在不到一年里，多尔衮为清朝立下了两件大功：一是拥戴福临，巩固了新的统治秩序；二是山海关之战中运筹帷幄，击败了农民军，占领了北京城，开启了清皇朝入主中原的历史一页。特别是他占领北京之后，严禁抢掠，停止剃发，为明崇祯帝朱由检发丧，博得了汉族士绅的好感，然后迎请顺治小皇帝赴京登基，很快稳定了占领区内的形势。这些功绩，在顺治元年开国大典上均得到表彰，不仅给他树碑立传，还赐他大量金银牲畜和衣物，并封他为叔父摄政王，确立了他不同于其他任何王公贵族的显赫地位。
李自成退入山陕之后，原明朝降官降将纷纷反水，但他在顺治元年（1644）六月仍积极准备反攻，坐镇平阳（今山西临汾），分兵三路北伐。另一支农民军在张献忠率领下已建大西国于成都，统一了全川，而多尔衮对此尚不了解。其他小规模的农民军则更是活动频繁，使近畿地区常常飞章告急。除此之外，残明势力已于五月中拥戴福王朱由崧为帝，定都于南京，改年号为弘光。虽然其政权君昏臣暗，但毕竟尚拥有中国南部的半壁富庶江山，兵多粮足，构成清朝统一中国的障碍。
在这种情况下，多尔衮的战略是：对农民军的主要力量坚决消灭，其中对地方小股起义、“土贼”则剿抚并用；而对南明政权则是“先礼后兵”。在此方针领导下，多尔衮先后派叶臣、石廷柱、巴哈纳、马国柱、吴惟华等进攻山西，十月攻陷太原，进而包围陕西。同时，多尔衮派出大量降清的明官对南明君臣招抚，并写信给南明阁臣史可法，提出“削号归藩，永绥福禄”。在南明派出左懋第使团来北京谈判过程中，他将其软禁起来，并不给予明确的答复。此时，清军已于九月占领山东，十月进据苏北，与史可法的军队沿河相峙。在这种形势下，多尔衮认为全面进攻农民军和南明政权的时机已经成熟，便于十月先后命阿济格和多铎率军出征，向农民军和南明福王政权发起了战略总攻。
就当时双方力量对比而言，多尔衮过高地估计了自己的实力。由于他双管齐下，本来不多的兵力却分兵作战，兵分则势弱，容易被分别吃掉；况且此举很容易引起汉民族的同仇敌忾，使他们暂释前嫌，有可能携手作战。就在这年十月，大顺农民军二万余人进攻河南怀庆，获得大胜。败报传来，给多尔衮猛然敲了警钟。他立即令多铎暂停南下，由山东入河南，与北面的阿济格军对陕西形成前后夹击之势。历史的偶然性再一次救了多尔衮，使他得以在战略上改变两个拳头打人的方针，而集中优势兵力，各个击破。很快，多铎于十二月底破潼关，李自成放弃西安转移。多尔衮下令由阿济格追击农民军余部，而多铎则继续南下。至顺治二年（1645）二月，农民军连战失利，五月，李自成牺牲于湖北通山之九宫山。这时多铎军已克扬州，史可法殉难。接着，清军渡长江，南京不战而克，朱由崧被俘，弘光政权灭亡。
这一连串的胜利不禁使多尔衮喜出望外，他以为天下就此平定，江山已归一统。五月底，他已对大学士们表示要重行剃发之制，六月初，正式向全国发布剃发令。这好像是一根导火索，一下点燃了各地的抗清烽火。本来清军南下就打破了南明官绅“联清抗闯”的迷梦，鲁王政权、唐王政权已纷纷建立起来，这一下则更激化了民族矛盾，使各阶级各阶层的汉族人民纷纷起来抗争，其愤怒的情绪，如火山爆发，正如一首诗写道：“满洲衣帽满洲头，满面威风满面羞。满眼干戈满眼泪，满腔忠愤满腔愁。”鲁王朱以海政权曾在十月给清军以重创，被时人评论为“真三十年来未有之事”。唐王朱聿键政权也颇想有所作为，在仙霞岭一线设防备战，但终因这两个政权的腐朽，内讧不断，而被清军各个击破。
