清代初年，社会生产力得到一定的发展，医药学也有一些相应的进步。但是清代对内高压、对外闭关锁国的政策严重束缚了医学科学技术水平的不断提高。特别是尊经复古之风盛行，繁琐考据之学兴起，学术研究也多囿于引经据典和脱离客观实际的境地。在这种比较浓厚的思想倾向制约下，医学科学技术创新求实之研究渐趋低落，保守崇古的思想日益占有重要地位，使清代中期以后医药学发展趋于缓慢，在一些领域甚至只有普及而看不到有什么提高。
本草学的发展特点
清代成书的本草学著作甚多，按其特点约可分为三类：一是普及类著作以《本草备要》、《本草从新》为代表。《本草备要》是医药爱好者汪昂编撰的。他鉴于“乡间市井，稍能诵《药性》（即《药性赋》）读《回春》（即《万病回春》）者，辄尔悬壶，草菅人命，恬不为怪”，选辑《本草纲目》中460 种较常用药物，由博返约，以为初学者参考掌握。《本草从新》作者是藏书世家出身的吴仪洛，他精读有关医药书籍，历四十年，考订补充《本草备要》而撰成，收载药物增至720种。以上两书流传甚广，影响深远。第二类为富有学术价值的药物学著作，如：赵学敏《本草纲目拾遗》与吴其浚的《植物名实图考》等。赵学敏（1719—1805），字恕轩，钱塘（今杭州）人，好学博览，刻苦钻研，对医药知识尤为精通。他深知李时珍《本草纲目》乃一代杰作，但并非包罗无遗，完美无疵，于是决心拾其所遗，历四十年，阅六百种文献，访二百多人，编成此书，名为《本草纲目拾遗》。该书收药716种，颇多民间和外来药之记述，如鸦胆子治疗阿米巴痢疾，金鸡勒（奎宁原植物）治疗疟疾等等，在学术界享有较高的地位。吴其浚在著成《植物名实图考长编》的基础上，又经七年努力，撰成《植物名实图考》38卷，收载植物1714种，附写生植物图1500余幅。其分类、名称、产地、品种、形态、性味、功用等，对前人的失误颇多论辨，所涉药用价值之叙述，以及错误之改正等，均在学术界有着较大的影响。第三类是以食物治疗疾病的食疗本草著作。如：沈李龙的《食物本草会纂》、王孟英的《随息居饮食谱》、费伯雄的《费氏食养三种》等十余种。这些著作在“食治不愈然后命药”的思想指导下，对普及和发展我国传统的药膳，即用食物之有药效者进行疾病治疗的方法，作出了重要贡献。
王清任对人体解剖学研究的卓越成就
中国医学的发展由于理论上若干因素的制约，不甚重视人体组织解剖之深入研究，因而给人的印象是该学科在秦汉之后趋于衰落。王清任医术名噪京师，所设药铺名“知一堂”。他深切感受到认识人体对发展医学的重要意义，强调：“治病不明脏腑，何异于盲子夜行”，“著书不明脏腑，岂不是痴人说梦”，抱着“非欲后人知我，亦不避后人罪我，为愿医林中人，一见此图胸中雪亮，眼底光明，临症有所遵循，不致南辕北辙，出言含混，病或少失，是吾之厚望”的态度，恭身于滦州稻地镇解剖观察疫死儿童尸体三十余具，还千方百计赴刑场观察处死男女犯人的尸体，并参照动物解剖和亲自查访刽子手对人体解剖的了解经验，先后历时四十二年，终于将所了解的人体内脏之解剖知识，特别对照古人之有错误者，一一绘成人体各内脏之解剖图，并以文字予以论证。这部著作名曰《医林改错》（1830），共两卷。他实事求是地指出：“其中尚有不实不尽之处，后人倘遇机会亲见脏腑，精察增补，抑又幸矣。”我国现代解剖学家侯宝璋教授给予王清任有关人体解剖学贡献以很高评价。梁启超也高度赞扬王清任“诚中国医界极大胆之革命论者”。王清任除在人体解剖上作出杰出贡献外，他在医学治疗学上也颇富声誉，他的活血化瘀论和血府逐瘀汤是现代治疗冠心病等的重要理论和药物。
