随着厌氧菌培养技术的进步，已证实许多外科感染性病患与厌氧菌有关，厌氧菌大致分成两大类，即革兰氏阴性厌养菌和革兰氏阳性厌氧菌。革兰氏阴性厌氧杆菌包括脆弱类杆菌、狄氏类杆菌，多形类杆菌，棱形杆菌等。革兰阳性厌氧菌包括破伤风杆菌，棱状芽胞杆菌、消化球菌等。腹部、泌尿生殖系统、齿龈，颅内感染以及败血症，常与厌氧感染有关。如最常见的急性化脓性阑尾炎，厌氧菌感染占有相当大的比例；又如齿槽脓肿，也以厌氧菌感染为主。
顾名思义，厌氧菌能在缺氧的条件下繁殖。厌氧菌感染的特点是：
1、多发生在粘膜或其邻近部位，如腹腔、盆腔，胸腔等。
2、多为慢性和来自身体内部（如消化道，中耳等处）的感染。但破伤风多由外界的破伤风杆菌引起。一旦人体抵抗力降低或条件适合时，这些感染可导致急性发作。
3、常与需氧菌等形成混合感染。
4、人体对厌氧菌无免疫性。
厌氧菌感染时局部形成的脓液或浸出液有腐败臭味，可出现组织坏死、坏疽、气体形成，假膜形成，化脓性血栓性静脉炎或多发性脓肿等改变。如果治疗不及时或者延误治疗，可以增加死亡率。
为及时诊断，常需作厌氧菌培养，这种技术并不复杂，但条件差的医院还不能开展此项工作，因此对正确使用敏感抗生素会带来一定的盲目性。医生只能根据临床经验及小儿病情选用抗生素。
小儿外科在厌氧菌感染时常用的抗生素有：青霉素、甲硝唑，克林霉素，头孢哌霉素、头孢美唑，安美汀等。其中甲硝唑毒性低，副作用少，到达感染灶能力强，耐药菌株少，价格便宜，所以目前是治疗厌氧菌感染的首选药物。以外，万古霉素，杆菌肽主要用于"难辨棱状芽胞杆菌"引起的伪膜性肠炎。
除抗生素疗法外，增强身体抵抗力，矫正贫血和电解质紊乱及低蛋白血症，尽快消除病灶，预防伤口及手术区感染等措施，对治疗厌氧感染也非常重要。