抗清力量的主体是李自成、张献忠农民军的余部和自发起义的广大人民。大顺农民军余部李过、高一功、郝摇旗等与南明何腾蛟、堵胤锡部联合抗清，在湖南等地连获大捷。张献忠牺牲后，大西农民军在李定国等人率领下，与永历政权联合，也接连掀起抗清**。其他如山东揄园军、山西吕梁山义军等亦在北方暴动，搞得多尔衮防不胜防。根据《清世祖实录》的不完全统计，从顺治二年七月起到五年七月止的三年中，关于反清斗争及清兵攻击农民军的记录就达一百二十条左右，而官书未载的小规模斗争更是不计其数。此外，还有明降将金声桓、李成栋、姜瓖等人各怀着不同的目的在江西、广东和山西宣告反清，也使多尔衮一时手忙脚乱。虽然各地起义由于各种各样的原因先后为清军镇压下去，但直到多尔衮离开人世，他也没能看到一个他所希望的“太平”天下。尽管多尔衮在战争中充分显示了他的军事才能，但由于他制定的某些政策失当，而引起连年战乱，并招致政治、经济等一系列社会恶果。
在进行统一战争的同时，多尔衮也开动了整个国家机器，力图使其正常运转。在政治体制上，他无法完全采用在关外时期的一套来治理如今这样庞大的国家，而是接受了明皇朝的现成制度，并且任用所有明朝的叛将降臣，因而十分得心应手。在中央机构中，仍以六部为最重要的国家权力机关，尚书皆由满人担任，但王贝勒亲理部事的制度却在入关前夕废除掉了。到顺治五年，多尔衮于六部实行满汉分任制度，命陈名夏、谢启光等六汉人侍郎任汉尚书，但其地位要低于满尚书，金之俊对此曾表示不胜感慨，更不胜恐惧。多尔衮力图表现得比较开明，因此除原有的都察院之外，六科十三道也保留了下来，并一再鼓励官员犯颜直谏。总的来说，中央机构中虽承明制，但也保留了某些满族特有的制度。除满官权重这一点外，还引进了议政王大臣会议、理藩院等机构，其内院的权力比起明代的内阁要小得多，并对原明臣试图增大内院权力的努力加以压抑。地方机构不同一些，由于新朝急需用人，所以普遍任用了降清的汉官。如多铎克南京后，把南下途中招降的明将吏三百七十二人分别任命各级职务。洪承畴总督江南军务后，也一次推荐旧官一百四十九名，这些都得到多尔衮的批准。多尔衮把明朝遗留下来的国家机器全盘继承下来，乃是为适应清朝以少数民族入主中原而施行的明智之举，但急于补缺，宽于任人，难免把明皇朝的弊习带到新皇朝来。
对于吏治，可以说多尔衮是加意整饬的。明代胥吏之弊遗留入清，他曾批示：“衙役害民，从来积弊。……如果有巨奸，即加重治，严禁重蹈明朝故辙。”如，发现吏部中有四名小吏，为害甚多，他批示道：“三法司严审追拟，毋得徇纵。”府、州、县守一级，贪劣者亦不乏其人。如牛金星之子牛铨，降清后任黄州知府，他在任上贪污受贿，被人举劾。多尔衮批道：“牛铨著革了职，并本内有名人员，该督抚按提问具奏，该部知道。”最贪酷的大员当属福建巡按周世科，其为非作歹，令人发指。被人参劾之后，多尔衮批示革职，并令督抚按审问定罪，最后将其就地斩首。此外，他还十分重视传统的京察大计，对各级官员严格考核。顺治七年正月，大计全国官员，对谢允复等八百一十六名官员分别加以革职、降调、致仕。
