二、软件设计喧宾夺主。
可能是软件制作者基于想要吸引学生的目的，在软件中设计了一些小的花絮，如鼓掌、喝彩、动画鼓励、科普常识等等。这样一者会分散学生的注意力，起到适得其反的效果，二来可能会因为采用的方法过于简单、幼稚，反会引起学生的烦感。
三、适用范围狭窄。
一方面是在时间上，因为这些教学软件大多以光盘形式流传，所以更新起来就比较费时费钱，而且一套软件本身就价格不菲，所以从这一方面就有相当一些人可望而不可及。另一方面，现在的软件要么是专门针对教师的，要么是专门针对学生的，两方面兼顾的则是凤毛麟角，所以也不利于引入课堂。
造成这一问题的原因大致如下：
一、是难度系数太大。
理科的知识的传授可以说是十分容易的，因为它是有章可循的，一本书，就是一本笔记，公式、定理、例题、练习等等，应有尽有，而且，知识相对客观，不易受主观因素的影响。所以理科的教学软件也就相对容易做，且容易做好。而文科的知识本身就是主观性很强的东西，一篇课文，一个老师有一个老师的理解，同一个老师上课，又是面对着几十个学生，师与生是不同的。坐在下面的几十位学生也各不相同了，因此生与生也是不同。各有各的理解，各有各道理，也就无所谓对错，只要有理就是正确的。这样的软件怎么做？真是难为那些计算机人了。
二、编写双方磨合不好。
编程序的不懂教学，懂教学的不懂程序。因此，双方都不知道如何向对方提供更多的可供参考的信息，也就无法把教学内容很好的贯彻。要么死气沉沉，要么过低地估计学生，事与愿违。
三、捆绑式发售。
像CSC电子备课系统，初中版一套近两千元，要想买下来，非得下一番决心不可。
CAI，即多媒体辅助教学，它就相当于一种教学用具，应用它的目的在于突出教学重点、突破难点，使学生在轻松的教学氛围内学到知识。它的优势在于能广泛调动学生的多种感观参与教学活动，增强学生对学习的兴趣、对学科的兴趣。我们觉得，要想使多媒体辅助教学搞得更好，在教学过程中必须处理好以下几种关系：