恢复洪武旧制，俭朴勤政
朱棣执政，特别是在永乐初年，努力恢复洪武旧制，凡建文年间更改者，罢废殆尽。
首先，朱棣在对众亲王的态度上与建文帝相比有所变化。凡在建文年间被废黜幽系的诸王一律恢复了王位。他们纷纷到京师朝见新天子，朱棣动辄给予大量赏赐。这在表面上看来是遵从祖制以笃亲亲之谊，但实际上却寓有驾驭之意。在胁迫宁王结盟时，朱棣曾许宁王以“事成当中分天下”，但朱棣做了皇帝却不认旧账，不要说中分天下，就是宁王乞求苏州、钱塘也不获准，终于改封南昌。朱棣还暗中削夺诸王的实际权力及军权。代王、岷王、齐王的护卫先后被削，连同母弟周王的护卫也被迫交出。必使其力不足与一镇相抗。
建文帝曾说《大明律》量刑较前代往往加重，因而稍稍放宽。朱棣则声称“刑名一以《大明律》科断”。看似恢复祖制，实际他的严刑酷法比朱元璋更有过之。他登上皇位后，对反对派的残酷杀戮令人发指。更为恶劣的是，朱棣强化了恐怖的特务统治。皇帝的亲军锦衣卫设有监狱，称为诏狱，它曾是朱元璋实行残暴统治的工具。后来朱元璋也认为这太过分，先下令焚毁锦衣卫刑具，继而又宣布内外刑狱不得上交锦衣卫，而由司法机关审理。朱棣上台，重新设立了诏狱，而且刑罚花样翻新，为后世开了恶端。朱棣由藩王夺位，为钳制人口，又用宦官组成了东厂，专门“缉访谋逆妖言大奸恶等”。厂卫联结，形成一个严密的特务网。
苏松重赋是一个由来已久的问题。建文年间曾宣布减免，而且解除苏松人不得在户部做官的禁令，这一德政也在恢复旧制的口号下被取消了。结果是“吴民大困，流亡日多”，特别是在迁都北京之后，苏松农民不仅要交纳重赋还要承担税粮北运的费用，负担更加沉重。更有甚者，朱棣连建文年间限制僧道占田的规定也予以废除。
建文年间，对官制作了若干变革，文职官员的地位有所提高。朱棣上台则强调“悉复皇考之旧”，“纪纲政令一出于天子”。当然，这并不是说朱棣不注重文官，在他身边也常聚集着一些文士。他们不仅与皇帝一起说文论史，吟诗作赋，有时还参预机务。这些文士虽接近皇帝，但品级都不高，多为翰林院编修、检讨、侍讲、侍读官。他们在文渊阁入直，地处内庭，故称内阁。
内阁的出现，是明朝官制的一大变化。以后，阁权日重，逐渐成为明朝政务中枢。
朱棣夺得天下，主要凭借武力，所以他多少带有开国君主的气质，不少表现很像朱元璋，居安思危、俭朴勤政。
朱棣常以安不忘危告诫群臣。他说：“天下虽安，不可忘危。故小事必谨，小事不谨，将至大患。小过不改，积之将至大坏。皆致危之道也。”永乐十五年（1417），他又说：“朕德凉薄，托于万姓之上，惧弗克负荷，夙夜祗事，不敢暇豫……夫戒谨者，治之所兴，宴安者，乱之所自。”朱棣确实是个勤奋的皇帝。永乐初，他每天“四鼓以兴，衣冠静坐”，“思四方之事，缓急之宜”，上午有早朝，下午有晚朝，外朝处事完毕，还要处理宫中之事，“闲暇则取经史览阅，未尝敢自暇逸”。有人建议他务简默，他回答说：“人君固贵简默，然天下之大，民之休戚，事之利害，必广询博闻，然后得之”，“不如是不足以尽群情。”因此，他事必亲闻。他曾指责通政司：“四方奏疏非重务者悉不认闻。”他说：“朕主天下，欲周知民情，虽微细事不敢怠忽。盖上下交则泰，不交则否。自古昏君其不知民事者多至亡国……凡书奏关民休戚者，虽小事必闻，朕听之不厌也。”他曾令人将中外官员的姓名写在武英殿南廊，闲暇观览，以熟悉政情。永乐初年，朱棣处事也较为谨慎。他自称“每退朝静坐，必思今日所行几事，其事于礼如何，于人情如何，若皆合宜，心则安矣；有不合宜，虽中夜必命左右记之，俟旦而改之。盖一事失当，人受其蔽，故不得不勤。”
