恕居云南九月，威行徼外，黔国以下咸惕息奉令。疏凡二十上，直声动天下。当是时，安南纳江西叛人王姓者为谋主，潜遣谍入临安，又于蒙自市铜铸兵器，将伺间袭云南。恕请增设副使二员，以饬边备，谋遂沮。
还南京数月，迁兵部尚书，参赞如故。考选官属，严拒请托，同事者咸不悦。而钱能归，屡谮恕于帝。帝亦衔恕数直言，遂命兼右副都御史巡抚南畿。旧制，应天、镇江、太平、宁国、广德官田征半租，民田全免。其后，民田率归豪右，而官田累贫民。恕乃量减官田耗，稍增之民田。常州时有羡米，乃奏以六万石补夏税，又补他府户口盐钞六百万贯，公私便焉。所部水灾，奏免秋粮六十余万石。周行振贷，全活二百余万口。江南岁输白粮，民多至破产，而光禄概以给庖人、贱工。又中官暴横，四方输上供物，监收者率要羡入。织造缯采及采花卉禽鸟者，络绎道路。恕先后论列，皆不纳。
中官王敬挟妖人千户王臣南行采药物、珍玩，所至骚然，长吏多被辱。至苏州，召诸生写妖书，诸生大哗。敬奏诸生抗命。恕亟疏言：“当此凶岁，宜遣使振济，顾乃横索玩好。昔唐太宗讽梁州献名鹰，明皇令益州织半臂褙子，进琵琶杆拨镂牙合子诸物，李大亮、苏颋不奉诏。臣虽无似，有慕斯人。”因尽列敬等罪状。敬亦诬奏恕并及常州知府孙仁，仁被逮。仁，新淦人，由进士历知府，为人方峻，敬至不为礼，以是见忤。恕抗章救，三疏劾敬。会中官尚铭亦发敬奸状，乃下敬等狱，戍其党十九人，而弃臣市，传首南京。仁亦得释归，后积官至巡抚宁夏右副都御史。
二十年复改恕南京兵部尚书。时钱能亦守备南京，语人曰：“王公，天人也，吾敬事而已。”恕坦怀待之，能卒敛戢。林俊之下狱也，恕言：“天地止一坛，祖宗止一庙，而佛至千余寺。一寺立，而移民居且数百家，费内帑且数十万，此舛也。俊言当，不宜罪。”帝得疏不怿。恕侃侃论列无少避。先后应诏陈言者二十一，建白者三十九，皆力阻权幸。天下倾心慕之，遇朝事有不可，必曰：“王公胡不言也？”则又曰：“公疏且至矣”，已，恕疏果至。时为谣曰：“两京十二部，独有一王恕。”于是贵近皆侧目，帝亦颇厌苦之。