温病、传染病治疗技术的提高
古代之伤寒，明清时期的温病，其所研究的主要内容均为传染病、流行病。清代以来，由于人口增加，城市人口集中、城乡以及海内外经济交流日趋频繁，特别在江苏、浙江一带，传染病滋生、蔓延和暴发相当普遍。而长期沿用的伤寒学说则难以解决大量发生的传染病问题。温病学说正是在这样的历史条件下在医学家寻求新方法新理论的实践中逐步发展起来的，并逐渐为医界所接受。此期在温病学方面做出突出贡献，一般比较公认者有清代温病四大家，即叶天士、薛生白、吴鞠通、王孟英。
叶天士（1667 —1746），名桂，号香岩，苏州人，世医出身，先后拜师17人，吸取众师之长，革除株守“伤寒”以治传染病的学风，创造性提出：“温邪上受，首先犯肺，逆传心包”的理论体系，立“卫、气、营、血”辨证施治纲领，用以辨别传染病发病的深浅部位和不同病期的不同治疗步骤和方法。他为了诊断和鉴别更为确切，进一步发展和创造了辨舌、验齿、观察白?和粘膜斑等方法，提出传染病四大治疗原则：平凉解表、甘寒养阴、清热解毒、滋阴救液，以及许多治疗方剂。叶氏在传染病猖獗之时，终日忙于诊务，治疗了大量病人，积累了丰富的临床经验。但他无暇著书立说，只有平日教育生徒的口传心授。故其学说和理论经验，由门人记录整理而编成《温热论》，并成为清代温病学的奠基性著作。署名叶氏的著作还有《临证指南医案》、《叶案存真》等，也都是弟子们所辑。叶天士医德高尚，不但常为贫病者施医赠药，且告诫生徒家人“医可为而不可为，必天资与学力相济而后应世，不然鲜有不杀人者”。
薛生白（1681 —1770），名雪，江苏吴县人，居苏州，多才多艺，且精于医学，善于治疗湿热等传染性疾病，医名齐天士，学术上每不服叶天士，故命其宅为“扫叶山庄”，号为扫叶山人。在治疗传染病的学理上提倡：“湿热之病，不独与伤寒不同，且与温病大异。”撰有《湿热条辨》等，特别是为肠道传染病等的治疗创立了新的途径。
吴鞠通（1758 —1836），名塘，江苏淮阴人，先习儒后攻读医学，在治疗传染病方面颇多借鉴汉代张仲景、明吴又可和当代温病大家叶天士的学说和经验，创立了广为后世医学家所遵循的三焦辨证学说，撰有《温病条辨》一书，以论述其学说理论和临床治疗经验。三焦辨证，与张仲景的六经辨证，叶天士的卫、气、营、血辨证，都为治疗传染病作出了卓有成效的贡献。这三种学说虽然在立论和对传染病的认识上有着较大的差异，但其共同对象却是基本一致的。吴氏三焦辨证理论指导下所创立的治疗原则和方法，处方和用药，对后世都有着巨大的影响。
王孟英（1808 —1866？），名士雄，浙江海宁人，先后在杭州、上海等地行医，以擅治肠道传染病等闻名遐迩。他在学术上十分重视以《内经》、《伤寒论》理论为经，以叶天士、薛生白之温病学说为纬，编撰成《温热经纬》（1852）一书。此外，还有《霍乱论》及《王氏医案》等著作。