朱棣对民情也比较关心。永乐元年，他说：“朕即位未久，尝恐民有失所，每宫中秉烛夜坐，披阅州郡民籍，静思熟计，何郡近罹饥荒，当加优恤，何郡地近边鄙，当置守备。旦则出与群臣计议行之。近河南数处蝗旱，朕用不宁，故遣使省视，不绝于道。如得斯民小康，朕之愿也。”
朱棣比起后世皇帝也还算是节俭的。他曾说：“内库所贮，皆天下财，待赏有功，虽朕不敢妄费。”永乐十二年（1414），一次百官奏事毕，朱棣退朝坐在右顺门，“所服衷衣衣袖敝垢，纳而复出。”有侍臣称赞他贤德，他说：“朕虽日十新衣未尝无，但自念当惜福。故每濯更进。”这一点和朱元璋相类。他说：“昔皇妣躬补绩故衣，皇考见而喜曰，皇后富贵勤俭如此，正可为子孙法。故朕常守先训不忘。”
以上所述，不免有朱棣的自我标榜，有史臣的溢美，但与明代中后期的皇帝相较，实胜多多矣。明人称他“英武神授，决机应变，飙发川流，群臣莫窥其际。爱惜下民，屡蠲租赋，犹嗜俭朴，不喜纷华”。均不为无据。可惜，他的好大喜功，使他的政绩大为减色。
修 书
朱棣以武力得天下，又以高压治国，但却锐意标榜文治。他喜欢聚众编书，编有《古今列女传》、《历代名臣奏议》、《五经四书大全》、《为善阴骘》、《孝顺事实》等。其中以《永乐大典》最为著名。
永乐元年，朱棣命翰林侍读学士解缙等人，广采天下书籍，分类编辑成书，不厌浩繁。第二年冬便编成了一部大型类书，朱棣命名为《文献大成》。但朱棣仍嫌此书简略，又命姚广孝等人重修，自有书契以来，凡经、史、子、集、百家、天文、地志、阴阳、医、卜、僧、道、技艺各书无不包罗。永乐五年（1407），书成，朱棣赐名《永乐大典》。这是一部规模空前的大型类书。全书22937卷，其中仅目录就有16卷，共11095册，总计约三亿七千万字。自先秦至明初，所引书七八千种之多，保存了大量的文献资料，极为珍贵。
朱棣修书为了标榜文治，同时也为了进行思想控制。明清之际的人将其比拟于宋朝修《册府元龟》、《太平御览》、《文苑英华》，其用心实有深意。
另一部引人注目的书是《太祖实录》。记载洪武一朝史实的《太祖实录》在建文年间已经修成。但朱棣以为这部实录不利于自己的统治，于是又命人重修。重修之后，朱棣仍然不满意，又命三修。三修实录历时七年之久才完成，这时朱棣才说：“庶几稍副朕心。”重修实录无非是想掩盖历史事实，说明自己做皇帝的合理性。与此同时，朱棣将有关建文的史籍一概禁毁，于自己不利者则片纸不留。
在掩盖历史事实的同时，朱棣更懂得从思想意识上进行统治的重要，为此，他进一步强调程朱理学为学术正统。朱棣派人编辑的《五经四书大全》，其目的就是为了宣扬程朱理学，用以控制士人的思想。朱元璋与朱棣的文化专制政策，对后世的影响至为恶劣，至为深远。而朱棣在这方面的活动较其父实有过之而无不及。
开 边
