（二）心脏疾患（急性心肌炎和心包炎等）
主要由柯萨奇B2、3、4型病毒引起，约1/3～1/2心脏病变由其引起，A4、16型和埃可6、8、9、22、30型病毒也可引发。有人认为柯萨奇B组病毒感染流行时，33%的患者有心脏病变。大多发生于新生儿及幼婴，偶见于年长儿童，近年来成人发病也不少，以青春期和年轻者为多，大多为散发，男多于女。80年代我国学者从克山病病例中分离到柯萨奇B病毒，血清学证实主要为B3、B5。动物实验发现病毒直接侵犯肌纤维，发生坏死和炎症反应。心脏病变临床症状可轻可重，轻者毫无自觉症状，重者可突然发生心功能衰竭。一般常先有短暂的发热、感冒症状，约7～10天，继而出现心脏表现。有乏力、胸痛、脉速、气促等。心脏临床表现可归纳为以下各类型。
1、急性心功能衰竭
多见于新生儿，成人也可发生。起病突然，有阵咳、面色苍白、发绀及呼吸困难，也迅速出现心衰。心音低钝，心率增快、肝脏急剧增大，伴肺水肿，心电图呈低电压，心动过速，T波倒置和ST段低平等。急性心包炎可伴随心肌炎而发生或单独存在。急性心肌炎时血清心肌酶常增高。
2、心律失常
临床表现以过早搏动、心动过速或各类传导阻滞为主。心电图检查有助确诊。轻者恢复快，但也可持续数月不愈，甚至反复发作达数年之久。此型最为多见。
3、猝死
常在夜间发生，尸检证实为心肌缺血梗死或广泛心肌坏死，可在心肌细胞内找到肠道病毒抗原。
4、慢性心肌病
近年来各国报告不少由柯萨奇B组病毒引起的亚急性或慢性心脏病变，涉及心脏传导系统、心内膜、心瓣膜或心包膜，造成弹力纤维增生症、慢性心肌病、狭窄性心包炎等。胎儿期感染可导致先天性心脏病，如先天性钙化性全心炎等。
约1/3病人，尤其新生儿和婴儿可伴有神经系统症状，如呕吐、惊厥、反应迟钝等。脑脊液可有单核细胞增多，也可完全正常。可称其为脑-心肌炎。
（三）流行性肌痛
或称流行性胸痛，（epidemicpleurodynia，Bornholm病），大多为柯萨奇病毒B组1～6型所引起，但A组1、4、6、9、10型及埃可病毒1、2、6、9型也可引起。常发生局部地区爆发流行。多见于年长儿童和青壮年，家庭成员可相继或同时发病。潜伏期为2～5天，可延长至2周，主要表现为发热（可达39°～40℃）和阵发性肌痛，可累及全身各肌肉，而以腹部最多见，尤以膈肌最易受累。肌痛轻重不一，重者甚至可引起休克。儿童较轻，肌肉活动时肌痛加剧。胸部X线检查无异常发现。肌痛多在4～6天（12小时～3周）后自行消失。本病可间歇反复发作，但多能自愈。
（四）疱疹性咽峡炎（herpangina）
主要由柯萨奇A组病毒所引起，其中以A2、4、6、9（1～10）、16、22型为多见，B组1～5型病毒也可致病，埃可病毒引起者较少。本病遍及世界各地，呈散发或流行，传染性很强。潜伏期平均约4天，表现为发热、咽痛（吞咽时痛突出）、咽部充血，咽部有散在灰白色疱疹，直径1～2mm，四周绕以红晕，疱疹溃破形成黄色溃疡。少则1～2个，多可达10余个，一般4～5个。此种粘膜疹多见于扁桃体、软腭和悬雍垂。一般4～6日后自愈。周围血白细胞和分类正常。
（五）出疹性疾病
在肠道病毒感染过程中常出现皮疹，柯萨奇病毒A组中2、4、9、16型及B组中1、3、5型与皮疹的关系相当密切，埃可病毒4、9、16型感染发生皮疹尤多。婴儿及儿童常伴发皮疹，而成人较少见。潜伏期大多3～6天，起病时常有发热和上呼吸道症状如轻咳、咽痛等，而后出疹。皮疹呈多形性，有斑疹、斑丘疹、风疹样皮疹、疱疹或麻疹样皮疹等。也有热退时出疹，大多为埃可病毒16型引起，易误为幼儿急疹。柯萨奇A9常引起瘀点瘀斑。除皮疹外，有时伴发全身或颈部及枕后淋巴结肿大。
（六）呼吸道感染
肠道病毒常引起上呼吸道感染，如柯萨奇病毒A21、24及B2～5型都曾引起轻型呼吸道感染的流行，A21大多在军营流行，咽拭阳性率高。埃可病毒4、 7、11、20、25、30等型可引起某些流感样疾病或咽炎，柯萨奇B1、4型可以引起支气管炎，柯萨奇A9、16和B4、5，以及埃可9、19型病毒则可引起婴儿肺炎和毛细支气管炎等下呼吸道感染，可呈持续性呼吸困难、紫绀、缺氧等，甚至因窒息而死亡。肠道病毒68型曾被证实为肺炎及毛细支气管炎的病原。
（七）手足口病（hand、food and mouth disease）
自1960年发现此病后，欧美亚洲均有报告，主要由柯萨奇病毒A5、9、10、16及B2、5引起，尤以A16为多见，肠道病毒71型也可引起。有报告从皮疹处分离到致病病毒。此病传染性强，常见全家发病，并可造成局部暴发，1983年后我国北京、上海、东北曾有多次报导。患者以4～5岁以下小儿为多，约占80%以上，成人也可患病，多为轻症。四季均可发病，以5、6月为多。潜伏期2～5天。初起症状为低热、流鼻涕、厌食、口痛、呕吐、腹泻等。口腔粘膜出现小疱疹，常分布于舌、颊粘膜、硬腭，也可在齿龈、扁桃体及咽部见到，不久疱疹溃破即成溃疡。在口腔炎同时可出现皮肤斑丘疹，以手足为多，位于手背、指间，偶见于躯干、大腿、臀部、上臂等处。斑丘疹很快转为小疱疹，较水痘皮疹为小，而质稍硬，自几个至数十个，2～3日内自行吸收，不留痂。预后一般良好，多自愈，但可复发，有时伴发无菌性脑膜炎、心肌炎等。