上述四大家，在我国温病学说和丰富传染病治疗方法及技术方面取得了新的成就。与此同时，我国医学家如：郭志邃撰《痧胀玉衡》（1675 年），余师愚撰《疫疹一得》（1794年），雷丰撰《时病论》（1882年）等，均对我国传染病、流行病的防治作出了贡献。此外，还有卢之颐《痎疟论疏》、孔毓礼《痢疾论》、徐子默《吊脚痧方论》、郑奋扬《鼠疫约篇》、梁希曾《疠科全书》、肖晓亭《（麻）疯门全书》、张绍修《时疫白喉捷要》、陈耕道《疫痧草》、以及清代多次刻印的陈司成《霉疮秘录》（1632年）等，对疟疾、痢疾、霍乱、鼠疫、麻风、白喉、猩红热、梅毒等传染病更进行了专门的研究和经验总结。人痘接种法预防天花在全国推广和应用，以及其技术的改进和提高，也都是在清代完成的。加之1805年引进英人在我国人痘接种术基础上改进发明的牛痘接种术，使我国在传染病防治方面达到较为先进的水平。
外科学的发展与保守倾向
清代特别是后期，在外科学的发展上虽然时有激进与保守思想之间的学术争鸣，但终因社会诸种因素的严重制约，外科医疗上的保守思想逐渐占了上风。申斗垣，是一位比较激进的外科医师，他对华佗剖腹手术未能流传深表惋惜，并力求自己能启外科之玄妙，并以外科病手术治疗每获奇效而闻名。撰有《外科启玄》（1604 年）一书，倡导“以利刀去之”或“以利刀割去，银烙匙烧红一烙止血”等外科手术，切除筋瘤和血瘤。他虽生于晚明，但其书对清代外科之发展多所影响。祁坤，通儒，知诸子百家，尤精医，擅外科，曾召任太医院御医，擢太医院院判。他认为，外科诸症，其本必根于内，治外难于治内，而医多重内轻外，乃殚精采掇，广收古今名贤之确论，撰《外科大成》（1665年）一书，名闻于时。后来官修的《医宗金鉴·外科心法要诀》多取材于此书。王洪绪以反对外科手术，主张保守治疗而获得当时十分广泛的信誉。其著作《外科证治全生集》在二百多年间创造了连印50多次的高纪录，也足见其影响之大。王洪绪，名维德，江苏吴县人，得承家学，精通医道，尤擅外科疮疡，行医四十余年，积累了丰富的经验。他在诊断和确定治疗原则上，强调“痈乃阳实之症，气血热而毒滞；疽乃阴虚之症，气血寒而毒凝”，所创阳和汤治疗疽症，每获良效。临床强调“以消为贵，以托为畏”。但他否定外科手术，甚至攻击陈实功等主张手术治疗的外科学家“尽属刽徒”。更有甚者，他不但反对手术切开脓肿引流，对有引流祛腐排脓作用的丹药也一概反对，公然主张药助自溃。这不但会延误治疗时机，而且会增加病人的痛苦。然而由于病人多畏惧外科刀针，其法仍为大多数病家所乐于接受。王氏自誉“用药从无一误”，故称其著作为《外科证治全生集》（1740）。继王氏之后的清代外科，虽然有对其保守思想持批评意见者，但其保守思潮越来越占着重要地位。
针灸、外治与气功的发展
清代医学发展的一个特点，即在整个封建礼教制约下，重视汤药内服，而对针刺艾灸和外治比较轻视。特别清太医院废止针灸一科，使针灸的发展几乎处于停滞状态。在此期间，虽然有大批针灸著作出现，但其内容多属歌诀普及为主，少有新的进步和医疗技术的改进。1822年，清王朝竟以“针刺火灸，究非奉君之宜”为由，明令太医院针灸科永远停止。加之西方来华的殖民主义者为宗派利益所驱，宣传针灸为“致死之针”，“医疗上的折磨”等，也严重阻碍了针灸的发展。
外治法在太医院乃至士大夫阶层是没有地位的，然而在民间却得到了显著的发展。其中最为突出者有赵学敏的《串雅外编》和吴尚先的《理瀹骈文》。赵学敏，前已述及他在撰写《本草纲目拾遗》方面的卓越贡献。他在总结外治法经验的基础上，还编撰有《串雅内、外编》（1758 年），其中分禁药、起死、保生、奇药、针法、灸法、熏法、贴法、蒸法、洗法、熨法、吸法、杂法、取虫等28门，第一次全面系统地将过去视为“医中小道”的外治法整理成专著，赋予其新的生命。