世宗宣武皇帝，讳称元恪，高祖孝文皇帝第二子。母亲叫高夫人，当初，梦见被太阳追逐，躲到床下，太阳变成了龙，绕自己几圈，梦醒后惊悸不已，接着有孕。太和七年(483)闰四月，世宗在平城宫中出生。太和二十一年(497)正月十七日，被立为皇太子。
太和二十三年(499)夏季四月十二日，世宗在鲁阳即皇帝位，大赦天下。世宗年少，政柄委任给左右宰相。五月初一，高丽国派使者前来朝贡。六月十一日，朝廷分别派出侍臣巡察各郡国，问民疾苦，考察郡守县令，黜暗升明，文武应求，道著当世的，都加以褒奖礼遇。二十四日，追尊皇母为文昭皇后。
秋季八月初五，遵照先帝遗诏，高祖三夫人以下全部回家。二十日，南徐州刺史沈陵南叛。
冬季十月辛未日，邓至国王像舒彭前来朝见。十四日，皇帝车驾到长陵祭拜。二十五日，在太庙祭祀祖先。十一月，幽州百姓王惠定聚众造反，自称明法皇帝，刺史李肃捕获并斩了他。
这一年，州郡十分之八都遭了水灾，百姓闹饥荒，皇帝分遣使者开仓赈灾。高丽国派使者朝献。
景明元年(500)春季正月初二，皇帝车驾谒拜长陵。初五，朝廷大赦天下。初七，萧宝卷的豫州刺史裴叔业以寿春郡投归朝廷，骠骑大将军、彭城王元勰率领军马十万人前去接应。二月二十八日，又任彭城王元勰为司徒。萧宝卷将领胡松、李居士率领一万人马屯驻宛城，陈伯之的水军溯淮而上，以逼困寿春。
夏季四月二十七日，彭城王元勰、车骑将军王肃大破敌军，杀了万人。三十日，皇弟元忄兆逝世。五月十五日，因北方各镇发生大饥荒，皇帝派兼侍中杨播巡抚赈济。六月初八，司徒、彭城王元勰进位大司马，车骑将军王肃加授开府仪同三司。十五日，大阳蛮族酋长田育丘等率领民户归附朝廷。
秋季七月，萧宝卷又派陈伯之侵犯淮南。初二，吐谷浑国派使者朝献。八月十八日，彭城王元勰在淝水打败陈伯之。二十八日，高丽国派使者前来朝贡。九月二十七日，东豫州刺史田益宗在长风打败萧宝卷将吴子阳、邓元起。齐州百姓柳世明聚众造反。
冬十月初一，皇帝车驾谒拜长陵。二十四日，齐、兖二州合兵讨伐柳世明，平定了叛乱。三十日，朝廷改授彭城王元勰为司徒、录尚书事。十七日，世宗下诏招兵四万人。十一月初三，荆州刺史桓道进在下笮关对萧宝卷发起攻击，拔除关隘，投降的有二千多户。二十日，阳平王元颐去世。
这一年，十七州发生大饥荒，皇帝分派使者开仓济民。这年冬天，萧衍起兵向东进发，讨伐其君主萧宝卷。
二年(501)春季正月初一，皇帝车驾拜谒长陵。十五日，世宗开始亲自处理朝政。遵照先帝遗诏，听任司徒、彭城王元勰以王爵还归宅第。太尉、咸阳王元禧进位太保，司空、北海王元详为大将军、录尚书事。二十一日，在太极前殿召见群臣，告诉他们自己亲理朝政的意见。二十五日，高丽国派使者前来朝献。二十六日，任命太保、咸阳王元禧领太尉，大将军、广陵王元羽为司徒。世宗下诏书说：“朕幼承宝历，艰忧内怀，不理政事，风化不宁。今天才开始料理政务，首要之举就是同心协力，推陈出新，思谋使四方闻风尽善，可以分派大使，黜幽升明。”二月初七，担任宿卫官职的官员晋升一级官阶。十一日，大赦天下。三月初一，世宗下诏书说：“近年以来，连年征战，劳役既多，老百姓穷苦凋敝。