流行性感冒是秋冬季节婴幼儿的另一个威胁，一旦罹患流感，症状往往比一般感冒严重许多，包括发高烧、全身肌肉酸痛、疲倦、食欲不振、头痛等，一般感冒约一星期至十天会痊愈，但流感有3~5天的发烧期，之后咳嗽症状会持续两星期，因此除了症状严重，病程也会拖得较久。

此外，要注意的是，因为流感病毒较一般感冒病毒的毒性强许多，病毒变异性也大，所以几乎每年都有不同的变异。

2岁以下幼儿一旦感染流感，比较容易引起并发症，这是因为婴幼儿与老人以及本身有呼吸道疾病患者一样免疫力较弱，加上婴幼儿呼吸道系统成熟度不够，对病毒的抵抗能力较差，因此一旦感染后，引发肺炎、脑炎、心肌炎的机会就比较高。

流感的治疗同样以支持性的症状治疗为主，目前并无特效药，只有A型流感有药物可治疗，不过需在发病开始2~3天内用药，而且为避免药物滥用可能造成抗药性问题，需由医师依个别状况斟酌给药，原则上抵抗力差、有慢性呼吸道疾病患者较。