除整顿旧官之外，多尔衮还注意选用新人。他自称：“别的聪明我不能，这知人一事，我也颇用功夫。”所以自入北京伊始，便多次下诏各地征聘“山泽遗贤”。此外，在顺治元年十月的登极诏书中，还规定了重开科举的制度，并于顺治三年、四年、六年举行了三次会试，共取进士一千一百人。首科之中，出了四位大学士、八位尚书、十五位侍郎、三位督抚，还有都察院副都御史、通政司使、大理寺卿、内院学士等六位高官，如傅以渐、魏裔介、魏象枢、李霨、冯溥等均出自是科。其他人也都充实到中央和地方的各级机构中，成为新朝统治的骨干力量。
由于明末清初动乱不安，社会经济十分凋敝，而要想使社会安定，非恢复和发展经济不可。清军入关甫一月，汉官宋权便提出：“尽裁加派弊政以苏民生”。多尔衮便批示道：“征输须循旧额，加派弊政速宜停止。”十天后便发布“大清国摄政王令旨”，向全国人民宣布取消明末加派。但从主观上说，清政府按万历年间则例征派赋税，免除了天启、崇祯时期的加派，而万历末年加派之辽饷通共五百二十万两照征如故；从客观上说，由于连年战争，经济支出庞大，所以一些“杂费”的征派逐年增加。百姓一听说开征便想方设法逃避。赋税征收不上来，无法支付军费，战争却始终不得结束，形成恶性循环。对这个问题，多尔衮费尽了心机，他在会试中两次以此为题，征求贡士们的意见，又两次召开中央各部门的联席会，讨论能否在不加派的前提下增加收入，减少不必要的支出。尽管其效果甚微，但用心还是好的。
在多尔衮摄政期间，他还努力整顿赋役制度，实行招民垦荒的政策，但都不很成功。他在漕政和盐政上下了大功夫，试图增加国家财政收入，对总收入略有小补。总的来说，多尔衮的政策是最大限度地收取可能收取的财富，而又不致激起人民的进一步反抗，才勉强维持政府机器的运转。所以，清初统治者一直吃力地挣扎在财政泥沼之中，难以自拔。
然而，在导致清初经济迟迟不得恢复的因素中，还有圈地、投充、逃人三大恶政。
随着清皇朝定都北京，大量八旗官兵及其族属也进入关内，其生计便成了问题。多尔衮于顺治元年十二月下令清查无主荒地，建立八旗庄田。但实际上并非如此，而是见好田就圈，不管是有主还是无主。若是有主之田，表面上换拨给其他土地，但大多是不毛之地，无法耕种，甚至根本找不到所拨之地。到顺治二年九月，由于关外兵民继续涌入，多尔衮下令继续扩大圈地，河北、山东、山西等地均深受其害，人民或流亡、或反抗，官员们也纷纷谏阻。与此同时，一些汉人被迫带地投入满洲贵族旗下，不致背井离乡，还有一些地痞无赖随意指称别人之地是为自己所有，携带投充，迫使土地原主也成为旗下之奴。顺治二年三月，多尔衮准许贫民投充，这无疑为满人通过各种方式增加自己的奴仆数量提供了借口。圈地和投充的直接后果就是“逃人”问题的严重。土地被圈或被逼投充后成为旗下奴仆的汉族百姓，无法忍受残酷的压迫而纷纷逃亡。多尔衮在顺治三年五月时发现，“只此数月之间，逃人已几数万”。因此多次下令加重对逃人及有关人员的惩罚，即使因父子、夫妇、兄弟团聚而逃的也都得不到宽恕。但效果却适得其反，顺治六年时旗下奴婢“今俱逃尽，满洲官兵纷纷控奏”。由于清统治者把这些看成是维护国体和事关八旗特权，所以凡官员为这些事上疏参劾的，一律予以严惩，致使这些恶政扰害社会达数十年之久。
