如果婴儿有PKU家族史，尿的检查在新生儿期后即可进行。应在1岁内定期检查，一般每周一次。4~6周龄后，异常高水平的苯丙氨酸的代谢产物可能在尿中出现，包括苯丙酮酸，苯乳酸，苯乙酸以及正羟苯乙酸。
筛查结果必须通过更精确的试验加以证实，例如荧光法或离子交换柱色谱法。
治疗
治疗的目的是通过限制患儿苯丙酮酸的摄入，使必需氨基酸的摄入既能满足需求而又不过量，这样就可以使患儿既能正常生长发育，同时又防止了苯丙氨酸及其代谢产物在体内积蓄。由于所有天然的蛋白质都含有4%左右的苯丙氨酸，所以既要满足蛋白质的需要而又不超过苯丙氨酸的需要量是不可能的。因而应该以酪蛋白水解产物（已处理去除苯丙氨酸）或氨基酸的混和产物组成食谱中主要的蛋白部分。Lofenalac已在美国广泛使用，它是不含有苯丙氨酸的完全食物，可用以代替牛奶。低蛋白的天然食物，如水果，蔬菜，某些谷类等是可以进食的。通过测定自然蛋白质中的苯丙氨酸含量和Lofenalac中残余的苯丙氨酸含量（75mg/100g干粉）来确定达到苯丙氨酸需要量的补充量。苯丙氨酸需要量随体重，年龄而变化，从出生第一个月的每天40~70mg/kg，降到第一年末的20~40mg/kg。不含苯丙氨酸的饮食是有效的，它们既可以有效地控制血苯丙氨酸的水平又允许在选择天然食品时有更大的余地。XP类似物，PhenexⅠ，PhenexⅡ，Pheny-Free是其他一些不含苯丙氨酸的完全食物；PKU-1，PKU-2，PKU-3以及Maxamum不含脂肪，提供的能量比其他配方少。必须检测患儿的血浆苯丙氨酸水平。
治疗必须在出生后第一天就开始，以免发生智能发育迟缓。早期的和达到良好平衡状态的治疗可以使发育正常，并防止中枢神经系统受影响。在2~3岁后开始的治疗，可能仅对控制极端的好动和顽固的癫痫有效。治疗时间的长短还没有完全解决。虽然以前认为当脑髓鞘完全形成以后停止治疗是安全的，然而有关智商（IQ）下降以及学习和行为问题发生的报道导致对这一建议的重新考虑。目前的资料提议，饮食控制应该是终生的。
母亲苯丙酮尿症，如果未经治疗，对胎儿有严重的影响。这种妊娠的结果是绝大部分的婴儿有智能和体格发育延迟，小头畸形和先天性心脏病的发病率也高。在妊娠前控制母亲的苯丙酮酸水平可以预防这些后遗症，经验也表明这种治疗是有效的。