梨形鞭毛虫寄生于人体十二指肠及空肠可引起腹泻，最常见于2~10岁儿童，特别是营养不良和免疫功能低于小儿，是慢性腹泻的重要原因之一。本病多在夏秋季发病，主要通过水传播，临床大多为无症状感染;成为带虫者，有出现轻微症状者，亦有出现严重症状者，潜伏期约为1~2周，最长者45天。
肠梨形鞭毛虫感染后症状的轻重，与虫株毒力和人体状况有关，当受染者胃酸缺乏和全身性免疫球蛋白低下时易发病。病变部位的不同症状有很大差异，有的仅为无症状带虫者，有的则可导致严重的吸收不良综合征。
根据发病的缓急和病程长短，本病分为急性、亚急性和慢性三种。
1)急性感染者常表现为爆发性腹泻、水样便、恶臭、血便及粘液便少见，可与阿米巴和细菌性痢疾鉴别。大便每日3~10次或更多，伴上腹部或脐周疼痛、厌食、恶心、呕吐、腹胀明显。
2)亚急性或慢性感染者，表现为间歇性稀便，持续数月或数年。儿童久病不愈可致营养不良、贫血、发育障碍等。如寄生在胆道系统，可出现胆囊炎或胆管炎。若不及时治疗，多发展为慢性，表现为周期性稀便，反复发作，大便甚臭，病程可长达数年。
按发病症状可分为胆道系统症状、全身性症状和肠胃道症状3类。
一、胆道系统症状
肠梨形鞭毛虫病在胆道系统寄生，可以引起胆囊炎及胆管炎。主要症状为上腹部疼痛、食欲不振、消化不良、恶心、嗳气、胃部烧灼感、肝脾肿大，有压痛、进食油腻时加重，有时可出现黄疸。
二、全身性症状
1、神经症状：如失眠、头痛、乏力、眩晕、眼发黑、出汗、神经兴奋性增强、肌腱反射亢进等较为常见。
2、甲状腺机能失调：曾有人发现部分(15.5%)肠梨形鞭毛虫病患者的甲状腺机能有改变，其中以甲状腺机能亢进占大多数，基础代谢增高16%～20%，部分患者可增高30%，因而也会产生甲状腺机能亢进的症状。
三、胃肠道症状
1、急性或慢性阑尾炎型：症状与一般阑尾炎相似。切除的阑尾，呈炎性病变，粘膜有时可见溃疡，绒毛间可发现大量滋养体。
2、十二指肠炎型：有似十二指肠溃疡样疼痛，伴有纳差、低血压等。X线检查多显示球部变形，甚至有溃疡征。抗虫治疗后可以消除上述症状。
3、直肠乙状结肠炎型：与一般直肠乙状结肠炎同。用乙状结肠镜检查，可见弥漫性充血、水肿、严重者有圆形溃疡，溃疡表面覆有渗出性假膜。拭子检查可见大量滋养体。无特殊病理改变。
4、结肠炎型：主要症状有腹部钝痛，阵阵加剧，伴恶心、呕吐、腹泻，常被误诊为痢疾。
根据河北省峰峰矿务局第二医院儿科李炳照肠梨形鞭毛虫病20例误诊分析：