官府应当体恤民情，以救人民于水火。正式赋役之外，各种妨碍百姓利益的杂赋全部免去。”十七日，下诏说：“各州刺史，不亲民事，缓于督察，郡县稽捕狱讼，一旬一月之间，才处理一次。淹狱久讼，拖延时日，百姓怨声载道，已成困弊情势。尚书可申明条例，布告四方，命地方长官每日亲理政事，勤勉奉公，不得因循旧弊，荒废公务。”二十八日，下诏说：“治理国家崇尚简明清静，为官一方贵在处理一应事务。州府佐官，提升渐多，已成损弊，无助政道。又京城百司，官僚衙门多而杂，官员有闲暇过长的，都属这种情况。如果不是必需的，一律革除。”青、齐、徐、兖四州发生大饥荒，老百姓饿死的达万余人。这个月，萧衍立萧宝卷之弟南康王萧宝融为皇帝，年号中兴，率军东赴建业。
夏季五月十九日，广陵王元羽逝世。二十九日，太保咸阳王元禧谋反，被赐死。六月二十三日，考核各州刺史政绩，加以升降。
秋七月十三日，蠕蠕侵犯边境，乙未日，东豫州刺史田益宗在赤亭打败萧宝卷将领黄天赐。二十九日，大赦天下。三十日，车骑将军、仪同三司王肃逝世。九月初六，下诏征召京畿之内民夫五万人修筑京城三百二十三坊，四十天就完工了。初八，立皇后于氏。二十四日，免寿春官营民户为扬州百姓。
冬季十月初六，吐谷浑国派使者前来朝献。初十，萧宝卷零陵郡长官率领本郡军民归顺朝廷。十一月初六，任命骠骑大将军穆亮为司空。初七，大将军、北海王元详任太傅，领授司徒官职。十二日，在伊水北面改筑园丘。二十五日，有祝祭之事。十二月，高丽国派使者前来朝贡。这个月，萧宝卷直后张齐杀死其君主萧宝卷投降萧衍，萧衍攻克建业。
景明三年(502)二月二十五日，世宗下诏说：“一段时间来，旱灾严重，农民荒废农时，提起来朕就很惭愧，罪责主要在我。申告受旱各州郡，如有尸骨暴露于野的，都加以掩埋。”三月，鲁阳的蛮人反叛朝廷。南齐皇帝萧宝卷之弟建安王萧宝夤来降。
夏四月，世宗命抚军将军李崇征讨鲁阳反蛮。这个月，萧衍又废除了其君主萧宝融，自己僭登皇位，自称梁。闰月三十日，司空穆亮逝世。五月，扬州小岘军事长官党法宗袭击萧衍大岘戍关，攻克，擒获其龙骧将军邾菩萨，送到京城。
秋季七月十八日，于阗国派使者前来朝献。世宗下诏，文官跟随征讨显达充任宿卫的升二级官阶。八月十八日，萧宝融政权的镇南大将军、江州刺史陈伯之派使前来请求投降。三十日，尊称前太傅、平阳公元丕为三老。九月初二，皇帝车驾行幸邺城。十二日，下诏派使者祭吊殷朝比干墓。二十三日，在邺城南检阅武备。二十五日，武兴国世子杨绍先派使者前来朝献。
冬季十月十六日，皇帝亲自御射演习，箭射到一里五十步的地方，众大臣在射箭的地方刻碑铭记。二十日，世宗车驾回宫。十一月二十五日，世宗下诏书说：“京城洛阳一带，兵荒马乱，已有十年。先皇在旧都奠定国基，开创大业，扫除荒旧，创下宏构，鸿功茂绩，规模长远。今天庙社已建，宫极崇伟，应当在下个月中旬，移驾祝吉。仰寻遗意，感庆交加。既然礼度比周宣王时代斯干之制还要隆盛，汉高祖壮丽的仪制还要完备，便可依照典故旧例，备此考告，以满足远近人臣的愿望。”十二月初四，世宗下诏书说：“农桑为农民之本，蚕事乃国家之重，储积丰厚，才能不怕寒暑。最近以来，京城开始建设，耕种蚕桑暂时短缺，追寻以往，必须倡导。而今寝殿已成，移御初始，春郊不远，耕种有辰。可以立即着手营造千亩耕地，开设宫坛，朕要亲自握耒援筐，劝民耕种。”十八日，在太极前殿宴请群臣，各赐布帛不等，因宫殿初成的缘故。二十日，扬州军打败萧衍的将领张嚣之，杀了两千人。
