封燕王，就藩北平
朱棣是朱元璋的第四子，生于元至正二十年（1360）。据说他“姿貌秀杰，目重瞳子，龙行虎步，声若洪钟”。洪武三年（1370），朱棣被封为燕王，十三年（1380）就藩北平（今北京），成为威震一方的亲王。
分封诸王是朱元璋经过深思熟虑而后决定的。他认为，元朝的灭亡，有一条重要原因就是主弱臣强，皇帝不得藩屏之助。因此，朱元璋要让众子孙都来出力，以维护朱家皇朝。每位亲王拥有被称作“护卫”的少量军队，少的三千人，多的一万五千人。名义上，亲王不得干预地方事务。但是在紧急情况下，亲王可调遣王国所在地的镇守兵。每有军事行动，诸王都要带领护卫随军出征，那些在疆场上叱咤风云的将帅，虽身为大将军，也要受到这些年轻亲王的节制。在诸王之中，以晋王、燕王最被倚重。
洪武初年，虽然元顺帝带领臣属北遁朔漠，但仍拥有相当的实力。为了降服强敌，朱元璋发动了一次又一次的北征。故元势力在明军的打击下日趋衰落，镇守边塞的亲王却在战斗中成长起来。
洪武二十三年（1390）正月，朱元璋命傅友德为大将军，率列侯赵庸、曹兴、王弼、孙恪等赴北平，训练军马，听燕王节制，以出征漠北。山西的军队归晋王节制。燕王率傅友德等出古北口，侦知元将乃儿不花等驻牧迤都，遂麾师前进。这时适逢大雪，诸将欲待雪止再进军。朱棣说：“天雨雪，彼不虞我至，宜乘雪速进。”大军进抵迤都，与元军仅隔一沙碛，竟未被发觉。虽以重兵压境，朱棣仍欲智取。于是他派部将观童前往敌营劝降。观童与乃儿不花是老相识，两人相见，不禁相抱而泣。正在这时，明军已近围敌营。元军大败，乃儿不花想乘马逃走。观童告诉他这是燕王的军队，不必害怕。于是，乃儿不花与观童一起到明军营帐中请降。燕王设酒款待，乃儿不花深受感动，便带领他的全部部落和马驼牛羊，一起归降了明军。捷报传到京师，朱元璋高兴地说：“肃清沙漠者，燕王也！”朱元璋屡次命令燕王帅师出征，又令他节制沿边军马，燕王威名大振。史书说他“貌奇伟，美髭髯，智勇有大略，能推诚任人”。又说他“料敌制胜，洞烛万里，威震朔漠”。“燕王扫北”的传说至今还流传在民间。
朱元璋立长子朱标为太子，引起诸王，特别是秦、晋、燕王的不满。他们之间早已开始了明争暗斗。史载晋王到朱元璋处告燕王“劳师冒险”，又日夜搜求燕王的“国中细故”，“专欲倾陷燕王”，燕王每入朝，太子“数以语见侵”等等，其间剑拔弩张之势十分明显。
洪武二十五年（1392），太子朱标死，秦、晋、燕王无不窥伺皇位，但朱元璋接受了学士刘三吾的建议，立皇孙朱允炆为皇太孙，以杜绝诸王对皇位的觊觎。不久，洪武二十八年，秦王死。洪武三十一年，晋王死。朱棣的两个强有力的对手消失了，他成为诸王中最年长者。这时朱棣的羽翼已经丰满，不但有久征惯战的护卫军，权限上也早已超出了“列爵不临民”的规定了。
晋王死后一个多月，朱元璋曾给朱棣一道敕谕：“朕诸子独汝才智，秦、晋已薨，系汝为长，攘外安内，非汝其谁？……尔其统率诸王，相机度势，防边乂民，以答天心，以副朕意。”无疑，这时朱元璋已把朱棣看作维护朱家皇朝的一个支柱，对他寄予很大希望。然而，朱元璋毕竟精明过人，他也虑及燕王权势过大，对继任皇帝构成威胁，所以，朱元璋临死时告诫：“燕王不可不虑”，并下遗诏：“诸王临国，毋得至京。王国所在文武吏士，听朝廷节制。”正显示出他的这一忧虑。
“靖难之役”
朱元璋笃信佛教，诸王初封时，都要为他们选一名僧人加以辅佐。有一位僧人法名道衍（本名姚广孝），是一位颇有谋略的人。朱棣向朱元璋要了道衍。道衍到了燕邸，还向朱棣推荐了一位术士，名叫袁珙。这两人都成了朱棣的谋士。朱棣还设法结纳地方文武官员，以培植自己的力量。
洪武三十一年（1398），朱元璋辞世，皇太孙朱允炆继承皇位。朱允炆用齐泰、黄子澄之议削藩，不到一年时间，周王、岷王、湘王、齐王、代王先后被废。朱棣则在加紧活动。他挑选壮士充实自己的护卫军，以勾逃军为名，收罗异人术士。表面上，朱棣藏起锋芒，假称有病，暗中则加紧练兵。他还利用燕府崇深之便，赶制军器。
斗争终于公开化了。这年六月，燕府官校于谅、周锋以图谋不轨被逮到京师处死。朝廷同时下诏切责燕王。燕王朱棣佯狂称疾，走呼市中，夺酒食，语多妄乱。有时竟卧在土中，整日不起。
朱棣的佯狂只不过是缓兵之计，毕竟不能持久，他想在大军到来之前做好准备。他命令亲信护卫指挥张玉、朱能率将士八百人入卫王城。这时，北平都指挥使谢贵已经接到朝廷的命令，带领在城的七卫军队和屯田军士包围了王城，并用本栅截断了端礼门等的通道。朝廷削夺朱棣王号和逮捕燕府官属的诏书也在这时到达北平。