吴尚先（1806—1886），名樽，字师机，浙江杭州人，寓居扬州，设存济堂药店。他在战乱环境下，潜心于不用药、少用药的外治法研究和调查，渐以擅长按穴、膏药、薄贴、敷、熨、熏、浸、刮痧、火罐等十余种外治法而闻名。如1862年避地海陵，广施膏药，日治数百人，获效迅捷，人皆称“自来医家未有若是之简捷也”。他于1870年将其实践经验和所积累的资料撰成《外治医说》，后改名《理瀹骈文》。书中所载，后世医家誉之为简、便、验、廉的治疗方法。
气功、养生和按摩导引：气功、养生在清代也是一门少有建树的学科。例如有影响的尤乘《勿药须知》、汪昂《勿药元铨》、潘伟如《内功图说》等，虽然有较多流传，但其内容基本上是抄录之作。《易筋经》（1829 年刊），乃托名天竺达摩禅师传授，介绍导引法养生术，或单独刻版印行，或附其他有关内容合成一书刊行，是清代养生导引术流传最广的书籍之一。此外，郑观应《中外卫生要旨》（1890年）一书，是以兼收中国和国外传入的卫生保健内容为特点的专书，也有着较大的影响。在按摩推拿方面，此期的进步以小儿病推拿按摩治疗经验的总结比较突出。如熊应雄《小儿推拿广意》（1676年），骆如龙《幼科推拿秘书》（1785年），夏云集《保赤推拿法》（1885年），以及影响更为广泛的张振鋆《厘正按摩要术》（1888年）等，对于清代按摩特别是小儿推拿按摩的推广和普及起了重要的作用。推拿按摩术式和一般常见的消化不良症治疗经验，甚至为许多老年妇女所掌握，在解除无医少药的农村病人的疾苦上发挥了积极的作用。
医学类书、全书、丛书等的大量编纂
在医学著作的整理研究上，清代从医案、医话、类书、全书、丛书以及医史著作等，可以说作出了空前的成绩。据1961年统计，在全国60家图书馆和个人藏书家所收藏的清代编纂的丛书、全书、类书、医案、医话、医论、医史类著作多达498种。几乎囊括了清代及清以前所存在的全部医学著作，更为清代及清以后医学发展作出了重要贡献。例如：《古今图书集成·医部全录》（1723年）辑录历代医籍 100余种，520卷；魏之琇在明代《名医类案》的基础上，补充该书之缺漏和未收的清代医案，编成《续名医类案》（1770年）60卷，分为345门，包括传染病、内科、外科、儿科、妇科以及五官科等之治疗医案。个人丛书如陈修园即有《南雅堂医书全集》16种，乃至《陈修园医书七十二种》等共20多个版本。
最早的医学会与医学杂志的创办
中国医学的发展至明清时期已经形成了学术交流的客观要求，而且已创办了民间的学会组织和学术期刊。中国最早的医学会组织“一体堂宅仁医会”，是由著名医学家徐春甫1568 年创建于直隶顺天府，“集天下之医客都下者”组成，参加者多达46人。按其宗旨约有：探讨医学学术，切磋钻研医学知识，讲求医德修养，真诚相待存善去过等。如明确强调：“理无终穷，学无止法”，“已精而益求其精也”，“深戒徇私谋利之弊”，“要克己行仁”，“善相助，过相规，患难相济”。特别还对参加者提出：诚意、忘利、戒贪鄙、力学等22条严格条件。创刊于1792年的《吴医汇讲》，是我国出现的最早的医学杂志。其创始人和主编是清代名医唐大烈，字立三，长洲（今苏州）人，曾任苏州府医学正科，他选苏州、无锡、常熟、太仓等的著名医学家关于医论、医评、验方、考证、笔记等近百篇论文，分别刊登于1792—1801年的十一期《吴医汇讲》中，以与医林交流切磋。其办刊宗旨：“凡属医门佳话，发前人所未发，可以益人学问者，不拘内、外、女、幼各科，无不辑入”，而且强调“随到随镌”，不但为中医学发展交流作出了新的贡献，而且积累保存了许多珍贵的医学论文资料。