这一年，疏勒、..宾、婆罗捺、乌苌、阿喻..、罗婆、不岑、..拔罗、弗波女提、斯罗、哒舍、优耆奚那太、罗..、乌稽、悉万斤、朱居..、诃盘..、拔斤、厌口末、朱..洛、南天竺、持沙那斯头等国都派使者前来朝贡。河州发生大饥荒，死的人有二千多。
景明四年(503)春季正月二十二日，世宗在皇田中举行耕种仪式。梁州氐族人杨会造反。魏世宗命行梁州事杨椿、左将军羊祉前去讨伐。三月十七日，皇后在北郊亲临蚕桑仪式。二十八日，扬州军队在阴山打败萧衍的军队，斩杀了他的龙骧将军吴道爽等数千人。
夏季四月初一，朝廷授萧宝夤为镇东将军、东扬州刺史，封为丹阳郡开国公、齐王。初八，南天竺国敬献辟支佛牙。十六日，世宗下诏书说：“酷吏为祸，绵古同患；孝妇淫刑，东海为之焦壤。现在已连续一百天没有下雨了，是不是有冤狱沉埋？尚书推检京师被囚的犯人，一定要竭尽听讼察断的责任。”十七日，世宗因旱灾减少饮食睡眠。十九日，暴雨猛降。五月二十三日，杨椿、羊祉大破反叛的氐人，杀了千余人。六月初一，加封皇弟元悦为汝南王。初五，调拨冀、定、瀛、相、并、济六州二万人、马千匹，增配给寿春。
秋季七月初五，三老、平阳公元丕逝世。二十日，朝廷下诏收还盐池利税交归国库。二十一日，以彭城王元勰为太师。八月二十日，任命吏部尚书元英为假镇南将军，进攻萧衍的义阳郡。勿吉国贡奉眓矢。二十一日，世宗行幸至河南城行宫。
冬季十一月初三，扬州大破萧衍的军队，杀了他的徐州刺史潘佃怜，擒获了司马明素。十一日，以武兴国世子杨绍先为其国王。十五日，世宗下诏让尚书左仆射源怀抚慰劳问代都、北方各镇郡，随时拯恤。二十七日，镇南将军元英在白沙大破萧衍将吴子阳，擒斩数千敌人。十二月十三日，世宗下诏命镇南将军李崇讨伐东荆州反叛的蛮族人。十九日，世宗下诏书说：“先朝制定制度，诸事应时公允。但是时间推移，人事变迁，物情变异乖惰。近一时期以来，或者动辄有所增损，废堕不行；或者有旧时合适，但现今不合的；或者是职责名分错乱，各官互相推诿的。各政府部门，列举其有遗漏、缺损的条文，迅速上奏。”二十六日，萧衍的梁州刺史平阳县开国侯翟远、徐州刺史永昌县开国侯陈虎牙投降朝廷。
正始元年(504)正月初三，江州刺史曲江公陈伯之在东关打败萧衍将领赵祖悦。初九，东荆州刺史杨大眼大破群蛮樊季安等。十九日，朝廷大赦天下，改年号。二月十一日，萧衍将领姜庆真偷袭寿春外城，州军打退了他们。二十日，扬州统军刘思祖在邵阳大破萧衍部众，擒获了他的冠军将军、邵阳县开国侯张惠绍，骁骑将军、祁阳县开国男赵景悦等十余名将领，斩首捕获数千名敌人。三月初一，元英在樊城打败萧衍将领王僧炳的部队。
