在学位的真实性和论文、专著的原创性等相继受到质疑后，中科院院士王正敏所领衔的另一研究项目——人工耳蜗也被质疑为“山寨”国外产品，并借机套取国家经费。也有舆论质疑，人工耳蜗是“汉芯”事件重演。
针对质疑，王正敏和曾经参与过人工耳蜗研发的团队成员相继接受调查并回应，称人工耳蜗研发经历了三个阶段，其中仅第一阶段参考了国外产品，而复旦大学附属眼耳鼻喉科医院和上海力声特公司分别申请的项目，均无王正敏参与。
人工耳蜗团队回应“山寨”：仅第一阶段参考国外产品
2014年1月3日中央电视台的报道称，经过一个多月的调查，王正敏领衔的人工耳蜗项目是“克隆”澳大利亚科利尔公司样机的产物，并不是真正意义上的自主研发。
1月9日，人工耳蜗研发团队的主要成员陆续接受调查。体外机的主要研发者周耀华表示：“凭什么说我们的产品是山寨的？”
已从复旦大学附属眼耳鼻喉科医院退休的技师范宝华说，人工耳蜗主要分为体内机和体外机两个部分，其中，体外机即语音处理器，当时主要由复旦大学微电子系教授周耀华等人完成；体内机即集成电路解码刺激器芯片，则主要由复旦大学附属眼耳鼻喉科医院卫生部听觉医学重点实验室的范宝华（主任为王正敏）、上海贝岭微电子有限公司芯片工程师吉为民等5人的核心团队负责。
范宝华回忆，自20世纪90年代初开始，人工耳蜗的研发经历了3个阶段，分别与不同的生产单位合作。其中，前两个阶段均以失败告终，第三个阶段才研发出可以临床应用的产品，并在2010年获得上海市科学技术进步一等奖。而在3个阶段中，只有第一阶段参考了国外的人工耳蜗。
上世纪90年代初，王正敏团队研发第一阶段的委托加工单位是上海市半导体研究所（此单位目前已被撤销），当时，由于技术落后，经过3 年的努力，产品研发失败了。吉为民说，参考澳大利亚的产品就是在这个时期：当时，澳大利亚科利尔公司向王正敏赠送了两个人工耳蜗，分别植入了武汉的一对兄妹体内。同时，科利尔公司还给王正敏提供了一个人工耳蜗，作为中澳合作人工耳蜗学习班的教学工具。