因为崔永元，转基因也成为两会热点之一。小崔在接受《新文化》报采访时说，今年的提案主要是关于防止滥种转基因作物，对其进行加强监管的提案。
崔永元同时还“挑战”农业部，他希望在他的调查结果出来前，农业部会先有个结论，“这样才显得他们负，责任。”
有关转基因的争论一直没有消停过。此前，在崔永元远赴美国调查转基因时，有一份杂志也前往美国调查普通美国人对转基因的态度，以及美国人平时到底吃不吃转基因食品，得出了与“反转战士”崔永元完全相反的结论。美国人能接受的“转基因文化”，中国人能不能接受？一篇报道能改变“反转”人士的立场吗？在学者专家以及公众人物多轮争论之后，国人依然无法抹去对转基因食品的疑虑，指望一篇报道来扭转我们对转基因的态度，显然有些天真。
崔永元说，转基因作物在中国以外的一些国家都存在很大争议。以美国为例，如果发现境内存在大规模种植转基因作物，不仅要把作物摧毁，而且种植的人可能会被逮捕问责。很多转基因作物已经进入我们的食物链了。我们在媒体报道上可以看到，国内内销的很多食品抽检都不合格，相反出口的很多商品合格率都达到99%。对出口商品的食品监管标准，为什么不能用于国内?
从媒体报道来看，美国也有“反转”人士坚持不懈的抗议，但是美国人能接受转基因食品，那是因为它的安全性得到了FDA等美国食品安全权威机构的检测，而大多数美国人对这些机构有着充分的信任。简单说，公众对于转基因以及FDA（美国食品药品监督管理局）的认可，主要来自于信息的公开和透明度。
反观中国，食品安全领域屡屡发生监管部门只收钱不监管的丑闻，在食品安全方面，很多人宁愿相信道听途说的谣言，相信自己的主观想象，也不相信监管部门的结论。对于普通公众来说，转基因又如此“高端”，大多数人都不可能完全清楚转基因到底是怎么回事。转基因食品到底有害无害，在不信任食品监管部门时，他们宁可相信“有害论”。何况，对新事物未知风险的担忧，也是人的天性。再加上美国科研机构在中国孩子身上实施的“黄金大米”试验，更加剧了国人对转基因食品的恐慌与抗拒。