微生物感染是出生缺陷病因中环境因素之一。母亲在妊娠期间感染了各种致病微生物，并通过母亲传播给胎儿，也可使胎儿造成各种畸形。宫内感染中以病毒感染为主，由于胎盘的屏障作用，一些大分子物质不容易通过胎盘，而分子量较小的病毒及部分寄生虫，则可以通过胎盘感染胚胎或胎儿，常见的有风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、乙肝病毒等，寄生虫中以弓形体感染最为多见。
风疹病毒感染 风疹病毒感染是目前发现最主要的导致出生缺陷的生物因素之一。风疹病毒可通过胎盘感染胎儿，由于这些受感染胎儿常有多组织的损害，故被称为先天性风疹综合征。最常见的为三联症(耳聋、白内障以及先天性心脏病)患者。
巨细胞病毒感染 巨细胞病毒主要是通过胎盘传给胎儿。据统计，母体感染了巨细胞病毒后，约33.33%的胎儿受染。巨细胞病毒先天性感染，怀孕早期可导致胚胎结构异常，怀孕晚期会导致神经系统和智力方面的残疾，近年来，由于先天性巨细胞病毒感染可引发迟发性中枢神经系统障碍，而更加引起人们的重视，这种病人可能在出生数年后逐步出现耳聋、智力迟钝等症状。
单纯疱疹病毒感染 作为一种新的性传播疾病，近年来发病率呈迅速升高趋势。通过胎盘，或是生产时通过产道被感染的新生儿于出生后4—7日发病，严重者可导致死亡。单纯疱疹病毒感染所致的先天性残疾有小头畸形、小眼症、视网膜脉络膜炎、脑积水、小脑或大脑发育不全、脑软化及智力障碍。
弓形虫感染 弓形虫病是由于弓形虫寄生于体内所引起的一种人畜共患的寄生虫病。感染弓形虫的孕妇约30%～46%能传给胎儿，通过血液循环引起胎儿感染，导致广泛的先天性残疾。一般以脑、眼最为多见。前者有脑积水、脑内钙化灶、小头畸形、无颅骨、弱智、癫痫、精神异常等；后者有视网膜脉络膜炎、无眼、单眼、小眼等。各种残疾有多发或单发，危害严重。
预防措施：尽管宫内感染对胎儿质量的影响相当严重，但是随着现代检测技术的发展，目前医学上对宫内感染还是完全可以预防的。首先，孕妇要加强孕前检查，排除孕前感染，杜绝隐患。其次，孕妇少去公共场所，减少感染机会。第三，一旦发现母亲有感染的迹象，应去条件较好的医院，对胎儿进行检测。与此同时，对可能受感染的胎儿进行严密观察，若发现问题，应适时终止妊娠，降低出生缺陷儿的发生，减轻家庭和国家的经济负担，达到优生优育的目的。