国外已有将临床分离出的真菌进行体外培养，并应用PCR技术进行分型诊断，认为PCR技术对于角膜真菌的快速诊断有良好的应用前景，但需要解决假阳性结果的问题。
4.应用几丁质鉴别真菌
Lamps（1995）指出几丁质是在真菌和节肢动物中含有的多糖结构，而在哺乳动物中缺乏。真菌细胞壁的几丁质成分随着菌种的不同而不同，因此具有很高的特异性，不同荧光标记的凝集素可以与不同几丁质特异性结合，发出特异荧光，以快速诊断并鉴别菌种。国外目前认为此技术为快速特异的真菌诊断手段，国内尚未见报道。
5.角膜活检
当刮片和培养均为阴性结果，临床仍然怀疑真菌感染时除应反复多次进行检查外，还应做角膜活检。用尖刀片切取病灶组织，或用穿透性角膜移植术钻取的病灶组织，石蜡包埋固定后作病理切片，然后染色镜检。光镜检查的染色法有：PAS染色，HE（苏木精-伊红）染色及抗酸染色等；荧光显微镜检查有吖啶橙 （acridine orange）染色及CFW染色。组织学上所见
（1）“菌丝苔被”是由大量中性粒细胞浸润、角膜基质层的凝固性坏死及胶原纤维肿胀所构成，很少见到完整的真菌。
（2）菌丝苔被病灶周围有大量菌丝，菌丝沿角膜板层平行蔓延，也可垂直穿通角膜小板向前向后生长，并穿过后弹力膜到达前房或后房引起炎症反应。
（3）“羽毛状边缘”是圆形细胞及浆细胞浸润，并非是真菌的菌丝。
6.共焦显微镜（confocal microscope）
共焦显微镜是20世纪90年代中期新兴的一种活体非创伤性的角膜疾病检查方法，可以从细胞水平观察角膜的不同层次结构。已应用于HSK和棘阿米巴角膜炎的诊断。Winchester（1997）应用共焦显微镜观察曲霉菌性角膜炎，角膜中可见高清晰度的菌丝直径6??m，长60～40??m。在时间、敏感性、安全性方面，共焦显微镜都明显优于以往任何一种诊断方法。
真菌性角膜炎鉴别：
重症的FK，特别是镰刀菌性角膜炎，由于发病急骤，常合并有前房积脓及角膜穿孔，经常被误诊为铜绿假单胞菌性角膜溃疡，主要鉴别是前者具有典型的菌丝苔被病灶，后者溃疡呈淡绿色，表面湿润而有光泽（由黏性坏死组织及分泌物构成），边缘光滑，与正常角膜之间有浸润水肿区。此外，本病与单纯疱疹病毒引起的坏死性角膜炎（necrotic keratitis）和棘阿米巴性角膜炎晚期盘状基质脓肿的临床表现非常酷似，可以通过病史及实验室诊断加以鉴别。
通常还需要和细菌性角膜炎、病毒性角膜炎鉴别。
真菌性角膜炎并发症：
在溃疡向深部发展时，坏死组织脱落，角膜穿孔，或出现“露水”现象，，典型病程的真菌性角膜炎已少见，而常见到的真菌性角膜炎的浸润、溃疡发展已较快，有的1周内可感染到全角膜。 一般进行手术后会出现并发症，如 细菌性角膜溃疡、前房出血、感染复发等。眼内炎、青光眼以至眼球萎缩。
真菌性角膜炎预防：
眼角膜外伤及药物的滥用是真菌性角膜炎发病的主要相关因素；避免眼角膜外伤，禁止滥用抗生素及皮质类固醇等激素类药物，对于长期局部需要应用激素的患者应做好监测，注意用眼卫生，保护用眼，不要在强光下阅读，暗室停留时间不能过长，光线必须充足柔和，不要过度用眼。是预防本病的关键。。
真菌性角膜炎治疗：
一、治疗
1.药物治疗
（1）两性霉素B（Amphotericin B）：是从链丝菌培养液中分离得到的多烯类抗真菌药物。多烯类是目前抗真菌（丝状菌、酵母菌）活性最高的药物。多烯类药物与真菌细胞膜中的麦角固醇结合，使细胞膜通透性和电解质平衡改变，导致真菌停止生长。由于哺乳动物细胞（如红细胞、肾小管上皮细胞等）的细胞膜含固醇，故全身应用时可导致溶血和肾脏等器官的毒性反应。
两性霉素B在临床上应用已久，静脉注射后血中的两性霉素约90%以上与血浆蛋白结合，因此不能透过血-房水屏障，且全身应用毒副作用大。眼用制剂在角膜内穿透性差，对深部角膜感染合并前房积脓者效果不佳。Kaushik首次报道两性霉素B 7.5～10??g前房内注射治疗严重黄曲霉菌性角膜炎合并前房积脓，1～3次注射后感染治愈，且未见角膜及晶状体毒性反应。
两性霉素B滴眼在感染严重时，每小时1次，晚上用两性霉素B眼膏。临床常用0.1%溶液滴眼，每1～2小时1次，2%眼膏夜间应用也能取得较好效果。
（2）新型三唑类（Triazoles）药物：三唑类药物通过与细胞内的细胞色素P 450结合，抑制真菌细胞膜上麦角固醇的生物合成，从而损害真菌细胞膜的结构和功能，同时使细胞内过氧化物大量堆积，造成真菌死亡。
氟康唑是一种临床上广泛应用的广谱、高效、安全的三唑类药物，动物和临床实验证实口服氟康唑对眼部念珠菌、隐球菌、曲霉菌及球孢子菌感染有效。常用的有氟康唑液100ml，静脉滴注2次/d，滴眼剂（或眼膏）为1%浓度，重症感染为每15分钟1次，结膜下注射0.5ml。氟康唑眼部应用刺激小，连续滴眼 2个月，未见明显毒副作用。
伊曲康唑（斯匹仁诺，Itraconazole）为粉蓝色胶囊，内含100mg伊曲康唑。真菌性角膜炎的应用为200mg，1次/d，总疗程不超过3周。最常见副作用有肝功能损害及胃肠道反应。