广谱抗生素使用后可导致肠道内正常菌群减少，难辨梭状芽孢杆菌大量繁殖，产生大量毒素A（肠毒素）、毒素B（细胞毒素）等，轻症仅有腹泻，肠黏膜的病理变化不明显，称为抗生素相关性腹泻；重症腹泻伴有全身症状，肠道（结肠和直肠）出现特征病理改变——灶性肠假膜形成，称为抗生素相关性结肠炎或抗生素相关性假膜性结肠炎。
微生态制剂能有效补充肠道内有益菌的数量，纠正肠道菌群失调，抑制致病菌的生长和繁殖，并对肠黏膜潘氏细胞产生刺激，增加免疫球蛋白A（IgA）的分泌及抗毒素的产量，从而达到重建肠道正常微生态平衡的目的。有报道口服双歧杆菌活菌制剂治疗100例抗生素相关性婴幼儿腹泻，总有效率为97%。
双糖不耐受症的腹泻
主要为乳糖不耐受，多见于小婴儿。可因母乳缺乏乳糖酶，生理性乳糖酶下降或肠道感染、营养不良等致肠道黏膜受损，造成继发性乳糖酶缺乏引起。一般认为停母乳或停普通奶粉改服无乳糖的奶粉症状可逐渐改善。
研究认为，同时服用含双歧杆菌的微生态制剂效果更佳，其机制可能为微生态制剂能促进肠黏膜上皮细胞的恢复。
功能性便秘
功能性便秘是指排便频率减少，7天内排便次数少于2～3次，排便困难，粪便干结等。便秘的发生可能与肠内分解蛋白质的细菌比发酵菌多，肠内容物发酵少，大便呈碱性或中性，因干燥而不易排出有关。
通过口服微生态活菌制剂，可补充大量的生理性细菌，迅速增加肠道中双歧杆菌的数量，调整肠道发酵菌和其他细菌的比例，促进食物的消化、吸收和利用。此外，双歧杆菌等生理性细菌定植以后，在其繁殖过程中产生大量的乳酸与乙酸等有机酸，可以刺激肠壁蠕动，中和大便的碱性成分，使大便软化，并可促进肠道运动功能恢复，有利于排便通畅。我们用培菲康治疗小儿功能性便秘，也获得了满意的效果，且该制剂口味香甜，易于被小儿接受。
肠易激综合征
本病是慢性非器质性肠功能紊乱性疾病，主要有反复发作的脐周疼痛，排便后症状缓解，腹胀、腹泻及便秘或二者交替，也常有厌食，无器质性疾病。便秘型者因结肠运动功能障碍，活动过少，肠痉挛致排便困难。
微生态制剂可合成多种消化酶、B族维生素及一些重要的氨基酸、脑苷脂等，有利于婴幼儿营养吸收及中枢神经系统发育，减少肠道内气体产生，调节肠功能，使其恢复正常状态，达到防治小儿消化功能紊乱的目的。