朱棣临事不乱，与部属设计擒杀谢贵和北平布政使张昺。他在端礼门内设置了伏兵，把张、谢诱入燕府，张、谢二人被杀。北平守军群龙无首。燕王命张玉等率兵乘夜攻夺九门，北平迅速被朱棣控制。
朱棣正式起兵，以诛齐泰、黄子澄为名，革除建文年号，仍称洪武三十二年。他谕令将士，同时上书朝廷，声称根据《祖训》“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧之恶。”从此便开始了一场历时四年之久的战争，史称“靖难之役”。
战争开始后，朝廷命长兴侯耿炳文为大将军，率师四十余万北伐，军驻真定。燕王躬擐甲胄，率师至涿州，连败官军，耿炳文退守真定。耿炳文是硕果仅存的老将。他的失败，引起建文帝的忧虑。太常卿黄子澄却认为无足虑，并推荐了曹国公李景隆代替耿炳文。建文帝亲饯江浒，赐以斧钺，期在必胜。
李景隆是开国元勋李文忠之子，不过是个膏粱子弟，未尝习兵见阵。朱棣出兵永平，诱李景隆攻北平，而以世子留守北平，戒其坚守勿战。朱棣打败永平守军，进击大宁，勾结兀良哈三卫渠长，挟迫宁王与之结成联盟。李景隆攻北平不克，背后又有朱棣回军杀来，一战而败，退走德州。建文二年（1400）夏，双方再战于白沟河。白沟河流经华北平原，在保定与涿县之间。李景隆合兵六十万列阵以待。第一天战斗十分激烈，直至深夜双方才各自收军。这一仗燕军损失很大，朱棣在深夜混乱中竟迷失了方向，下马辨别水流才找到归途。第二天再战，南军气势更盛。朱棣坐骑三次被创，弓矢皆尽，剑锋折缺，马又却步不前，几乎被官军射及。双方鏖战，天已过午。忽然一阵大风，将官军大将旗折断，军阵为之震动。朱棣带劲骑绕到敌后袭击，反败为胜，官军大溃，被斩首及溺死者十余万，横尸百余里。李景隆单骑走德州。燕军又破德州，围济南。山东参政铁铉坚守济南，三月不克，朱棣暂时退师。
朝廷命左都督盛庸为大将军，再次率兵北伐。朱棣佯称攻辽东，发兵攻打沧州。沧州陷落。燕军再经临清、馆陶、大名，至于东昌，与盛庸、铁铉所率主力相遇。双方大战，燕将张玉战死，燕王朱棣挺身短兵接战，有几次处境十分危险。燕军大败，被擒斩万余人，燕王独以一人殿后，赖二子朱高煦带兵营救，始免于难。不久两军再战于夹河，官军大败。
一个月后，两军再战于藁城。燕军再次乘风击败官军，斩首六万余级，擒其骁将，获其军资。
自举兵以来，已经三年了，燕军所克城邑，兵去后又为官军所据，所得不过北平、保定、永平三府。双方处于僵持状态。这时有一批被罢斥的宦官从南京来投奔燕王。他们向朱棣透露了南京布防的情况，说南京空虚可取。朱棣决心迅速了结这场战争，“临江一决，不复反顾！”
建文四年（1402），朱棣麾师南下，由馆陶渡河，循徐州，与官军大战于齐眉山下（在今凤阳灵璧西南）。不料官军连连获胜，燕军几员大将相继战死。朱棣下令有进无退，麾军继续前进。燕军下泗州，克盱眙，徇扬州，驻军江北。朱棣凭藉大江麾师强渡。谷王朱橞、李景隆开南京金川门迎降，朱棣率师进入南京。朱允炆下落不明。
建文四年六月己巳，朱棣在南京奉天殿即皇帝位。他以次年为永乐元年（1403），从此开始了他二十二年的统治。
残杀建文“奸党”
朱棣上台后的首要任务是宣传自己即位的合法性和处置政治反对派。这两点如果处理不好，可能不利于统治的巩固。朱棣对政治反对派的镇压不仅是残酷的，也是空前野蛮的。起初，他公布的“奸党”名单不过齐泰、黄子澄等二十九人，而实际被杀戮和被迫害的难以统计。
朱棣进入南京后，打算借重著名文人方孝孺起草即位诏书，遭到拒绝。方孝孺说：“死即死耳，诏不可草。”朱棣见方孝孺不为所用，便以诛九族相威胁。方孝孺说：“便诛十族奈何！”于是便酿出一场诛杀十族的惨祸。朱棣令人“以刀挟其口两旁至双耳”，并将其投入狱中，接着便大肆搜捕他的门生，连坐被处死者八百七十三人，谪戍边远而死者不可胜计。对兵部尚书铁铉，则割了耳鼻，又割了肉烧了，塞到铁铉的嘴里让他吃，还问他“甘否”。铁铉说：“忠臣孝子之肉有何不甘！”铁铉至死骂不绝口。户部侍郎卓敬不屈，临刑，神色自若，也被灭三族。礼部尚书陈迪不屈，朱棣派人把他的儿子捉来杀掉，并割其鼻舌，强塞给陈迪吃。陈迪唾向凶手，骂得更厉害，终于被凌迟处死，宗族被戍者一百八十余人。刑部尚书暴昭不屈，“先去其齿，次断手足，骂声犹不绝，至断颈乃死”。左佥都御史景清，因刺杀朱棣不成，被“抉其齿，且抉且骂”，含血喷了朱棣一身，朱棣下令“剥其皮、草椟之”，“碎磔其骨肉”。右副都御史练子宁，被逮语不逊，“命断其舌，磔死，宗族弃市者一百五十一人，九族之亲被抄没戍远方者数百人”。其他不一而足。