麻醉满意后行俯卧位、首先探清内外口，瘘道内插入探针，直肠粘膜瓣采用“U”形切口，瓣长宽比不能大于2∶1，并保证足够的血液供应。粘膜下注射 1∶20000肾上腺素以减少出血。分离内括约肌，并在中线缝合。瘘口周边切除宽约0.3cm粘膜组织形成创面，然后将移动瓣下拉覆盖内口创面，用2-0 或3-0肠线间断缝合，恢复粘膜与皮肤连接的正常解剖学关系，**伤口不缝合，作引流用。
三、骶腹会阴手术
由于新生儿肛提肌仅距肛门1.5cm左右，故在会阴部分离直肠时极易损伤耻骨直肠环。骶尾部切口可以清楚辨别耻骨直肠环，又易游离直肠，对瘘口较高的瘘管也较容易分离剔除。手术适合于生后6个月以上的患儿。骶尾部皮肤纵切口长约3～5cm，横形切开骶尾软骨，暴露直肠盲端；沿直肠盲端纵形切开在肠腔内找到瘘口，分离瘘口，将其切断后缝合。游离直肠至能松弛地下降达肛窝皮肤平面。肛窝皮肤作X形切口，暴露外括约肌，将直肠从耻骨直肠环中间通过缓慢地牵拉至肛门，注意肠段勿扭转，并避免手指在肠环内强力扩张。直肠壁与肛门皮下组织用丝线缝合几针，直肠全层与肛门皮肤用3-0肠线或丝线间断缝合。依次关闭骶尾部伤口。
另外高位直肠闭锁和直肠**瘘亦可在新生儿期做腹会阴肛门成形术，直肠**瘘修补术和结肠造口术，但限于实际条件，手术死亡率高故不易为家长接受。
所有高位瘘的主要手术并发症是感染和瘘管复发，再次手术难度较大。应对每个具体病例根据其病情和实际条件制定治疗方案，选择合适的手术方法。
对于后天性直肠**瘘者要视其病因加以治疗，由炎症引起者则积极治疗肠炎后根据病情确定选用修补、肠切除和肠造口等术式。
由产科手术及外伤所致直肠**瘘者在炎症控制的情况下行经直肠或**修补术。切开并分离直肠和**壁的边缘，关闭直肠壁作横行卷入内翻。纵行对合**粘膜下组织，横行关闭**粘膜。
放射性直肠**瘘者局部修补是极其困难且常不可能做到，故应作结肠造口术。
异物或电灼等造成的直肠**瘘必须时先做一期结肠造口术，二期修复瘘管和肠吻合或拖出术。
目前直肠**瘘的手术方法很多，但要根据具体病例选择最佳术式以最小损伤，取得最好的效果。