造成男女宝宝生理性差异的原因很多，主要是先天差异形成的，后天因素更多地在宝宝的行为上产生影响。决定男女宝宝生理性差异的原因有以下两点：
一、成熟水平差异
据研究发现，男女宝宝出现生理性差异也和双方成熟水平有关，女宝宝一般比男宝宝早熟。有资料表明，女婴在胎内平均需要265天即可成熟，而男胎则需要275天。而到出生时，女婴的成熟程度往往相当于出生3-6周男婴的成熟水平。
二、脑生理差异
由于构成男女生命基础的染色体构成不同，男性大脑和女性大脑结构有一定的差异。男性大脑以右半球为主导，女性大脑以左半球为主导，而且女性脑成熟和随后脑机能的偏侧化也出现较早。所以，男性富于空间思维，善于使用优势空间技能，而女性却擅长言语词汇，善于使用优势言词技能。
男宝宝和女宝宝在生长发育方面的特点不同，速度也有区别，所以如果家里有两个异性宝宝，那么在教养方面也是要“男女有别”，这样为男女宝宝量身定做的育儿计划才能够顺利地进行，宝宝才能够顺利地成长。