夏季四月十五日，高丽国派使者前来朝贡。五月初一，太傅、北海王元祥因为犯了罪被废黜为庶人。六月，因为境内干旱撤除音乐，减少进食。十八日，世宗下诏书说：“朕因为德行薄浅，政制刑治多出舛误，以致干旱累旬，京畿禾苗干枯，这都是朕的过失，为此朕日夜不安。有关部门可查按旧典，行使六事：狱讼冤案，秉公而断；众长官玩忽职守，量情处置；鳏寡困穷的人，抚恤赈济；繁杂的赋役，都加以减免；贤良正直的人，都要依礼加以提拔，贪赃枉法，谄谀谗媚的人，及时加以摈退黜除；怨女旷男，一定要让他们结婚生子。这样的话，朕就高兴了。”十九日，世宗因发生大旱在太庙亲自主持祭祀。二十三日，下诏在首阳山上建立周公旦、伯夷叔齐的庙。二十五日，因旱见公卿以下官员，引咎自责。又审查京城中被困禁的犯人，除了死罪以外其他一律减罪一等，应服鞭刑杖刑的一律免除。
秋季七月初八，萧衍政权的角城守军长官柴庆宗举城前来归降。李崇大败众蛮人帅官樊素安。八月初二，元英在义阳大败萧衍的将领马仙鴘。世宗下诏让洛阳令如有大事可面奏皇帝。十一日，元英攻打义阳，攻陷城池，擒获冠军将军蔡灵恩等十多名梁军将领。十七日，元英大破萧衍将领的部队，安定了三关。二十五日，世宗封元英为中山王。二十六日，西羌人宗万率领四千户羌人归附朝廷。九月初五，世宗下诏沿淮河南北所有各镇戍，都让其秋季播麦，春季种粟和稻，随其土质所宜，水陆兼用，一定要使地无遗利，兵尽其用，等到谷麦丰登，公私利益都可兼顾。又下诏让各州一律停止徭役，不得横征暴敛。二十日，世宗下诏对中山王元英所俘萧衍的冠军将军、监司州事蔡灵恩等人按其才能选拔任用。二十一日，萧衍政权霍州刺史田道龙、义州刺史张宗之派使者前来请求内附。蠕蠕侵犯边疆，世宗下诏让左仆射源怀前去征讨。
冬季十月二十日，下诏不准群官在百姓中招募衙吏。十一月十五日，世宗下诏书说：“古代贤哲的君王，创立帝业，垂泽皇统，安抚百姓，建立教化，无不崇建成式，开训国亲，昭宣《三礼》，弘扬四术，以使道畅群邦，风教流播海内。自从大魏皇都移徙中原，军国事务纷繁，新都没有来得及经营建设，朕静心思此，愧对列祖列宗。可命有关部门依照汉、魏旧章，营造国学。”十二月初四，把皇家苑囿的公田分别赐给代都迁来的民户。初七，世宗下诏让群臣议定律令。二十七日，世宗行幸伊阙。闰十二月初一，萧衍政权行梁州事夏侯道迁以汉中郡归降朝廷，假尚书令邢峦为镇西将军，率部前去接应。二十三日，骠骑大将军、高阳王元雍任司空，尚书令、广阳王元嘉加授仪同三司。
正始二年(505)正月十三日，命宕昌国世子梁弥博为其国王。邓至国派使者前来朝贡。二月，梁州氐族人造反，截断汉中运输路线。刺史邢峦频频大败敌人。
夏季四月十九日，城阳王元鸾逝世。二十五日，世宗下诏书说：“任贤明治，自古以来皆为通行规则，宣明风教，赞辅政务，实在是需要很多的人才。但现在中正所录，只看门第，吏部选用官吏，仍然是不以才举士。于是使英杰少有升迁，衙司事务多有滞缓。不精士人之选，那以什么来考核提拔官员？各官可审议往代贡举士人的办法，擢拔贤才的体制，一定要做到被选的人才学并佳，资望都好。”二十六日，因为仇池氐族人反叛，世宗下诏让光禄大夫杨椿为假平西将军，率部前去征讨。