学名Grus japonensis（中文意译“日本鹤”），是德国动物学家斯塔提乌斯·穆勒（Philipp Ludwig Statius Müller）于1776年命名的。穆勒曾在埃尔兰根（Erlangen）教授自然科学。1773年至1776年，他翻译出版了林奈的名著《自然系统》，并公布了一些新命名的物种。这次被命名的生物就包括丹顶鹤。穆勒命名丹顶鹤的1776年，在美国为建国元年。这一年在中国则为清高宗乾隆四十一年，在日本则为后桃园天皇安永五年，都值闭关之时。当日，西方人只能从广州认识中国，从长崎认识日本。丹顶鹤自中国东北地区向南迁徙不经过华南地区，却以日本的九州、本州作为过冬之地。因此，西方人只能以日本为窗口，见识到这种动物。将其命名为“日本鹤”。

19世纪末期至20世纪初，日本本州岛的丹顶鹤灭绝了。有些动物学家认为，这个品种在日本就此灭绝，因此将它的英文俗名由Japanese Crane，改为Manchurian Crane（满洲鹤），只是这种用法并未被广泛接受。Japanese Crane和Manchurian Crane两个名字一直共同存在，造成了一些混乱，因此，前国际鹤类基金会主席乔治·阿奇博（Archbold）提出建议，将丹顶鹤的英文俗名改作 Red-crowned Crane（丹顶鹤）。尽管如此，英文世界“日本鹤”的提法依然是主流。

在google搜索引擎中，另两种称呼的搜索结果仅为其十分之一。（补注：郑作新教授在1980年的国际鹤类学术讨论会上，针对丹顶鹤名称叫法不统一的情况，提出过为丹顶鹤正名的意见，并在会议上得到通过。此后国际学术会议和著作文献中就沿用此名称。）