临床上我们常用的抗甲状腺药物包括PTU和MMI（Propylthiouracil & Methimazole），这两种药物都有可能会透过胎盘引发新生儿甲状腺肿大，甚至是导致甲状腺功能降低。因此在怀孕期间，我们通常都会建议孕妇优先使用PTU，因为服用MMI合并胎儿发生严重畸形（如：头骨发育不全、气管食管闭锁[ 气管食管闭锁指的是胎儿发育时，食管及气管分裂异常所造成的先天性缺陷；出生后无法正常吞咽唾液，故口鼻分泌很多，常形成泡沫状。]或肠道肛门闭锁症[ 肠道肛门闭锁症又称无肛症或肛门直肠异常，是新生儿比较常见的先天性疾病，约3000个新生儿中就会有1个概率相对较高。

至于在治疗中度或严重的甲状腺功能亢进时，我们也常会给予一种治疗高血压及心律不齐的药物（Propranolol)，或是其他相似的药物借以改善患者的不适症状。而一旦患者甲状腺功能渐趋稳定后，我们就会立即停用这个药物，因为影响程度再怎么小，它还是可能导致胎儿出现生长迟滞、低血糖、呼吸抑制及心搏过慢等现象，即便这些现象多半是轻微而短暂的，我们还是会小心避免。