无并发症的胎粪梗阻性小肠阻塞治疗有时用高渗性或等渗性的液体灌注能去除梗阻，否则，则需要进行外科手术以清除小肠内粘稠的胎粪。新生儿期后，节段性的部分性小肠梗阻可用含有高渗性，等渗性X线非穿透性对比物或乙酰胆碱或口服的平衡液灌洗。大便软化剂如硫代琥珀酸二辛钠，乳果糖和胃动力药如胃复安可能有助于预防节段性梗阻。
肺部表现 治疗包括预防呼吸道梗阻，预防和控制肺部感染。预防和控制肺部感染包括维持百日咳，流血性嗜血杆菌，水痘和麻疹的免疫力，并且每年进行流感疫苗的接种。对未接种者，可用金刚烷胺以预防A型流感。目前尚未证实患者肺炎球菌的易感性或发病率增加，因而不提倡常规使用肺炎球菌菌苗。
在最初出现肺部受侵犯征象时建议进行胸部的物理治疗，包括体位引流，拍击，振动按摩和帮助咳嗽（参见第65节）。大龄患者有多种气道清除方法如用力呼吸，自助引流，震颤阀门装置，正通气加压面罩以及机械背心治疗都能取得效果。对可逆性的呼吸道梗阻，可口服和/或通过雾化吸入给予支气管扩张药，以及雾化吸入糖皮质激素。若有严重肺功能不足和低氧血症给予氧疗。一般来说，慢性呼吸衰竭的患者没有应用机械通气的指征。机械通气应严格限制用于基本情况较好，出现急性呼吸衰竭，或接受肺部手术的患者，或高碳酸性呼吸衰竭等待肺移植的患者。通过鼻和面罩的非侵入性的正压通气也有益处。IPPB装置不能使用，因为可能引起气胸。
口服祛痰剂使用广泛，但很少有资料证实其有效性。应鼓励用止咳药物。长期的每天雾化吸入重组人类脱氧核糖核酸表明可减缓肺功能的下降，减少严重呼吸困难的发生率。
气胸病人可安放封闭式胸导管进行胸廓造口引流。开放性胸廓造口术，开胸手术切除胸膜大泡和胸膜表面的海绵状擦伤对复发性气胸有效。
大量的反复咳血通过栓塞支气管动脉治疗。
药物治疗 口服糖皮质激素的指征包括有长期支气管炎的婴儿和顽固性支气管痉挛的患者，过敏性支气管肺曲霉菌病以及炎性并发征（如关节炎和脉管炎）。长期隔日使用糖皮质激素治疗可以减缓肺功能的下降，但由于糖皮质激素的副作用不主张作常规使用。接受糖皮质激素治疗的病人需严密观察有无碳水化合物代谢异常及生长迟缓的情况。
布洛芬（Ibuprofen），的剂量应使血浆药物浓度高峰达到50~100μg/ml，连续几年，显示有延缓肺功能下降的作用，尤其对5~13岁的儿童。适宜的剂量必须根据药代动力学研究进行个体化。