进藤光是一个小学6年级学生。有一天，小光跑到爷爷家里寻宝，想赚些零用钱，没想到偶然翻出了一个旧棋盘。就在他接触棋盘的一瞬间，附身于棋盘中的平安时代天才棋士——藤原佐为的灵魂进入了小光的体内。佐为将围棋视为生命，在他的熏陶下，小光也逐渐对围棋产生了兴趣。
小光在围棋班上听说围棋爱好者经常出入围棋会所，便带着佐为前去下棋。在这里，他结识了棋坛名人之子——天才少年塔矢亮。小光为了测试佐为的实力，贸然与塔矢亮对弈，结果小胜对手。他不知道塔矢亮的身份，误以为佐为棋力平常，对此深为不满。然而塔矢亮却大受打击，失意至极。数日后，塔矢亮再次向小光挑战，虽然他对小光藐视围棋的态度十分气愤，但是无奈再次惨败在佐为手下。塔矢亮连番受挫，内心更加苦闷。
小光应朋友之邀，前往叶濑中学参加校庆活动。在会场上，他破解了围棋部的棋谱问答，由此结识了将棋部的加贺。加贺发现小光棋艺高超，便拉拢他一起去参加初中校际围棋赛。在团体赛的决赛中，小光借助佐为的力量连克强敌，结果叶濑中学力挫名校海王中学，夺得了冠军。可惜有人揭发小光还是个小学生，因此被大赛取消了名次。
不久之后，小光升入了初中，并加入了学校的围棋部。虽然围棋部只有会长筒井和小光两个成员，但是小光决心依靠自己的力量参加下届围棋大赛，四处奔走积极为围棋部招揽会员。与此同时，塔矢亮也考入了海王中学，为了和小光对局，他专程前往叶濑中学挑战。但是，小光深知自己远远不是塔矢亮的对手，断然拒绝了挑战。塔矢亮得知，小光即将参加校际围棋比赛，为了与小光一决高下，他不惜加入海王中学围棋部。但是，塔矢亮的棋艺高超，不亚于职业棋手，他的到来令学校围棋部人心惶惶。
小光发现，同年级的三谷棋艺出众，便主动邀请三谷加入围棋部。可惜三谷经常在围棋会所与大人赌博，并且作弊骗钱，小光本想前去阻止三谷胡作非为，不料三谷被对手以相同的作弊手法击败，骗去了一万日元。小光借助佐为的力量，成功的帮助三谷夺回了被骗走的赌金。在小光的不懈努力下，三谷终于被他精诚所至的热情所打动，同意参加校际围棋团体赛。塔矢亮在海王中学围棋部饱受老会员刁难，但是他依然坚持要与小光一决高下。他从老师口中听说，小光将在团体赛中担任叶濑中学的末将，便不惜以退出围棋部为条件，换得出任海王中学末将的机会。
在围棋大赛上，三谷出任主帅，率领叶濑中学过关斩将，与海王中学再次对阵。小光与塔矢亮第三次交锋，他本想凭借自己的实力进行比赛，但无意间得知塔矢亮为了与佐为对局不惜代价，不由得心生犹豫，仍然将比赛托付给了佐为。比赛开始不久，小光突然灵机一动，想出了一着妙棋，他决定亲自与塔矢亮对弈，以了解自己与对手的差距。但是，由于水平差距悬殊，结果以惨败告终。筒井与三谷也不敌对手，叶濑中学在第二回合便被淘汰出局。塔矢亮对小光的实力大为失望，决意参加职业棋士考试。
暑假来临，为了帮助佐为寻找下棋的对手，刚刚学会网络围棋的小光在网上化名为sai四处挑战。他击败了众多海外围棋高手，使得sai的名声一时间不胫而走。不久之后，国际业余围棋赛在日本举行，参赛选手纷纷询问网上神秘高手sai的真正身份，令赛场一片哗然。塔矢亮到场参观比赛，并得知了sai 的存在。他向sai发起了挑战，却惊奇的发现sai的手法与小光如出一辙。为了不影响比赛进行，塔矢亮果断的中途投降，要求改日再战。
职业棋士考试第一天，塔矢亮不惜放弃当天的比赛，如约与sai展开对局。他虽然全力以赴步步为营，却无奈佐为的棋艺出神入化，结果再次告负。塔矢亮怀疑sai的真实身份便是小光，又听说曾有人在网吧见过小光，急忙赶去确认。正巧小光在浏览网页，他矢口否认自己曾在网上下棋，暗示塔矢亮不要追逐佐为的幻象，并正式向其发出挑战，但塔矢亮不屑而去。
小光在学校围棋部棋力日渐增强。一天，他偶遇海王中学围棋部会长岸本，岸本告诉小光，塔矢亮已经通过职业棋士考试，如果不奋起直追，永远也无法超越对手。岸本的一席话惊醒了小光，为了提高棋艺，他决定参加日本棋院院生考试。然而，小光忘记了一旦成为院生便无法参加业余比赛一事，激起了三谷的不满。最后，在将棋部会长加贺的建议下，小光以一敌三，同时与加贺、筒井、三谷对局，结果2胜1负，充分展示了自身的实力。他告别了围棋部，迈向新的起点。