在民族关系和对外政策方面，多尔衮可以说是成功的。他首先继承了乃父乃兄的政策，对漠南蒙古友好相待。科尔沁、阿霸垓、扎鲁特、鄂尔多斯、郭尔罗斯、土默特、苏尼特、翁牛特、喀喇沁、敖汉、奈汉诸部曾入关协助清军作战，多尔衮对他们优劳有加，封赏甚丰，后来双方的封贡往还长期不断。此外，双方首脑人物也时有来往，如科尔沁部卓礼克图亲王吴克善、郡王满朱习礼等贵戚前来，多尔衮等亲自迎送宴请。多尔衮因事出塞，也常与各部落王公贵族相会，从而不断加深双方的感情。顺治二年四月，皇太极第八女下嫁科尔沁部巴雅思护朗。同年十月和四年十二月，皇太极之二女及十一女先后下嫁阿布鼐和噶尔玛索讷木。四年八月，多尔衮自己也纳阿霸垓部落笃思噶尔济农之女为妃。这些都是传统的联姻政策的体现。多尔衮正是通过这种手段，维持了北方的稳定。正如后来魏源所感叹的：“世祖当草创初，冲龄践阼，中外帖然，系蒙古外戚扈戴之力。”
多尔衮对漠北蒙古人似乎不太热情，该部蒙古对清廷也不怎么买帐，喀尔喀部札萨克图汗曾将满人称为“红缨蒙古”，与清廷尔我相称。顺治三年初，苏尼特部落的腾机思等人叛清投奔漠北之喀尔喀车臣汗，因此多尔衮命多铎率军平叛，并直接与土谢图汗和车臣汗发生了冲突。事件平息之后，双方经过书信往还和使者谈判，土谢图、车臣、札萨克图三汗先后遣使谢罪，表示和解。但此三部真正向心于清政府，还是在四十年后他们在噶尔丹的威胁下迁入内蒙的时候。另外多尔衮与漠西蒙古也开始往来。清兵入关后，准噶尔下属的许多部落纷纷前来朝贡，巴图尔珲台吉也与清廷建立了联系，厄鲁特下属一些部落还曾帮助多尔衮镇压甘肃等地的人民起义。尽管这样，多尔衮对漠北、漠西蒙古人尚怀有戒心。
西藏和回疆也早与清廷建立了联系。统治西藏的和硕特顾实汗和达赖五世、班禅四世在顺治二、三年间上表入贡，多尔衮也遣使携礼物去慰问。顺治五年，多尔衮又派人敦请达赖喇嘛进京，加强双方的关系。对已经不占统治地位的西藏帕木竹巴家族的后代首领，多尔衮也没有轻视，亦赐号锡诰。另外，吐鲁番首领遣使入贡，多尔衮也表示欢迎，并同意对他们重新封爵。这样，在多尔衮摄政时期，清廷已与西藏和回疆的地方政权及宗教政权建立或是恢复了联系，为康熙、雍正、乾隆时期进一步确立在这些地区的统治奠定了基础。
清初与朝鲜的往来比较频繁。多尔衮入关之时，带着入质世子在军中，顺治二年又同意质世子等回国。但是，他也曾多次令朝鲜贡米、水果等物，并令朝鲜为他选美女，搞得朝鲜王国人心惶惶。日本一直对清抱敌视态度，当时的德川幕府似乎有意支持南明。但在顺治元年发生的漂倭事件中，多尔衮却对那些日本人十分优待，又多次召见他们，“恳切地问话”，并在第二年送他们回国，向日本表示了友善的态度。西方传教士自明末以来就进入中国，但多尔衮并未以狭隘的民族偏见对待他们，这从他优待和信任汤若望的行动中可以明显看出。但对葡萄牙人入广东贸易的要求仍加以拒绝，这表现出多尔衮对少数为自己服务的外国人十分优宠，政策开明，而对有可能威胁清朝安全的较大规模双边交往则持保守态度。后来，其侄孙玄烨也采取类似的态度，不能不说受到多尔衮的一定影响。