血流中的葡萄球菌能导致心内膜及其瓣膜的感染（心内膜炎）（见第21节），特别在静脉吸毒者。感染会很快损坏心瓣膜导致心力衰竭和死亡。
骨的感染（骨髓炎）多见于儿童，老年人也能发生特别是在有深的皮肤溃疡者（褥疮）。骨感染引起寒颤、发热和骨痛，感染的骨表面发红、肿胀，液体可积聚在细菌感染部位邻近的关节中。感染的部位很疼，病人常常发热。有时X线和其他射线扫描能确定感染的部位，但一般对医生作出早期诊断没有帮助。
肠道的葡萄球菌感染常引起发热、腹部膨胀和胀气（一种由肠道运动暂时停止引起的症状）和腹泻。感染常见于住院病人，特别是做过外科手术或接受抗生素治疗的患者。
外科手术增加了葡萄球菌感染的危险，感染可引起针孔处脓肿或引起广泛的切口处破坏。此种感染通常发生在术后数日至数周，但如患者在手术时应用抗生素亦可发生更晚。术后葡萄球菌感染可恶化发展为中毒性休克综合征。
葡萄球菌感染检查：
有关标本（血、脓液、痰、脑脊液、粪便、分泌物等）的涂片或培养找到病原菌。
对于凝固酶阴性葡萄球菌的尿路感染，因为细菌生长缓慢，菌落计数≥1O2集落形成单位/ml，即可认为明显菌尿，应结合临床作出感染、带菌或污染的判断。
葡萄球菌感染诊断：
金葡萄感染应与猩红热鉴别：猩红热的发病与以往比较，病人数减少了，典型病例减少了，但不典型的病例增多了。其原因是链球菌本身的毒力并不很强，而且对青霉素至今仍然敏感，尚无耐药性，所以用青霉素治疗效果明显。有些孩子得了链球菌感染，竟然家长、甚至医生也没有诊断清楚，而用了抗生素治疗。虽然用的不一定是青霉素，其他抗生素对链球菌也有效果。这就是没有出现猩红热典型表现的病例。
葡萄球菌肺炎应与干酪性肺炎，革兰阴性杆菌肺炎、肺脓肿、肺癌鉴别。进一步检查：X线胸片。痰培养+药敏试验。
葡萄球菌感染预防：
无菌措施（如检查病人前后彻底洗手和消毒合用的器械）至关重要。已被感染的病人应与其他易感病人隔离，患有活动性葡萄球菌感染，即使是局部性的感染（如疖）的医护人员，在其感染治愈前不得接触病人或器械。无症状的鼻腔带菌者，除非所带菌株十分危险或被怀疑为暴发流行的传染源，一般不必隔离。