当然水粉画也和其他画种一样有着自身的弱点和局限，例如由于水粉颜料是粉质材料，以及纸张的吸水、吸色性能不同，使颜色在画面上“干”、 “湿”变化较大，即干后的颜色往往比未干时的颜色浅，尤其是深颜色部分，而对于亮颜色又必须在涂第二遍颜色时色彩才会最艳丽。另外水粉色彩的衔接较为困难，不宜画得遍数过多和反复涂改，否则容易产生“脏”、 “灰”、 “粉”的毛病。
水粉画也不容易长期保存，尤其画得过厚的部分，时间久了容易脱落。对于初学者来说，必须经过一段实践，才能逐渐掌握水粉颜色变化的特性，只有越过了这道门槛儿，才能运用水粉画这一画种充分展示自己的艺术构想与才华。