西医学的传入
明中叶后已有西医学传入我国。1596 年卡内罗接受教皇庇护第五的任命，在澳门设立医院，西医开始进入中国大地。1582年意大利利玛窦来华，1601年到达北京，居10年，也曾与中国医界人士接触。1693年5月，康熙患疟久治不愈，传教士洪若翰用西药金鸡纳治愈，西医药影响扩大。法国罗德先（1645—1715）和樊继训（1664— 1703）等相继来华，并以治愈皇室要人疾病而获厚赐和信任。18世纪末，来华传教士医师越来越多，其中皮尔逊、马礼逊、李文斯顿、哥利支、裨治文、伯驾等十分活跃。裨治文与伯驾在广州创办“博济医院”，提出“欲介绍基督教于中国，最好的办法是通过医药，欲在中国扩充商品的销路，最好的办法是通过教士”。哥利支更提出《任用医生在中国传教商榷书》。随着传教士医师的增多，他们利用医药传教，利用传教扩大中国人对西医药的信任，进行办医院、开医校、翻译西医药书籍，成立医会，创办医学期刊，送中国人到国外留学学习医学等。最早翻译西医药书籍并作出贡献者如英国传教士，医生合信氏，编译有《全体新论》（1851年）、《西医略论》（1857年）、《内科新书》、《妇婴新说》（1858年）等；美国教会医生嘉约翰编译有《内科全书》（1883年）、《病症名目》、《西药名目》（1899年）等20余种；在西医期刊方面，如《广州新报》（1806年）、后改名为《西医新报》，还有《博医会报》（1888年）等等，为在中国传播和发展西医学发挥了重要作用。中国人被派遣到国外学习西医最早者是黄宽（1828—1878），先后在英、美学习， 1855年获得爱丁堡大学医学博士学位， 1857 年回国在广济医院从事医疗与教学。此后，到国外学习西医者逐渐增多，西医学在鸦片战争之后，随着列强的政治、军事、科学文化影响的不断增强，开始站稳了脚跟。清末，西医学在中国的发展，以其若干方面的优越性，已深深获得群众和统治集团内部若干人士的信赖，有了进一步发展的基础。
清代医事制度
清代医事管理制度、医疗机构和医学教育等，在前期基本上沿袭明代，太医院医学设大方脉、小方脉、伤寒、妇人、疮疡、针灸、眼、口齿、正骨等九科。为皇室服务的组织有御药房等，军医也由太医院派遣。地方也设有医学，除主持地方官员和民疾外，还负责由民间培养的优秀医学家中选送中央经考试择优录用以充太医院等的任务。在医学教育方面，其生源主要来自医官子弟，经过繁难的保证、考查品行等手续，再经面试均合格者才可进太医院学习。其教材主要是包括有中医理论和各科临床内容的《医宗金鉴》（1742年），教师多从御医中选取学识渊博者充任。1840年后，太医院因经费困难，几乎三十年不闻读书声。1866年虽应胡庆源之请求重视医学，医学教育仍处于困难境界，此期，太医院医学分科只设五科。1881年清廷改太医院教习所为医学馆。光绪帝1898年谕称：“医学一门关系至重，极应另立医学堂考求中西医理，归大学堂管理，以期医学精进。”此后在京师、天津等地始设医学堂。但由于医官俸禄不断减少，生活日益困难，太医院和医学堂越来越处于名存实亡的地步。随着西医学传入和发展，官方于1893年举办北洋医学堂，1902年军队兴办陆军医学堂等，是我国最早举办的西医学教育。