叛。二十九日，都督李琚军驻蓟城北面，又被杜洛周打败，李琚战死。三十日，以骠骑大将军、开府、齐王萧宝夤为仪同三司。北讨都督河间王元琛、长孙稚兵败而回，帝下诏免去元琛、长孙稚官爵。库莫奚国派使者朝贡。
五月初九，肃宗准备亲征北方，内外戒严。前任给事中黄门侍郎元略从萧衍政权逃归朝廷，被封为义阳王。任命丞相、高阳王元雍为大司马；吏部尚书、广阳王元渊为骠骑大将军、仪同三司，不久任大都督，率领都督章武王元融北讨鲜于修礼。初十，燕州刺史崔秉率众放弃城池南逃入中山境内。二十七日，任命安西将军、光禄大夫宗正珍孙为都督，征讨汾州反叛的胡人。
六月初二，在齐州实行特赦。绛蜀人陈双炽聚众造反，自号建始王。特赦平阳、建兴、正平三郡。下诏让假镇西将军、都督长孙稚征讨陈双炽，平定了他。初九，京兆王元略被改封为东平王。卫大将军、西道都督元恒芝为车骑大将军、仪同三司。十二日，帝下诏恢复义阳王元继的本来封号江阳王。二十二日，帝下诏书说：“自从国运步入艰难的境地，一直到今天，烽火驿报交替驰传，旌旗战鼓从未停息，祖宗传下来的盛隆基业，危如垒卵，国家政权，快要沦落坠没。朕威信德行不能传远，谋划运筹无法远播，致使苍生百姓遭此劫难、生灵涂炭，怎样做才能让皇基稳固，黎民安宁呢。从今开始，朕便避居正殿，蔬食素服。朕当亲自召募士卒，收集忠勇。其有能极言力谏之士，敢于申明忠义之人，二十五日以前都到华林东门集中，朕将分别引见，共商朝政得失。此令颁告朝野内外，使人们都知道此事。”二十九日，任命卫将军、东平王元略为左光禄大夫、仪同三司。
秋季七月初十，杜洛周派其别帅曹纥真侵犯幽州。行台常景派都督于荣在粟园迎战，大破曹纥，斩杀曹纥，斩获三十多人，得到牛驴二万多头。十二日，恒州陷落，行台元纂奔逃到冀州。二十七日，萧衍将元树、湛僧珍等人率军侵犯寿春。
八月初九，晋封广川县开国公元召己为常山王。任命骠骑大将军、东道行台、临淮王元..为仪同三司。十一日，肃宗驾临南石窟寺，当日便回宫。二十一日，晋封散骑常侍、御史中尉、武城县开国公元子攸为长乐王。都督伊瓮生讨伐巴人，失利战死。二十六日，贼帅元洪业杀了鲜于修礼，请求投降朝廷，被贼党葛荣杀害。都督尔朱荣在肆州把刺史尉庆宾抓了起来，命令其堂叔尔朱羽生统摄州中事务。
九月十五日，葛荣在博野白牛逻打败了都督广阳王元渊、章武王元融，元融战死阵前。葛荣自称天子，国号齐，年号广安。甲申日，常景又打败杜洛周，杀了他的武川王贺拔文兴、别帅侯莫陈升，生擒男女俘虏四百多人，牛驴五千多头。就德兴攻陷平州，杀害刺史王买奴。
这个月，莫折天生请求投降，萧宝夤派行台左丞崔士和前去据守秦州。天生又叛，把崔士和送给胡琛，被害。
冬季十一月三日，杜洛周攻陷幽州，把刺史王延年以及行台常景抓了起来。十一日，规定京郊的田租，每亩五升；借贷公田耕种的，每亩上缴一斗。闰月中，规定在集市上做流动生意的，每人各一钱，店舍的税分为五等。齐州平原郡百姓刘树、刘苍生聚众造反，州中驻军打败了他们，刘树投奔萧衍去了。萧衍将领元树进逼寿春，扬州刺史李宪不敌，举城投降。当初，这些州、郡、县的行政长官及长史、司马、戍主都留有子女在京城作为人质。萧衍又派将领攻打新野，肃宗下诏命都督魏承祖讨伐他们。肃宗下诏说：“最近以来，旧京沦陷覆亡，中原丧乱，宗室子女，户籍在皇室家族之内，被杂户滥门所拘禁污辱的，听任其离绝。”