朱棣继承了朱元璋的政策，对北方故元势力怀柔与武力兼施。朱棣曾说：“朕为天下主，覆载之内，但有贤才，用之不弃。近世胡元，分别彼此，柄用蒙古、鞑靼人而外汉人、南人，以至灭亡，岂非明鉴！”因此，在朱棣的军队中有不少“鞑官”和“鞑军”，这些人在靖难之役中为他效了力。他即位后，更以优厚的待遇给予归服的蒙古军民，除根据原有官爵授予官衔外，还赐予衣、钞、牛羊、孽畜。有愿居京师者，还给以居第及日用什器。在蒙古族聚居地，凡归顺的，也如内地设置卫所。这些卫所以当地酋长为首领，给予都督、副都督、都指挥等官衔，管理当地政务，朝廷则不加干涉，因而这些卫所被称为羁縻卫所。羁縻卫所的首领定期入塞朝贡。他们带来马驼牛羊，而朝廷赐予锦缎丝绢，多余部分可以在市场上出售。因此，这种朝贡不仅表现出一种政治上的隶属关系，而且实际上是一种贸易形式。在交往中，朱棣主张“厚往薄来”，即赏赐给予要厚，不吝金钱财物；所取要薄，不要失远人之心。这些政策取得了相当的成功。
永乐初，故元势力相互混战，已分为瓦剌、鞑靼和兀良哈三部。名义上的可汗本雅失里和鞑靼太师阿鲁台野心甚大，想统一全蒙古并与明朝抗衡。永乐七年（1409）二月，朱棣派使节赴鞑靼，要求“相与和好，朕主中国，可汗主朔漠，彼此永远相安无事。岂不美哉！”不料，使节被杀，朱棣大怒，声称“逆命者歼除之”。当年七月，朱棣派淇国公丘福为征虏大将军，率师十万征讨鞑靼。但由于明朝对鞑靼的力量估计不足，再加上指挥失当，十万人马竟在胪朐河全军覆没。高傲的大明皇帝为保住尊严，只好亲征了。
永乐八年（1410）二月，朱棣率五十万大军深入漠北，亲征鞑靼，在斡难河畔大破本雅失里军，本雅失里仅以七骑逃遁。明军又击破阿鲁台军于兴安岭。阿鲁台部众溃散，阿携家属远遁，明军大获全胜。后来，阿鲁台降顺，朱棣封其为和宁王。在此之前，朱棣已封瓦剌首领马哈木为顺宁王、太平为贤义王、把秃勃罗为安乐王。但瓦剌势力不断强大，不仅阻遏明朝到西北的通道，而且企图控制鞑靼。朱棣不允许北方出现强大势力，于永乐十二年（1414）再度出塞，亲征瓦剌。这一仗，明军以五十万之众对付约三万人的瓦剌军，却打得异常艰苦，明军虽胜，而双方杀伤相当。第二年，瓦剌马哈木等遣使向明朝谢罪，恢复了对明朝的朝贡关系。
永乐二十年（1422）到二十二年，朱棣又三次率师出征漠北，但所获甚微。其后，又两次征鞑靼，均未见效。就在最后一次北征回京途中病死。五次北征虽然使故元势力受到打击，但是除了阿鲁台、马哈木这些人接受了明朝的封号外，故元宗室始终未对明朝表示臣服。
在西北，永乐年间也建立了众多羁縻卫所，其中以哈密卫的建立意义最为重大。哈密地处西北要冲。朱棣先后封其首领为忠顺王、忠义王，颁给金印，建筑王城，置官一如朱姓亲王。哈密卫的政务由朝廷直接控制。哈密则以 “诸番领袖”的地位，为朝廷“译诸番贡表，侦察向背”。明朝对哈密的控制，对钳制蒙古也起了一定作用。
