宝宝肠道屏障功能尚未发育成熟
肠道是人体消化、吸收食物的主要场所。肠道表面有一层有众多皱褶的肠道粘膜。如果将肠道粘膜展开，其表面积及相当于一个网球场的大小。肠道粘膜每天接触大量各种各样的食物分子。在正常情况下，肠道黏膜屏障可有效阻断大分子物质进入机体，从而避免过敏的发生。但与其他器官、系统一样，肠道黏膜屏障从出生到成人阶段有一个发育成熟过程。小宝宝的肠道粘膜屏障发育不成熟，粘膜屏障细胞的排列不紧密，大分子物质容易通过肠道粘膜直接进入血液，从而导致过敏。
宝宝胃肠道局部免疫水平较低
胃肠道产生的免疫球蛋白主要是分泌型免疫球蛋白A(SlgA)，在胃肠道发挥重要免疫保护作用。SlgA通过与肠腔中的抗原的结合，可以抑制抗原（过敏原）的吸收与转运。宝宝肠道中SlgA含量相对较低，可造成过敏物质转运的增加，这也是宝宝易发生食物过敏的原因。
宝宝肠道菌群的改变可能导致食物过敏
肠道中的有益菌如双歧杆菌和乳酸杆菌可以附着在肠道粘膜表面，形成一层保护膜，从而增强屏障保护。但宝宝肠道菌群的构成处于动态变化过程，受到喂养等因素的影响，如普通牛奶蛋白配方的喂养，使肠道中双歧杆菌和乳酸杆菌的数量相对减少；抗生素的滥用破坏宝宝正常的肠道菌群，影响肠道屏障保护功能，使宝宝容易出现过敏。这在日常生活特别容易观察到，宝宝用完抗生素不久，湿疹、腹泻的发生会增多。
因此，选择通过正确的喂养方式帮助宝宝建立以双歧杆菌/乳酸杆菌为主的肠道菌群构成是有益于增强肠道屏障保护，减少过敏发生的。应坚持纯母乳喂养至少6个月；母乳不足或无法母乳喂养时，选择有临床研究证实、效果明确的适度水解配方进行补充。