一、致癌问题

如某些人工甜味剂、色素等经动物试验证实有致癌作用。如奶油黄色素可诱发大鼠肝癌，甜味剂甘精和苯脲也能引起动物肿瘤。近年来还发现发色剂亚硝酸钠与肉、鱼等食品中的胺类发生反应，形成有强致癌作用的亚硝基化合物。

二、急、慢性中毒问题

由于制造添加剂时所用原料不纯而污染一些有毒化合物，引起人们的急慢性中毒。如日本的森永奶粉事件就是使用了含过高的添加剂，使奶粉中含砷过高引起１万多名婴儿中毒。作为抗氧化剂的丁基羟基茴香醚可在体内蓄积，对机体可能造成的潜在性危害值得注意。

三、转化产物问题

食品添加剂加入食品后，在体内可产生一些转化产物，如亚硝酸盐在体内可以转化为亚硝胺，对人体产生有害作用。