在东北地区，居住着以女真族为主的众多民族。元朝曾在这里设立辽阳行省。朱棣特别关心这一地区的情况，在北征中，他曾详细询问当地风土山川。永乐元年（1403），朱棣派人到地处黑龙江下游的奴儿干地方招抚诸部落。奴儿干地方在元朝先后归辽阳行省的开元路和水达达路管辖。永乐二年（1404），朱棣下令在这里建立奴儿干卫，永乐七年（1409）闰四月，又设立了奴儿干都指挥使司，任命内地官员康旺为都指挥使同知，王肇舟为都指挥佥事，并派钦差内官亦失哈同往就任。永乐年间，朱棣多次派亦失哈等到奴儿干地方视察。永乐十一年（1413）亦失哈在特林地方的江边上修建了永宁寺，供奉观音、佛像，并立碑为记。《永宁寺碑记》载奴儿干都司建立的经过，和明朝对当地管理的情况。亦失哈宣示朝廷旨意，并“赐男妇以衣服、器用，给以谷米，宴以酒食”，所至受到当地百姓的欢迎。奴儿干都司的统辖范围极广，西起黑龙江上游的斡难河卫（今鄂嫩河流域），东到黑龙江下游的囊哈儿卫（今库页岛西岸北部郎格里地方），北起古里河卫（今精奇里江上源支流吉柳伊河），南至建州卫（先在今绥前河流域，后迁至辽宁苏子河上游）。明初所建卫共二百个。这些卫所的官员大都由本地酋长担任，而且是世袭的，但他们的任命、袭职、升迁、罢黜都要由明廷决定，由朝廷颁给诰敕、印信，作为凭证。各级官员要按规定定期到京师朝贡，朝廷根据官员等级给予不同待遇和赏赐。各卫所必须听从朝廷的调遣，执行明朝的法律政令；各卫所之间如果发生纠纷，必须听从朝廷的处理；各卫所若要迁居，也要经朝廷批准。在东北地区，为了保证使节朝贡往返和文书传递，在各交通要道上都设有交通驿站。这些驿站的建置，保证了明朝对奴儿干地区管理的有效实施。永乐三年（1405），明朝在广宁、开原等地开设了马市，各种土特产品均可在市上贸易。马市的开设促进了各民族人民间的经济交流，有利于东北地区的开发建设。
明朝把青海、西藏一带称作西番。在这里居住的藏族信仰佛教，宗教领袖亦即行政长官。明朝建立后，朱元璋沿元旧制，尊礼当地宗教首领，并在西番地区设立了许多羁縻卫所。朱棣即位后，曾派司礼少监侯显、僧智光赴西藏。番僧哈立麻也来到南京朝贡。朱棣派驸马都尉前往迎接，并亲自接见于奉天殿，又在华盖殿设宴款待哈立麻，给予大量赏赐。朱棣请哈立麻在南京灵谷寺大斋七日，为朱元璋和马皇后祝福。不久，朱棣封哈立麻为“万行具足十方最胜圆觉妙智慧善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自存佛”，命其统领天下释教，同时赐给诰印、金银、彩币、法器、鞍马，其徒也被封为大国师。永乐六年（1408），哈立麻归藏，朱棣又命中官护行。朱棣还敕封许多番僧以王号，如大乘法王、大慈法王、阐化王、赞善王、护教王、辅教王等等。朱棣还命阐化、护教、赞善等王和川藏诸族修通了雅川（今四川雅安）至乌斯藏的驿路，沿途设立了驿站。从此，朝廷与西藏地方“使臣往还，数万里无虞寇盗矣”。这些做法，对西藏地区的管理有所加强，但朱棣所封番僧过多过滥，也有流弊：“其徒交错于道，外扰邮传，内耗大宫，公私骚然。”
永乐初年，贵州地方思州宣慰使田仁智之子田琛、思南宣慰使田茂安之子田宗鼎分别承袭了宣慰使的职位，因争夺沙坑之地，互动刀兵，当地百姓深受其害。朱棣派行人蒋廷瓒前去调查此事。田琛随蒋廷瓒入京辩白。朱棣劝他守土安疆。田琛回去后，仍不思悔改，于是朱棣派镇远侯顾成率校卫将二人秘密抓获，逮至京师处斩。为了安定贵州地方，朱棣下令将思州宣慰使司改为思州府，思南宣慰使司改为思南府，并设立了贵州布政使司，辖一司六府十五卫和若干千户所。贵州布政司的建立，对西南地区的开发起了促进作用。