在治疗婴幼儿腹泻方面，温振英经多年临床实践发现，因为“小儿脾常不足”，常用苦寒燥湿药更伤脾胃，以健脾益气药配合少许清热利湿、行气和胃中药则疗效显著，说明中医扶正固本的重要性。她研制的健脾益气糖浆在预防小儿营养性贫血方面也取得了良好的疗效。
在防治非典与艾滋病方面，温振英同样主张中医扶正祛邪法的应用。认为中医学强调养生扶正防病，“正气存内，邪不可干”，“邪之所凑，其气必虚”。在人体遭受外邪侵袭，产生正邪斗争的疾病状态时，祛邪是治病的一方面，更重要的是调整机体在疾病时期的阴阳失调、脏腑的紊乱，解决内在矛盾。
温振英主持并参加的儿科临床和基础理论的中医课题获部、市、局级科学进步奖10余项。早在20世纪60年代初她在北京中医医院开办了具有中医特色的儿科病房，收治传染病、危重疑难杂症等患儿，以中药治疗为主，开创了中国中医儿科病房的先河。